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1. (WO2018184683) PROCÉDÉ DE SURVEILLANCE POUR LA LEUCÉMIE/LYMPHOME À CELLULES T DE L'ADULTE (ATL)

Pub. No.:    WO/2018/184683    International Application No.:    PCT/EP2017/058271
Publication Date: Fri Oct 12 01:59:59 CEST 2018 International Filing Date: Fri Apr 07 01:59:59 CEST 2017
IPC: C12Q 1/68
C12Q 1/70
Applicants: UNIVERSITE DE LIEGE
INSTITUT JULES BORDET
UNIVERSITE LIBRE DE BRUXELLES
Inventors: GEORGES, Michel
VAN DEN BROEKE, Anne
DURKIN, Keith
ARTESI, Maria
HAHAUT, Vincent
ROSEWICK, Nicolas
Title: PROCÉDÉ DE SURVEILLANCE POUR LA LEUCÉMIE/LYMPHOME À CELLULES T DE L'ADULTE (ATL)
Abstract:
La présente invention concerne un procédé de préparation d'un produit de PCR linéaire à partir d'ADN génomique dérivé de cellules d'un sujet hôte infecté par un rétrovirus ou d'un sujet souffrant d'une maladie associée audit rétrovirus, le produit de PCR contenant une séquence cible comprenant un site d'intégration du rétrovirus dans l'ADN génomique hôte des cellules, ledit site d'intégration comprenant au moins l'extrémité terminale de la séquence 3'-LTR ou 5'-LTR du rétrovirus et la séquence d'ADN génomique hôte adjacente, le produit de PCR comprenant une première extrémité et une deuxième extrémité et des séquences dans l'ordre suivant : des séquences spécifiques à la première extrémité, une séquence comprenant au moins 6 nucléotides aléatoires consécutifs suivis d'une séquence de lieur, une séquence d'ADN génomique hôte, au moins l'extrémité terminale de la séquence 3'-LTR ou 5'-LTR du rétrovirus, des séquences spécifiques à la deuxième extrémité ; le produit de PCR étant préparé par des étapes spécifiques. La présente invention concerne également un procédé pour déterminer et surveiller longitudinalement le clone de lymphocyte T leucémique dominant chez des sujets souffrant de leucémie/lymphome à cellules T de l'adulte (ATL), un produit de PCR linéaire étant préparé par le procédé selon le premier aspect de la présente invention, ledit produit de PCR étant soumis à un séquençage multiplex, ce qui permet de déterminer tous les sites d'insertion et tous les sites de cisaillement, les sites de cisaillement étant corrélés au site d'insertion respectif, puis à un comptage du nombre de sites de cisaillement différents pour chaque site d'insertion représentant un clone de lymphocyte T spécifique, à une élimination de toute copie de PCR de la prise en considération par élimination de lectures qui présentent le même site d'insertion et la même étiquette aléatoire et à une détermination de l'abondance de chaque clone de lymphocyte T spécifique qui en résulte.