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1. (WO2017049213) PROCÉDÉS ET COMPOSITIONS POUR L'ENRICHISSEMENT D'UNE CIBLE GÉNOMIQUE ET LE SÉQUENÇAGE SÉLECTIF D'ADN
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication :    WO/2017/049213    N° de la demande internationale :    PCT/US2016/052317
Date de publication : 23.03.2017 Date de dépôt international : 16.09.2016
CIB :
C12Q 1/68 (2006.01)
Déposants : PETAOMICS, INC. [US/US]; 3055 Hunter Road, Mailbox 7 San Marcos, TX 78666 (US)
Inventeurs : LIZARDI, Paul M.; (US).
FERGUSON, Brent W.; (US)
Mandataire : PABST, Patrea L.; (US).
SHYNTUM, Yvonne, Y.; (US).
MONHEIT, Rivka, D.; (US).
VORNDRAN, Charles; (US).
HODGES, Robert, A.; (US)
Données relatives à la priorité :
62/219,332 16.09.2015 US
Titre (EN) METHODS AND COMPOSITIONS FOR GENOMIC TARGET ENRICHMENT AND SELECTIVE DNA SEQUENCING
(FR) PROCÉDÉS ET COMPOSITIONS POUR L'ENRICHISSEMENT D'UNE CIBLE GÉNOMIQUE ET LE SÉQUENÇAGE SÉLECTIF D'ADN
Abrégé : front page image
(EN)It has been established that one or more large double stranded DNA fragments (each 2,000 to 40,000 base pairs in size) can be captured and isolated from genomic DNA fragments using sequence specific PNA hybridization probes. Compositions and methods for enrichment of a multiplicity of long DNA sequences selected from the genome of any eukaryote are provided. Capture is performed using multiple PNA molecules with gamma-modified chiral backbones, comprising a mixture of neutral and positive chemical groups such as diethylene glycol, gamma-L-lysine, gamma-L-thialysine. Two or more PNA probes with covalently bound haptens, preferably biotin, target each DNA domain of interest for capture, isolation, and subsequent sequencing analysis of the multiplicity of enriched targets, including DNA methylation sequencing. The methods include enhancement of probe-DNA binding specificity through single strand binding proteins (SSB).
(FR)Selon l'invention, il a été établi qu'un ou plusieurs grands fragments d'ADN double brin (comptant chacun de 2000 à 40000 paires de bases) peuvent être capturés et isolés à partir de fragments d'ADN génomique à l'aide de sondes d'hybridation d'ANP spécifiques à une séquence. L'invention concerne également des compositions et des procédés d'enrichissement d'une multiplicité de longues séquences d'ADN choisies dans le génome de n'importe quel eucaryote. La capture est effectuée au moyen de plusieurs molécules d'ANP pourvues de squelettes chiraux à modification gamma, comprenant un mélange de groupes chimiques neutres et positifs tel que diéthylène glycol, gamma-L-lysine, gamma-L-thialysine. Deux sondes ANP ou plus, comportant des haptènes, de préférence de la biotine, liés par liaison covalente, ciblent chaque domaine d'ADN d'intérêt en vue de capturer, d'isoler et d'effectuer ensuite une analyse par séquençage de la multiplicité de cibles enrichies, y compris un séquençage par méthylation d'ADN. Les procédés consistent notamment à améliorer la spécificité de liaison ADN-sonde par le biais de protéines de liaison simple brin (SSB).
États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JP, KE, KG, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)