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1. WO2020068881 - COMPOSITIONS, SYSTÈMES, APPAREILS ET PROCÉDÉS DE VALIDATION DE TRAITEMENT DE SÉQUENCE DE MICROBIOME ET D'ANALYSES D'ABONDANCE DIFFÉRENTIELLE PAR L'INTERMÉDIAIRE DE MULTIPLES MÉLANGES ENRICHIS FAITS SUR MESURE

Numéro de publication WO/2020/068881
Date de publication 02.04.2020
N° de la demande internationale PCT/US2019/052802
Date du dépôt international 24.09.2019
CIB
C12Q 1/6806 2018.01
CCHIMIE; MÉTALLURGIE
12BIOCHIMIE; BIÈRE; SPIRITUEUX; VIN; VINAIGRE; MICROBIOLOGIE; ENZYMOLOGIE; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE
QPROCÉDÉS DE MESURE OU DE TEST FAISANT INTERVENIR DES ENZYMES, DES ACIDES NUCLÉIQUES OU DES MICRO-ORGANISMES; COMPOSITIONS OU PAPIERS RÉACTIFS À CET EFFET; PROCÉDÉS POUR PRÉPARER CES COMPOSITIONS; PROCÉDÉS DE COMMANDE SENSIBLES AUX CONDITIONS DU MILIEU DANS LES PROCÉDÉS MICROBIOLOGIQUES OU ENZYMOLOGIQUES
1Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismes; Compositions à cet effet; Procédés pour préparer ces compositions
68faisant intervenir des acides nucléiques
6806Préparation d’acides nucléiques pour analyse, p.ex. pour test de réaction en chaîne par polymérase
C12Q 1/6809 2018.01
CCHIMIE; MÉTALLURGIE
12BIOCHIMIE; BIÈRE; SPIRITUEUX; VIN; VINAIGRE; MICROBIOLOGIE; ENZYMOLOGIE; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE
QPROCÉDÉS DE MESURE OU DE TEST FAISANT INTERVENIR DES ENZYMES, DES ACIDES NUCLÉIQUES OU DES MICRO-ORGANISMES; COMPOSITIONS OU PAPIERS RÉACTIFS À CET EFFET; PROCÉDÉS POUR PRÉPARER CES COMPOSITIONS; PROCÉDÉS DE COMMANDE SENSIBLES AUX CONDITIONS DU MILIEU DANS LES PROCÉDÉS MICROBIOLOGIQUES OU ENZYMOLOGIQUES
1Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismes; Compositions à cet effet; Procédés pour préparer ces compositions
68faisant intervenir des acides nucléiques
6809Méthodes de détermination ou d’identification des acides nucléiques faisant intervenir la détection différentielle
C12Q 1/6851 2018.01
CCHIMIE; MÉTALLURGIE
12BIOCHIMIE; BIÈRE; SPIRITUEUX; VIN; VINAIGRE; MICROBIOLOGIE; ENZYMOLOGIE; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE
QPROCÉDÉS DE MESURE OU DE TEST FAISANT INTERVENIR DES ENZYMES, DES ACIDES NUCLÉIQUES OU DES MICRO-ORGANISMES; COMPOSITIONS OU PAPIERS RÉACTIFS À CET EFFET; PROCÉDÉS POUR PRÉPARER CES COMPOSITIONS; PROCÉDÉS DE COMMANDE SENSIBLES AUX CONDITIONS DU MILIEU DANS LES PROCÉDÉS MICROBIOLOGIQUES OU ENZYMOLOGIQUES
1Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismes; Compositions à cet effet; Procédés pour préparer ces compositions
68faisant intervenir des acides nucléiques
6844Réactions d’amplification d’acides nucléiques
6851Amplification quantitative
C12Q 1/6888 2018.01
CCHIMIE; MÉTALLURGIE
12BIOCHIMIE; BIÈRE; SPIRITUEUX; VIN; VINAIGRE; MICROBIOLOGIE; ENZYMOLOGIE; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE
QPROCÉDÉS DE MESURE OU DE TEST FAISANT INTERVENIR DES ENZYMES, DES ACIDES NUCLÉIQUES OU DES MICRO-ORGANISMES; COMPOSITIONS OU PAPIERS RÉACTIFS À CET EFFET; PROCÉDÉS POUR PRÉPARER CES COMPOSITIONS; PROCÉDÉS DE COMMANDE SENSIBLES AUX CONDITIONS DU MILIEU DANS LES PROCÉDÉS MICROBIOLOGIQUES OU ENZYMOLOGIQUES
1Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismes; Compositions à cet effet; Procédés pour préparer ces compositions
68faisant intervenir des acides nucléiques
6876Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes
6888pour la détection ou l’identification d’organismes
CPC
C12Q 1/6806
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
68involving nucleic acids
