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1. (WO2017138984) SYSTÈMES, PROCÉDÉS, ET MILIEUX DESTINÉS À L’ASSEMBLAGE DE NOVO DE DONNÉES DE SÉQUENCE DU GÉNOME ENTIER
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication : WO/2017/138984 N° de la demande internationale : PCT/US2016/047899
Date de publication : 17.08.2017 Date de dépôt international : 19.08.2016
CIB :
C12Q 1/68 (2006.01) ,C12P 19/34 (2006.01) ,C04B 40/06 (2006.01) ,C40B 50/16 (2006.01) ,G01N 33/68 (2006.01)
C CHIMIE; MÉTALLURGIE
12
BIOCHIMIE; BIÈRE; SPIRITUEUX; VIN; VINAIGRE; MICROBIOLOGIE; ENZYMOLOGIE; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE
Q
PROCÉDÉS DE MESURE, DE RECHERCHE OU D'ANALYSE FAISANT INTERVENIR DES ENZYMES OU DES MICRO-ORGANISMES; COMPOSITIONS OU PAPIERS RÉACTIFS À CET EFFET; PROCÉDÉS POUR PRÉPARER CES COMPOSITIONS; PROCÉDÉS DE COMMANDE SENSIBLES AUX CONDITIONS DU MILIEU DANS LES PROCÉDÉS MICROBIOLOGIQUES OU ENZYMOLOGIQUES
1
Procédés de mesure, de recherche ou d'analyse faisant intervenir des enzymes ou des micro-organismes; Compositions à cet effet; Procédés pour préparer ces compositions
68
faisant intervenir des acides nucléiques
C CHIMIE; MÉTALLURGIE
12
BIOCHIMIE; BIÈRE; SPIRITUEUX; VIN; VINAIGRE; MICROBIOLOGIE; ENZYMOLOGIE; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE
P
PROCÉDÉS DE FERMENTATION OU PROCÉDÉS UTILISANT DES ENZYMES POUR LA SYNTHÈSE D'UN COMPOSÉ CHIMIQUE DONNÉ OU D'UNE COMPOSITION DONNÉE, OU POUR LA SÉPARATION D'ISOMÈRES OPTIQUES À PARTIR D'UN MÉLANGE RACÉMIQUE
19
Préparation de composés contenant des radicaux saccharide
26
Préparation d'hydrates de carbone contenant de l'azote
28
N-glucosides
30
Nucléotides
34
Polynucléotides, p.ex. acides nucléiques, oligoribonucléotides
C CHIMIE; MÉTALLURGIE
04
CIMENTS; BÉTON; PIERRE ARTIFICIELLE; CÉRAMIQUES; RÉFRACTAIRES
B
CHAUX; MAGNÉSIE; SCORIES; CIMENTS; LEURS COMPOSITIONS, p.ex. MORTIERS, BÉTON OU MATÉRIAUX DE CONSTRUCTION SIMILAIRES; PIERRE ARTIFICIELLE; CÉRAMIQUES; RÉFRACTAIRES; TRAITEMENT DE LA PIERRE NATURELLE
40
Procédés, en général, pour influencer ou modifier les propriétés des compositions pour mortiers, béton ou pierre artificielle, p.ex. leur aptitude à prendre ou à durcir
06
Inhibition de la prise, p.ex. pour mortiers du type à action différée contenant de l'eau dans des récipients frangibles
C CHIMIE; MÉTALLURGIE
40
TECHNOLOGIE COMBINATOIRE
B
CHIMIE COMBINATOIRE; BIBLIOTHÈQUES, p.ex. CHIMIOTHÈQUES, BIBLIOTHÈQUES VIRTUELLES (IN SILICO)
50
Procédés de création de bibliothèques, p.ex. synthèse combinatoire
14
Synthèse en phase solide, c. à d. dans laquelle au moins un bloc servant à créer la bibliothèque est lié à un support solide au cours de la création de la bibliothèque; Procédés particuliers de clivage à partir du support solide
16
comprenant des étapes de codage
G PHYSIQUE
01
MÉTROLOGIE; ESSAIS
N
RECHERCHE OU ANALYSE DES MATÉRIAUX PAR DÉTERMINATION DE LEURS PROPRIÉTÉS CHIMIQUES OU PHYSIQUES
33
Recherche ou analyse des matériaux par des méthodes spécifiques non couvertes par les groupes G01N1/-G01N31/146
48
Matériau biologique, p.ex. sang, urine; Hémocytomètres
50
Analyse chimique de matériau biologique, p.ex. de sang, d'urine; Recherche ou analyse par des méthodes faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiques par ligands; Recherche ou analyse immunologique
68
faisant intervenir des protéines, peptides ou amino-acides
Déposants :
10X GENOMICS, INC. [US/US]; 7068 Koll Center Parkway, Suite 401 Pleasanton, CA 94566, US
Inventeurs :
JAFFE, David; US
MARKS, Patrick; US
SCHNALL-LEVIN, Michael; US
WEISENFELD, Neil; US
Mandataire :
LAM, Amy; US
AGRAWAL, Trisha; US
ADVANI, Raj; US
ALEMOZAFAR, Ali; US
ANDERSON, Garrett; US
Données relatives à la priorité :
62/294,18411.02.2016US
62/332,91406.05.2016US
Titre (EN) SYSTEMS, METHODS, AND MEDIA FOR DE NOVO ASSEMBLY OF WHOLE GENOME SEQUENCE DATA
(FR) SYSTÈMES, PROCÉDÉS, ET MILIEUX DESTINÉS À L’ASSEMBLAGE DE NOVO DE DONNÉES DE SÉQUENCE DU GÉNOME ENTIER
Abrégé :
(EN) Described are computer-implemented methods, systems, and media for de novo phased diploid assembly of nucleic acid sequence data generated from a nucleic acid sample of an individual utilizing nucleic acid tags to preserve long-range sequence context for the individual such that a subset of short-read sequence data derived from a common starting sequence shares a common tag. The phased diploid assembly is achieved without alignment to a reference sequence derived from organisms other than the individual. The methods, systems, and media described are computer-resource efficient, allowing scale-up.
(FR) La présente invention décrit des procédés informatisés, des systèmes, et des milieux pour ensemble diploïde en phase de novo de données de séquence d’acides nucléiques générées à partir d’un échantillon d’acide nucléique d’un individu utilisant des étiquettes d’acide nucléique pour conserver le contexte de séquence à long rayon d'action pour l’individu de sorte qu’un sous-ensemble de données de séquence de lecture courte dérivées d’une séquence de départ commune partage une étiquette commune. L’ensemble diploïde en phase est obtenu sans alignement sur une séquence de référence dérivée d'organismes autres que l’individu. Les procédés, les systèmes et les milieux décrits sont efficaces en termes de ressources informatiques, permettant la mise à l’échelle.
front page image
États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JP, KE, KG, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)