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1. WO2017079398 - SYSTÈME ET PROCÉDÉ DE COMPENSATION DU BRUIT DANS DES DONNÉES DE SÉQUENCE POUR UNE PRÉCISION ET UNE SENSIBILITÉ AMÉLIORÉES DE TEST D'ADN

Numéro de publication WO/2017/079398
Date de publication 11.05.2017
N° de la demande internationale PCT/US2016/060270
Date du dépôt international 03.11.2016
CIB
C12Q 1/68 2006.01
CCHIMIE; MÉTALLURGIE
12BIOCHIMIE; BIÈRE; SPIRITUEUX; VIN; VINAIGRE; MICROBIOLOGIE; ENZYMOLOGIE; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE
QPROCÉDÉS DE MESURE OU DE TEST FAISANT INTERVENIR DES ENZYMES, DES ACIDES NUCLÉIQUES OU DES MICRO-ORGANISMES; COMPOSITIONS OU PAPIERS RÉACTIFS À CET EFFET; PROCÉDÉS POUR PRÉPARER CES COMPOSITIONS; PROCÉDÉS DE COMMANDE SENSIBLES AUX CONDITIONS DU MILIEU DANS LES PROCÉDÉS MICROBIOLOGIQUES OU ENZYMOLOGIQUES
1Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismes; Compositions à cet effet; Procédés pour préparer ces compositions
68faisant intervenir des acides nucléiques
G01N 31/00 2006.01
GPHYSIQUE
01MÉTROLOGIE; TESTS
NRECHERCHE OU ANALYSE DES MATÉRIAUX PAR DÉTERMINATION DE LEURS PROPRIÉTÉS CHIMIQUES OU PHYSIQUES
31Recherche ou analyse des matériaux non biologiques par l'emploi des procédés chimiques spécifiés dans les sous-groupes; Appareils spécialement adaptés à de tels procédés
G01N 33/48 2006.01
GPHYSIQUE
01MÉTROLOGIE; TESTS
NRECHERCHE OU ANALYSE DES MATÉRIAUX PAR DÉTERMINATION DE LEURS PROPRIÉTÉS CHIMIQUES OU PHYSIQUES
33Recherche ou analyse des matériaux par des méthodes spécifiques non couvertes par les groupes G01N1/-G01N31/146
48Matériau biologique, p.ex. sang, urine; Hémocytomètres
G01N 33/50 2006.01
GPHYSIQUE
01MÉTROLOGIE; TESTS
NRECHERCHE OU ANALYSE DES MATÉRIAUX PAR DÉTERMINATION DE LEURS PROPRIÉTÉS CHIMIQUES OU PHYSIQUES
33Recherche ou analyse des matériaux par des méthodes spécifiques non couvertes par les groupes G01N1/-G01N31/146
48Matériau biologique, p.ex. sang, urine; Hémocytomètres
50Analyse chimique de matériau biologique, p.ex. de sang ou d'urine; Test par des méthodes faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiques par ligands; Test immunologique
G06F 17/10 2006.01
GPHYSIQUE
06CALCUL; COMPTAGE
FTRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
17Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des fonctions spécifiques
10Opérations mathématiques complexes
G06F 17/11 2006.01
GPHYSIQUE
06CALCUL; COMPTAGE
FTRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
17Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des fonctions spécifiques
10Opérations mathématiques complexes
11pour la résolution d'équations
CPC
G01N 2800/385
GPHYSICS
01MEASURING; TESTING
NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
2800Detection or diagnosis of diseases
38Pediatrics
385Congenital anomalies
G06N 20/00
GPHYSICS
06COMPUTING; CALCULATING; COUNTING
NCOMPUTER SYSTEMS BASED ON SPECIFIC COMPUTATIONAL MODELS
20Machine learning
G06N 7/08
GPHYSICS
06COMPUTING; CALCULATING; COUNTING
NCOMPUTER SYSTEMS BASED ON SPECIFIC COMPUTATIONAL MODELS
7Computer systems based on specific mathematical models
08using chaos models or non-linear system models
G16B 30/00
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
30ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
G16B 99/00
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
99Subject matter not provided for in other groups of this subclass
Déposants
  • ECHELON DIAGNOSTICS, INC. [US]/[US]
Inventeurs
  • BURKE, John
  • SANDERS, Stephen Healy
Mandataires
  • MOLINELLI, Eugene J.
  • EVANS, Judith A.
Données relatives à la priorité
62/250,10803.11.2015US
Langue de publication anglais (EN)
Langue de dépôt anglais (EN)
États désignés
Titre
(EN) A SYSTEM AND METHOD FOR COMPENSATING NOISE IN SEQUENCE DATA FOR IMPROVED ACCURACY AND SENSITIVITY OF DNA TESTING
(FR) SYSTÈME ET PROCÉDÉ DE COMPENSATION DU BRUIT DANS DES DONNÉES DE SÉQUENCE POUR UNE PRÉCISION ET UNE SENSIBILITÉ AMÉLIORÉES DE TEST D'ADN
Abrégé
(EN)
Some techniques for compensating noise in nucleotide sequencing data include smoothing data for a first reference sequence based on amounts of a subset of reference sequences. An amount of each reference sequence of the subset is multiplied by a corresponding smoothing factor for the reference sequence. The smoothing factor for the reference sequence is based on a spread of the amounts of the reference sequence in the training data. Some techniques include applying a hidden Markov model in which hidden states represent normal condition and a condition of interest at each of multiple pairs of complementary fractions of the sample exhibiting the condition. Transitions from a non-normal condition at a first fraction are confined to states at the first fraction. The normal condition at the first fraction can transition to a state of a different fraction only if the different state represents the normal condition at a complementary fraction.
(FR)
Certaines techniques de compensation du bruit dans des données de séquençage nucléotidique comprennent le lissage des données pour une première séquence de référence sur la base de quantités d'un sous-ensemble de séquences de référence. Une quantité de chaque séquence de référence du sous-ensemble est multipliée par un facteur de lissage correspondant pour la séquence de référence. Le facteur de lissage pour la séquence de référence est basé sur un étalement des quantités de la séquence de référence dans les données d'apprentissage. Certaines techniques comprennent l'application d'un modèle de Markov caché, dans lequel des états cachés représentant une condition normale et une condition d'intérêt en chacune des multiples paires de fractions complémentaires de l'échantillon présentant la condition. Les transitions d'un état anormal au niveau d'une première fraction sont confinées aux états au niveau de la première fraction. La condition normale au niveau de la première fraction peut passer à un état d'une fraction différente seulement si l'état différent représente la condition normale au niveau d'une fraction complémentaire.
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