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1. WO2012004203 - PROCÉDÉ POUR LE SÉQUENÇAGE D'ACIDES NUCLÉIQUES

Numéro de publication WO/2012/004203
Date de publication 12.01.2012
N° de la demande internationale PCT/EP2011/061142
Date du dépôt international 01.07.2011
CIB
C12Q 1/68 2006.01
CCHIMIE; MÉTALLURGIE
12BIOCHIMIE; BIÈRE; SPIRITUEUX; VIN; VINAIGRE; MICROBIOLOGIE; ENZYMOLOGIE; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE
QPROCÉDÉS DE MESURE OU DE TEST FAISANT INTERVENIR DES ENZYMES, DES ACIDES NUCLÉIQUES OU DES MICRO-ORGANISMES; COMPOSITIONS OU PAPIERS RÉACTIFS À CET EFFET; PROCÉDÉS POUR PRÉPARER CES COMPOSITIONS; PROCÉDÉS DE COMMANDE SENSIBLES AUX CONDITIONS DU MILIEU DANS LES PROCÉDÉS MICROBIOLOGIQUES OU ENZYMOLOGIQUES
1Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismes; Compositions à cet effet; Procédés pour préparer ces compositions
68faisant intervenir des acides nucléiques
CPC
C12Q 1/6869
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
68involving nucleic acids
6869Methods for sequencing
Déposants
  • ALACRIS THERANOSTICS GMBH [DE/DE]; Fabeckstraße 60-62 14195 Berlin, DE (AllExceptUS)
  • GLÖKLER, Jörn [DE/DE]; DE (UsOnly)
  • LEHRACH, Hans [DE/DE]; DE (UsOnly)
Inventeurs
  • GLÖKLER, Jörn; DE
  • LEHRACH, Hans; DE
Mandataires
  • KILGER, Christian; Fanelli Haag & Kilger PLLC Fasanenstrasse 29 10719 Berlin, DE
Données relatives à la priorité
10168625.106.07.2010EP
Langue de publication anglais (EN)
Langue de dépôt anglais (EN)
États désignés
Titre
(EN) METHOD FOR NUCLEIC ACID SEQUENCING
(FR) PROCÉDÉ POUR LE SÉQUENÇAGE D'ACIDES NUCLÉIQUES
Abrégé
(EN)
The present invention relates in a first aspect to a method for sequencing a nucleic acid comprising the following steps: (i) providing a template nucleic acid under conditions at which said template nucleic acid is single-stranded, (ii) annealing a primer oligonucleotide to said template nucleic acid, (iii) ligating or chemically linking said primer oligonucleotide to the template nucleic acid, (iv) contacting said template nucleic acid with a library of adapter oligonucleotides, wherein each adapter oligonucleotide of the library comprises a defined first sequence of two or more nucleotides at one end, a second defined sequence of 12 or more nucleotides at the other end and a random linker sequence of from 2 to 10 nucleotides between the first and second defined sequences, (v) ligating those of the adapter oligonucleotides to the primer oligonucleotide which have hybridized to the template nucleic acid such that their first defined sequence is in immediate proximity to said primer oligonucleotide, (vi) contacting the second defined sequence of the adapter oligonucleotide with a library of labelled oligonucleotide probes such that hybridization of the oligonucleotide probes to complementary strands of said second defined sequences of the adapter oligonucleotides may occur, wherein the label of each oligonucleotide probe is specific for the first defined sequence of the adapter oligonucleotide, (vii) detecting oligonucleotide probes hybridized to said second defined sequences of the adapter oligonucleotide, (viii) removing the linker sequence and the second defined sequence of the adapter oligonucleotide by cleavage of the ligated adapter oligonucleotides between the first defined sequence and the linker sequence or by enzymatic digestion with an exonuclease, (ix) repeating steps (iv) to (viii) as required.
(FR)
Selon un premier aspect, la présente invention concerne un procédé pour le séquençage d'acides nucléiques comprenant les étapes suivantes: (i) la mise à disposition d'un acide nucléique matrice dans des conditions où ledit acide nucléique matrice est un acide nucléique simple brin; (ii) le recuit d'un oligonucléotide amorce au dit acide nucléique matrice; (iii) la ligature ou la liaison chimique dudit oligonucléotide amorce à l'acide nucléique matrice; (iv) la mise en contact dudit acide nucléique matrice avec une bibliothèque d'oligonucléotides adaptateurs, chaque oligonucléotide adaptateur de la bibliothèque comportant une première séquence définie d'au moins deux nucléotides à une extrémité, une seconde séquence définie d'au moins 12 nucléotides à l'autre extrémité et une séquence de liaison aléatoire de 2 à 10 nucléotides entre les première et seconde séquences définies; (v) la ligature de ceux parmi les oligonucléotides adaptateurs à l'oligonucléotide amorce qui se sont hybridés à l'acide nucléique matrice de sorte que leur première séquence définie soit à proximité immédiate dudit oligonucléotide amorce; (vi) la mise en contact de la seconde séquence définie de l'oligonucléotide adaptateur avec une bibliothèque de sondes oligonucléotidiques étiquetées de sorte que l'hybridation des sondes oligonuléotidiques aux brins complémentaires de ladite seconde séquence définie des oligonucléotides adaptateurs puisse se produire, l'étiquette de chaque sonde oligonucléotidique étant spécifique pour la première séquence définie de l'oligonucléotide adaptateur; (vii) la détection des sondes oligonucléotidiques hybridées à ladite seconde séquence définie de l'oligonucléotide adaptateur; (viii) l'élimination de la séquence de liaison et de la seconde séquence définie de l'oligonucléotide adaptateur par le clivage des oligonucléotides adaptateurs ligaturés entre la première séquence définie et la séquence de liaison ou par la digestion enzymatique avec une exonucléase; (ix) la répétition des étapes (iv) à (viii) le cas échéant.
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