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1. WO2020161346 - MANIPULATION D'INFORMATIONS BIOLOGIQUES

Numéro de publication WO/2020/161346
Date de publication 13.08.2020
N° de la demande internationale PCT/EP2020/053223
Date du dépôt international 07.02.2020
CIB
G16B 30/20 2019.1
GPHYSIQUE
16TECHNOLOGIES DE L’INFORMATION ET DE LA COMMUNICATION SPÉCIALEMENT ADAPTÉES À DES DOMAINES D’APPLICATION SPÉCIFIQUES
BBIO-INFORMATIQUE, c. à d. TECHNOLOGIES DE L’INFORMATION ET DE LA COMMUNICATION SPÉCIALEMENT ADAPTÉES AU TRAITEMENT DES DONNÉES GÉNÉTIQUES OU PROTÉIQUES DANS LA BIOLOGIE MOLÉCULAIRE INFORMATIQUE
30TIC spécialement adaptées à l’analyse de séquences impliquant des nucléotides ou des aminoacides
20Assemblage de séquences
CPC
G16B 15/00
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
15ICT specially adapted for analysing two-dimensional or three-dimensional molecular structures, e.g. structural or functional relations or structure alignment
G16B 20/20
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
20ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
20Allele or variant detection, e.g. single nucleotide polymorphism [SNP] detection
G16B 30/10
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
30ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
10Sequence alignment; Homology search
G16B 30/20
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
30ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
20Sequence assembly
G16B 50/50
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
50ICT programming tools or database systems specially adapted for bioinformatics
50Compression of genetic data
Déposants
  • BIOSTRAND BV [BE]/[BE]
Inventeurs
  • VAN HYFTE, Dirk
  • VAN HYFTE, Arnout
  • BRANDS, Ingrid
  • VAN HYFTE, Ewald
Mandataires
  • WAUTERS, Davy
  • EGO, Christophe
  • VAES, Peter
  • CLOET, Arvid
  • HERTOGHE, Kris
  • VAN BLADEL, Marc
  • GONZÁLEZ CÁMARA, Fernando
Données relatives à la priorité
19156085.307.02.2019EP
19156086.107.02.2019EP
19190899.508.08.2019EP
19190900.108.08.2019EP
19190901.908.08.2019EP
BE2019/507707.02.2019BE
Langue de publication anglais (EN)
Langue de dépôt anglais (EN)
États désignés
Titre
(EN) BIOLOGICAL INFORMATION HANDLING
(FR) MANIPULATION D'INFORMATIONS BIOLOGIQUES
Abrégé
(EN)
In a first aspect, the present invention relates to a computer-implemented method for obtaining information on a biological entity which is based on at least one biological sequence, comprising: (a) providing a repository of fingerprint data strings for a biological sequence database, each fingerprint data string representing a characteristic biological subsequence made up of sequence units, each characteristic biological subsequence having in the biological sequence database a combinatory number which is lower than the total number of different sequence units available thereto, the combinatory number of a biological subsequence being defined as the number of different sequence units that appear in the biological sequence database as a consecutive sequence unit of the biological subsequence; (b) determining one or more fingerprint data strings which are representative for the biological entity; (c) searching a repository comprising information associated with the fingerprint data strings for information associated with the one or more representative fingerprint data strings; and (d) processing the information.
(FR)
Selon un premier aspect, la présente invention concerne un procédé mis en oeuvre par ordinateur pour obtenir des informations sur une entité biologique qui est basée sur au moins une séquence biologique, comprenant : (a) la fourniture d'un référentiel de chaînes de données d'empreintes digitales pour une base de données de séquences biologiques, chaque chaîne de données d'empreintes digitales représentant une sous-séquence biologique caractéristique constituée d'unités de séquence, chaque sous-séquence biologique caractéristique ayant dans la base de données de séquence biologique un nombre combinatoire qui est inférieur au nombre total de différentes unités de séquence disponibles sur celle-ci, le nombre combinatoire d'une sous-séquence biologique étant défini comme étant le nombre de différentes unités de séquence qui apparaissent dans la base de données de séquences biologiques en tant qu'unité de séquence consécutive de la sous-séquence biologique ; (b) la détermination d'une ou plusieurs chaînes de données d'empreintes digitales qui sont représentatives de l'entité biologique ; (c) la recherche d'un référentiel comprenant des informations associées aux chaînes de données d'empreintes digitales pour des informations associées à la ou aux chaînes de données d'empreintes digitales représentatives; et (d) le traitement des informations.
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