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1. WO2020109773 - ANALYSE DE SIGNAL DE NANOPORE À L'AIDE D'UNE TECHNIQUE D'APPRENTISSAGE AUTOMATIQUE

Numéro de publication WO/2020/109773
Date de publication 04.06.2020
N° de la demande internationale PCT/GB2019/053334
Date du dépôt international 26.11.2019
CIB
C12Q 1/6869 2018.01
CCHIMIE; MÉTALLURGIE
12BIOCHIMIE; BIÈRE; SPIRITUEUX; VIN; VINAIGRE; MICROBIOLOGIE; ENZYMOLOGIE; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE
QPROCÉDÉS DE MESURE OU DE TEST FAISANT INTERVENIR DES ENZYMES, DES ACIDES NUCLÉIQUES OU DES MICRO-ORGANISMES; COMPOSITIONS OU PAPIERS RÉACTIFS À CET EFFET; PROCÉDÉS POUR PRÉPARER CES COMPOSITIONS; PROCÉDÉS DE COMMANDE SENSIBLES AUX CONDITIONS DU MILIEU DANS LES PROCÉDÉS MICROBIOLOGIQUES OU ENZYMOLOGIQUES
1Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismes; Compositions à cet effet; Procédés pour préparer ces compositions
68faisant intervenir des acides nucléiques
6869Méthodes de séquençage
G01N 33/487 2006.01
GPHYSIQUE
01MÉTROLOGIE; TESTS
NRECHERCHE OU ANALYSE DES MATÉRIAUX PAR DÉTERMINATION DE LEURS PROPRIÉTÉS CHIMIQUES OU PHYSIQUES
33Recherche ou analyse des matériaux par des méthodes spécifiques non couvertes par les groupes G01N1/-G01N31/146
48Matériau biologique, p.ex. sang, urine; Hémocytomètres
483Analyse physique de matériau biologique
487de matériau biologique liquide
CPC
C12Q 1/6869
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
68involving nucleic acids
6869Methods for sequencing
G01N 33/48721
GPHYSICS
01MEASURING; TESTING
NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
33Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
48Biological material, e.g. blood, urine
483Physical analysis of biological material
487of liquid biological material
48707by electrical means
48721Investigating individual macromolecules, e.g. by translocation through nanopores
G06K 9/6256
GPHYSICS
06COMPUTING; CALCULATING; COUNTING
KRECOGNITION OF DATA; PRESENTATION OF DATA; RECORD CARRIERS; HANDLING RECORD CARRIERS
9Methods or arrangements for reading or recognising printed or written characters or for recognising patterns, e.g. fingerprints
62Methods or arrangements for recognition using electronic means
6217Design or setup of recognition systems and techniques; Extraction of features in feature space; Clustering techniques; Blind source separation
6256Obtaining sets of training patterns; Bootstrap methods, e.g. bagging, boosting
G06N 20/20
GPHYSICS
06COMPUTING; CALCULATING; COUNTING
NCOMPUTER SYSTEMS BASED ON SPECIFIC COMPUTATIONAL MODELS
20Machine learning
20Ensemble learning
G06N 3/0454
GPHYSICS
06COMPUTING; CALCULATING; COUNTING
NCOMPUTER SYSTEMS BASED ON SPECIFIC COMPUTATIONAL MODELS
3Computer systems based on biological models
02using neural network models
04Architectures, e.g. interconnection topology
0454using a combination of multiple neural nets
G06N 3/084
GPHYSICS
06COMPUTING; CALCULATING; COUNTING
NCOMPUTER SYSTEMS BASED ON SPECIFIC COMPUTATIONAL MODELS
3Computer systems based on biological models
02using neural network models
08Learning methods
084Back-propagation
Déposants
  • OXFORD NANOPORE TECHNOLOGIES LIMITED [GB]/[GB]
Inventeurs
  • MASSINGHAM, Timothy Lee
Mandataires
  • J A KEMP LLP
Données relatives à la priorité
1819378.928.11.2018GB
Langue de publication anglais (EN)
Langue de dépôt anglais (EN)
États désignés
Titre
(EN) ANALYSIS OF NANOPORE SIGNAL USING A MACHINE-LEARNING TECHNIQUE
(FR) ANALYSE DE SIGNAL DE NANOPORE À L'AIDE D'UNE TECHNIQUE D'APPRENTISSAGE AUTOMATIQUE
Abrégé
(EN)
A signal derived from a polymer comprising a series of polymer units during translocation of the polymer with respect to a nanopore is analysed using a machine learning technique. A series of weight distributions is output, each comprising weights in respect of transitions between labels over a set of labels representing the possible types of polymer unit in the polymer. An estimate of the series of polymer units from the weight distributions. Use of weights in respect of the transitions increases the accuracy of the technique.
(FR)
L’invention concerne l’analyse d’un signal issu d'un polymère, comprenant une série d'unités polymères pendant la translocation du polymère par rapport à un nanopore, à l'aide d'une technique d'apprentissage automatique. De plus l’invention fournit une série de distributions de poids, chacune comprenant des poids par rapport à des transitions entre des étiquettes sur un ensemble d'étiquettes représentant les types possibles d'unité polymère dans le polymère. L'invention porte en outre sur une estimation de la série d'unités de polymère à partir des distributions de poids. L'invention concerne également l'utilisation de poids par rapport aux transition, ce qui augmente la précision de la technique.
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