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1. WO2020159435 - PROCÉDÉ DE SÉQUENÇAGE D'ACIDE NUCLÉIQUE AVEC DES PAIRES DE BASES NON NATURELLES

Numéro de publication WO/2020/159435
Date de publication 06.08.2020
N° de la demande internationale PCT/SG2019/050597
Date du dépôt international 04.12.2019
CIB
C12Q 1/6869 2018.1
CCHIMIE; MÉTALLURGIE
12BIOCHIMIE; BIÈRE; SPIRITUEUX; VIN; VINAIGRE; MICROBIOLOGIE; ENZYMOLOGIE; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE
QPROCÉDÉS DE MESURE OU DE TEST FAISANT INTERVENIR DES ENZYMES, DES ACIDES NUCLÉIQUES OU DES MICRO-ORGANISMES; COMPOSITIONS OU PAPIERS RÉACTIFS À CET EFFET; PROCÉDÉS POUR PRÉPARER CES COMPOSITIONS; PROCÉDÉS DE COMMANDE SENSIBLES AUX CONDITIONS DU MILIEU DANS LES PROCÉDÉS MICROBIOLOGIQUES OU ENZYMOLOGIQUES
1Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismes; Compositions à cet effet; Procédés pour préparer ces compositions
68faisant intervenir des acides nucléiques
6869Méthodes de séquençage
C12Q 1/6853 2018.1
CCHIMIE; MÉTALLURGIE
12BIOCHIMIE; BIÈRE; SPIRITUEUX; VIN; VINAIGRE; MICROBIOLOGIE; ENZYMOLOGIE; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE
QPROCÉDÉS DE MESURE OU DE TEST FAISANT INTERVENIR DES ENZYMES, DES ACIDES NUCLÉIQUES OU DES MICRO-ORGANISMES; COMPOSITIONS OU PAPIERS RÉACTIFS À CET EFFET; PROCÉDÉS POUR PRÉPARER CES COMPOSITIONS; PROCÉDÉS DE COMMANDE SENSIBLES AUX CONDITIONS DU MILIEU DANS LES PROCÉDÉS MICROBIOLOGIQUES OU ENZYMOLOGIQUES
1Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismes; Compositions à cet effet; Procédés pour préparer ces compositions
68faisant intervenir des acides nucléiques
6844Réactions d’amplification d’acides nucléiques
6853utilisant des amorces ou des matrices modifiées
CPC
C12Q 1/6806
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
68involving nucleic acids
6806Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
C12Q 1/6869
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
68involving nucleic acids
6869Methods for sequencing
Déposants
  • AGENCY FOR SCIENCE, TECHNOLOGY AND RESEARCH [SG]/[SG]
Inventeurs
  • HIRAO, Ichiro
  • HIRAO, Michiko
  • HAMASHIMA, Kiyofumi
Mandataires
  • DONALDSON & BURKINSHAW LLP
Données relatives à la priorité
10201900941T31.01.2019SG
Langue de publication anglais (EN)
Langue de dépôt anglais (EN)
États désignés
Titre
(EN) METHOD OF SEQUENCING NUCLEIC ACID WITH UNNATURAL BASE PAIRS
(FR) PROCÉDÉ DE SÉQUENÇAGE D'ACIDE NUCLÉIQUE AVEC DES PAIRES DE BASES NON NATURELLES
Abrégé
(EN)
Disclosed is a method of sequencing a nucleic acid containing an unnatural base pair (UBP), comprising performing two or more replacement replication reactions wherein the nucleic acid is replicated using two or more intermediate of the unnatural base pair; sequencing the nucleic acid resulting from the replacement replication reactions; clustering the sequenced nucleic acid and identifying a candidate position of the unnatural base pair; determining a ratio of conversion of the intermediate to each one of a natural base pair at the candidate position of the unnatural base pair; comparing the ratio of conversion of the intermediate to a library of pre-determined conversion rate based on the sequences of one or more natural base pair adjacent to the candidate position of the unnatural base pair; wherein a substantial match of the ratio of conversion of the intermediate to a value in the library of the pre-determined conversion rate confirms the position of the unnatural base pair, thereby determining the sequence of the nucleic acid containing the unnatural base pair. Also disclosed is an apparatus for performing the method as disclosed herein.
(FR)
L'invention concerne un procédé de séquençage d'un acide nucléique contenant une paire de bases non naturelles (UBP), comprenant l'exécution d'au moins deux réactions de réplication de remplacement, l'acide nucléique étant répliqué à l'aide d'au moins deux intermédiaires de la paire de bases non naturelles; le séquençage de l'acide nucléique résultant des réactions de réplication de remplacement; le regroupement de l'acide nucléique séquencé et l'identification d'une position candidate de la paire de bases non naturelles; la détermination d'un taux de conversion de l'intermédiaire en chacune des paires de bases naturelles au niveau de la position candidate de la paire de bases non naturelles; la comparaison du taux de conversion de l'intermédiaire à celui d'une banque de taux de conversion prédéterminé sur la base des séquences d'une ou de plusieurs paires de bases naturelles adjacentes à la position candidate de la paire de bases non naturelles; une correspondance substantielle du taux de conversion de l'intermédiaire à une valeur dans la banque du taux de conversion prédéterminé confirmant la position de la paire de bases non naturelles, ce qui permet de déterminer la séquence de l'acide nucléique contenant la paire de bases non naturelles. L'invention concerne également un appareil permettant d'exécuter le procédé selon l'invention.
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