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1. (WO2013188471) PROCÉDÉ DE DÉTERMINATION DE SÉQUENCE À L'AIDE D'ÉTIQUETTES DE SÉQUENCE
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication :    WO/2013/188471    N° de la demande internationale :    PCT/US2013/045276
Date de publication : 19.12.2013 Date de dépôt international : 11.06.2013
CIB :
C12Q 1/68 (2006.01)
Déposants : SEQUENTA, INC. [US/US]; 400 East Jamie Court, Suite 301 South San Francisco, CA 94080 (US) (Tous Sauf US).
FAHAM, Malek [US/US]; (US) (US only).
MOORHEAD, Martin [CH/US]; (US) (US only).
WILLIS, Thomas [US/US]; (US) (US only).
ZHENG, Jianbiao [US/US]; (US) (US only)
Inventeurs : FAHAM, Malek; (US).
MOORHEAD, Martin; (US).
WILLIS, Thomas; (US).
ZHENG, Jianbiao; (US)
Mandataire : EASTERDAY, Mathew; Wilson Sonsini Goodrich & Rosati 650 Page Mill Road Palo Alto, CA 94304-1050 (US)
Données relatives à la priorité :
61/658,317 11.06.2012 US
61/776,647 11.03.2013 US
61/738,277 17.12.2012 US
61/829,054 30.05.2013 US
13/835,093 15.03.2013 US
Titre (EN) METHOD OF SEQUENCE DETERMINATION USING SEQUENCE TAGS
(FR) PROCÉDÉ DE DÉTERMINATION DE SÉQUENCE À L'AIDE D'ÉTIQUETTES DE SÉQUENCE
Abrégé : front page image
(EN)The invention is directed to the use of sequence tags to improve sequence determination of amplicons of related sequences, particularly large and complex amplicons, such as those comprising recombined nucleic acids encoding immune receptor molecules. In one aspect, sequence reads having the same sequence tags are aligned after which final base calls are determined from a (possibly weighted) average base call from sequence read base calls at each position. Similarly, in another aspect, sequence reads comprising series of incorporation signals are aligned by common sequence tags and base calls in homopolymer regions are made as a function incorporation signal values at each "flow" position.
(FR)L'invention concerne l'utilisation d'étiquettes de séquence pour améliorer la détermination de séquence d'amplicons de séquences associées, en particulier de grands et complexes amplicons, tels que ceux comprenant des acides nucléiques recombinés codant pour des molécules de récepteur immunitaire. Selon un aspect, des lectures de séquence ayant les mêmes étiquettes de séquence sont alignées, après quoi les appels de bases finals sont déterminés à partir d'un appel de bases moyen (éventuellement pondéré) provenant d'appels de bases de lecture de séquence à chaque position. De façon similaire, selon un autre aspect, des lectures de séquence comprenant des séries de signaux d'incorporation sont alignées par des étiquettes de séquence communes et des appels de bases communs dans des régions homopolymériques qui sont constituées en tant que valeurs de signal d'incorporation de fonction à chaque position d'« écoulement ».
États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)