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1. WO2020065347 - PROCÉDÉ ET APPAREIL POUR L'ANALYSE D'UN ÉCHANTILLON

Numéro de publication WO/2020/065347
Date de publication 02.04.2020
N° de la demande internationale PCT/GB2019/052744
Date du dépôt international 27.09.2019
CIB
G16B 10/00 2019.01
GPHYSIQUE
16TECHNOLOGIES DE L’INFORMATION ET DE LA COMMUNICATION SPÉCIALEMENT ADAPTÉES À DES DOMAINES D’APPLICATION SPÉCIFIQUES
BBIO-INFORMATIQUE, c. à d. TECHNOLOGIES DE L’INFORMATION ET DE LA COMMUNICATION SPÉCIALEMENT ADAPTÉES AU TRAITEMENT DES DONNÉES GÉNÉTIQUES OU PROTÉIQUES DANS LA BIOLOGIE MOLÉCULAIRE INFORMATIQUE
10TIC spécialement adaptées à la bio-informatique évolutive, p. ex. construction ou analyse d’arbre phylogénétique
CPC
G16B 10/00
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
10ICT specially adapted for evolutionary bioinformatics, e.g. phylogenetic tree construction or analysis
Déposants
  • GENOME RESEARCH LIMITED [GB]/[GB]
Inventeurs
  • FORSTER, Samuel
  • LAWLEY, Trevor
  • NEVILLE, Anne
Mandataires
  • APPLEYARD LEES IP LLP
Données relatives à la priorité
1815920.228.09.2018GB
Langue de publication anglais (EN)
Langue de dépôt anglais (EN)
États désignés
Titre
(EN) METHOD AND APPARATUS FOR ANALYSING A SAMPLE
(FR) PROCÉDÉ ET APPAREIL POUR L'ANALYSE D'UN ÉCHANTILLON
Abrégé
(EN)
We describe a method and apparatus for analysing a sample. The method may comprise extracting a plurality of sequence reads from within the sample. Genomic analysis is then performed on the plurality of sequence reads by comparing the plurality of sequence reads to reference genomes stored in a reference database, wherein each stored reference genome comprises a set of reference sequences. Before performing the genomic analysis, the method further comprises comparing screening sequences with at least one of the set of reference sequences and the plurality of sequence reads from the sample. When it is determined that a screening sequence matches at least one sequence within either the set of reference sequences or the plurality of sequence reads, the at least one matching sequence is masked.
(FR)
L'invention concerne un procédé et un appareil pour l'analyse d'un échantillon. Le procédé peut comprendre l'extraction d'une pluralité de lectures de séquence depuis l'intérieur de l'échantillon. Une analyse génomique est ensuite effectuée sur la pluralité de lectures de séquence en comparant la pluralité de lectures de séquence à des génomes de référence stockés dans une base de données de référence, chaque génome de référence stocké comprenant un ensemble de séquences de référence. Avant de réaliser l'analyse génomique, le procédé comprend en outre la comparaison de séquences de criblage avec au moins l'une des séquences de l'ensemble de séquences de référence et la pluralité de lectures de séquence provenant de l'échantillon. Lorsqu'il est déterminé qu'une séquence de criblage concorde avec au moins une séquence, soit dans l'ensemble de séquences de référence, soit dans la pluralité de lectures de séquence, ladite ou lesdites séquence(s) concordante(s) est(sont) masquée(s).
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