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1. WO2020161345 - SÉQUENÇAGE BIOLOGIQUE

Numéro de publication WO/2020/161345
Date de publication 13.08.2020
N° de la demande internationale PCT/EP2020/053222
Date du dépôt international 07.02.2020
CIB
G16B 30/20 2019.1
GPHYSIQUE
16TECHNOLOGIES DE L’INFORMATION ET DE LA COMMUNICATION SPÉCIALEMENT ADAPTÉES À DES DOMAINES D’APPLICATION SPÉCIFIQUES
BBIO-INFORMATIQUE, c. à d. TECHNOLOGIES DE L’INFORMATION ET DE LA COMMUNICATION SPÉCIALEMENT ADAPTÉES AU TRAITEMENT DES DONNÉES GÉNÉTIQUES OU PROTÉIQUES DANS LA BIOLOGIE MOLÉCULAIRE INFORMATIQUE
30TIC spécialement adaptées à l’analyse de séquences impliquant des nucléotides ou des aminoacides
20Assemblage de séquences
CPC
G16B 15/00
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
15ICT specially adapted for analysing two-dimensional or three-dimensional molecular structures, e.g. structural or functional relations or structure alignment
G16B 20/20
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
20ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
20Allele or variant detection, e.g. single nucleotide polymorphism [SNP] detection
G16B 30/10
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
30ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
10Sequence alignment; Homology search
G16B 30/20
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
30ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
20Sequence assembly
G16B 50/10
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
50ICT programming tools or database systems specially adapted for bioinformatics
10Ontologies; Annotations
G16B 50/50
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
50ICT programming tools or database systems specially adapted for bioinformatics
50Compression of genetic data
Déposants
  • BIOCLUE BV [BE]/[BE]
Inventeurs
  • VAN HYFTE, Dirk
  • VAN HYFTE, Arnout
  • BRANDS, Ingrid
  • VAN HYFTE, Ewald
Mandataires
  • WAUTERS, Davy
  • EGO, Christophe
  • VAES, Peter
  • CLOET, Arvid
  • HERTOGHE, Kris
  • VAN BLADEL, Marc
  • GONZÁLEZ CÁMARA, Fernando
Données relatives à la priorité
19156086.107.02.2019EP
19190900.108.08.2019EP
Langue de publication anglais (EN)
Langue de dépôt anglais (EN)
États désignés
Titre
(EN) BIOLOGICAL SEQUENCING
(FR) SÉQUENÇAGE BIOLOGIQUE
Abrégé
(EN)
In a first aspect, the present invention relates to a method for sequencing a biopolymer or biopolymer fragment, taking into account information contained in a repository of fingerprint data strings, the method comprising: a) obtaining at least one read for said biopolymer or biopolymer fragment using a sequencer, and b) processing the read by the computer-implemented steps of: b1) searching the read for occurrences of one or more of the characteristic biological subsequences represented by the fingerprint data strings and b2) validating or rejecting the read by, for each occurrence, determining whether or not a sequence unit consecutive to the characteristic biological subsequence conforms with the combinatory data in the repository, and/or b1') searching a head and/or tail of the read for an occurrence of one of the characteristic biological subsequences represented by the fingerprint data strings and b2') predicting one or more consecutive sequence units to the read from the combinatory data in the repository.
(FR)
Selon un premier aspect, la présente invention concerne un procédé de séquençage d'un biopolymère ou d'un fragment de biopolymère, prenant en compte des informations contenues dans un référentiel de chaînes de données d'empreintes digitales, le procédé comprenant : a) l'obtention d'au moins une lecture pour ledit biopolymère ou fragment de biopolymère à l'aide d'un séquenceur, et b) le traitement de la lecture par les étapes mises en œuvre par ordinateur de : b1) recherche dans la lecture d'occurrences d'une ou plusieurs des sous-séquences biologiques caractéristiques représentées par les chaînes de données d'empreintes digitales et b2) validation ou rejet de la lecture en déterminant, pour chaque occurrence, si une unité de séquence consécutive à la sous-séquence biologique caractéristique est ou non conforme aux données combinatoires dans le référentiel, et/ou b1 ') recherche d'une tête et/ou d'une queue de la lecture pour une occurrence de l'une des sous-séquences biologiques caractéristiques représentées par les chaînes de données d'empreintes digitales et b2') prédiction d'une ou plusieurs unités de séquence consécutives à la lecture à partir des données combinatoires dans le référentiel.
Également publié en tant que
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