6806Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
C12Q 1/6851
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
68involving nucleic acids
6844Nucleic acid amplification reactions
6851Quantitative amplification
C12Q 1/686
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
68involving nucleic acids
6844Nucleic acid amplification reactions
686Polymerase chain reaction [PCR]
C12Q 1/689
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
68involving nucleic acids
6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
6888for detection or identification of organisms
689for bacteria
C12Q 2600/166
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
2600Oligonucleotides characterized by their use
166Oligonucleotides used as internal standards, controls or normalisation probes
G16B 30/00
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
30ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
Déposants
  • SECOND GENOME, INC. [US]/[US]
  • CHOW, Cheryl-Emiliane T [US]/[US]
  • DESANTIS, Todd Z. [US]/[US]
  • HANNIBAL, Roberta L. [US]/[US]
  • RAVICHANDAR, Jayamary Divya [US]/[US]
  • NARAYAN, Nicole R. [US]/[US]
Inventeurs
  • CHOW, Cheryl-Emiliane T
  • DESANTIS, Todd Z.
  • HANNIBAL, Roberta L.
  • RAVICHANDAR, Jayamary Divya
  • NARAYAN, Nicole R.
Mandataires
  • FOLLETT, Angela D.
Données relatives à la priorité
62/735,37424.09.2018US
Langue de publication anglais (EN)
Langue de dépôt anglais (EN)
États désignés
Titre
(EN) COMPOSITIONS, SYSTEMS, APPARATUSES, AND METHODS FOR VALIDATION OF MICROBIOME SEQUENCE PROCESSING AND DIFFERENTIAL ABUNDANCE ANALYSES VIA MULTIPLE BESPOKE SPIKE-IN MIXTURES
(FR) COMPOSITIONS, SYSTÈMES, APPAREILS ET PROCÉDÉS DE VALIDATION DE TRAITEMENT DE SÉQUENCE DE MICROBIOME ET D'ANALYSES D'ABONDANCE DIFFÉRENTIELLE PAR L'INTERMÉDIAIRE DE MULTIPLES MÉLANGES ENRICHIS FAITS SUR MESURE
Abrégé
(EN)
Compositions, systems and methods for generating and using internal standard spike-in mixes including a combination of template spikes. Compositions, systems and methods described herein are directed to using the internal standard spike-in mixes to evaluate a set of workflow pipelines to perform differential abundance analyses on a sample containing variations of a target nucleic acid sequence of interest. Compositions, systems and methods described herein are directed to using the internal spike-in mixes to validate results obtained from differential abundance analyses performed on a sample containing variations of a target nucleic acid sequence of interest, where the variations may be of highly variable levels of relative abundance.
(FR)
L'invention concerne des compositions, des systèmes et des procédés pour générer et utiliser des mélanges enrichis d'un étalon interne comprenant une combinaison de pics modèles. Les compositions, les systèmes et les procédés décrits dans la présente invention concernent l'utilisation des mélanges à pics d'étalon interne pour évaluer un ensemble de pipelines de flux de travail afin d'effectuer des analyses d'abondance différentielle sur un échantillon contenant des variations d'une séquence d'acide nucléique cible d'intérêt. Les compositions, les systèmes et les procédés de l'invention concernent l'utilisation des mélanges enrichis en interne pour valider des résultats obtenus à partir d'analyses d'abondance différentielle effectuées sur un échantillon contenant des variations d'une séquence d'acide nucléique cible d'intérêt, les variations pouvant être de niveaux très variables en abondance relative.
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