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1. (WO2017147294) SÉQUENÇAGE DE NOUVELLE GÉNÉRATION (NGS)AMÉLIORÉ
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N° de publication : WO/2017/147294 N° de la demande internationale : PCT/US2017/019134
Date de publication : 31.08.2017 Date de dépôt international : 23.02.2017
CIB :
C12Q 1/68 (2006.01) ,C12N 15/10 (2006.01)
Déposants : NELSON, Beth[US/US]; US (BW)
NOVOZYMES A/S[DK/DK]; Krogshoejvej 36 2880 Bagsvaerd, DK
Inventeurs : NELSON, Beth; US
MALTEN, Marco; DK
POULSEN, Thomas Agersten; DK
BARGISEN, Michael; DK
RAMAIYA, Preethi; US
Mandataire : FECHTER, Eric; US
LAMBIRIS, Elias; US
REYNOLDS, Kelly; US
STARNES, Robert; US
Données relatives à la priorité :
62/298,89923.02.2016US
Titre (EN) IMPROVED NEXT-GENERATION SEQUENCING
(FR) SÉQUENÇAGE DE NOUVELLE GÉNÉRATION (NGS)AMÉLIORÉ
Abrégé :
(EN) The present invention enables the determination by NGS of the full nucleotide sequence of one or more polynucleotides of interest that are more than 800 bp in length after only one round of PCR amplification and subsequent fragmentation by adding at least one known oligonucleotide index to at least one end of each polynucleotide to produce elongated polynucleotides, wherein each known oligonucleotide index added to each polynucleotide is unique; fragmenting the elongated polynucleotides; sequencing the resulting fragments with paired forward and reverse reads using bridge amplification and next-generation sequencing; sorting the paired sequences based on the known oligonucleotide; and performing manual or in silico assembly of the sorted paired sequences, thereby providing the full coding sequence of each of the multitude of polynucleotides.
(FR) La présente invention consiste à déterminer par NGS la séquence nucléotidique complète d'un ou de plusieurs polynucléotides d'intérêt qui font plus de 800 bp en longueur après un seul cycle d'amplification PCR et effectuer une fragmentation ultérieure par ajout d'au moins un index d'oligonucléotide connu à au moins une extrémité de chaque polynucléotide afin de produire des polynucléotides allongés, chaque index d'oligonucléotide connu ajouté à chaque polynucléotide étant unique; fragmenter les polynucléotides allongés; séquencer des fragments résultants par des lectures par paires vers l'avant et vers l'arrière en utilisant l'amplification en pont et le séquençage de nouvelle génération; trier les séquences appariées sur la base de l'oligonucléotide connu; et effectuer un assemblage manuel ou in silico des séquences appariées triées, ce qui permet d'obtenir la séquence de codage complète de chaque polynucléotide de la multitude de polynucléotides.
États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)