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1. WO2011062166 - PROCÉDÉ D'ESTIMATION D'ÉTAT DYNAMIQUE DE STRUCTURE SECONDAIRE D'ARN

Numéro de publication WO/2011/062166
Date de publication 26.05.2011
N° de la demande internationale PCT/JP2010/070400
Date du dépôt international 16.11.2010
CIB
G06F 19/16 2011.01
GPHYSIQUE
06CALCUL; COMPTAGE
FTRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
19Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des applications spécifiques
10Bio-informatique, c. à d. procédés ou systèmes pour le traitement de données génétiques ou se rapportant aux protéines en biologie moléculaire informatique
16pour la structure moléculaire, p.ex. alignement de la structure, relations structurales ou fonctionnelles, repliement protéique, topologies de domaine, ciblage de médicaments utilisant des données de structure, impliquant des structures bidimensionnelles ou tridimensionnelles
C12N 15/09 2006.01
CCHIMIE; MÉTALLURGIE
12BIOCHIMIE; BIÈRE; SPIRITUEUX; VIN; VINAIGRE; MICROBIOLOGIE; ENZYMOLOGIE; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE
NMICRO-ORGANISMES OU ENZYMES; COMPOSITIONS LES CONTENANT; CULTURE OU CONSERVATION DE MICRO-ORGANISMES; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE; MILIEUX DE CULTURE
15Techniques de mutation ou génie génétique; ADN ou ARN concernant le génie génétique, vecteurs, p.ex. plasmides, ou leur isolement, leur préparation ou leur purification; Utilisation d'hôtes pour ceux-ci
09Technologie d'ADN recombinant
CPC
G16B 15/00
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
15ICT specially adapted for analysing two-dimensional or three-dimensional molecular structures, e.g. structural or functional relations or structure alignment
G16B 15/10
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
15ICT specially adapted for analysing two-dimensional or three-dimensional molecular structures, e.g. structural or functional relations or structure alignment
10Nucleic acid folding
Déposants
  • 武田薬品工業株式会社 TAKEDA PHARMACEUTICAL COMPANY LIMITED [JP]/[JP] (AllExceptUS)
  • 中村 慎吾 NAKAMURA, Shingo [JP]/[JP] (UsOnly)
Inventeurs
  • 中村 慎吾 NAKAMURA, Shingo
Mandataires
  • 高島 一 TAKASHIMA, Hajime
Données relatives à la priorité
2009-26225817.11.2009JP
Langue de publication japonais (JA)
Langue de dépôt japonais (JA)
États désignés
Titre
(EN) METHOD FOR ESTIMATING DYNAMIC STATE OF SECONDARY STRUCTURE OF RNA
(FR) PROCÉDÉ D'ESTIMATION D'ÉTAT DYNAMIQUE DE STRUCTURE SECONDAIRE D'ARN
(JA) RNAの二次構造の動態を予測する方法
Abrégé
(EN)
Provided are a method whereby the dynamic state of a secondary structure of an RNA in a non-equilibrium state can be estimated, a program for executing said method by a computer, and a device for carrying out said method. The method comprises identifying the secondary structures of an RNA in an equilibrium state by using a publicly known method for estimating secondary structure, representing interconversion among these secondary structures by simultaneous differential equations, and doing the simultaneous differential equations under appropriate initial conditions to thereby determine the probability at which each of the aforesaid secondary structure occurs at each point in the non-equilibrium state.
(FR)
L'invention concerne un procédé par lequel l'état dynamique d'une structure secondaire d'un ARN dans un état de non équilibre peut être estimé, un programme pour exécuter ledit procédé par un ordinateur, et un dispositif pour exécuter ledit procédé. Le procédé consiste à identifier les structures secondaires d'un ARN dans un état d'équilibre au moyen d'un procédé connu publiquement pour estimer une structure secondaire, représenter l'inter-conversion entre ces structures secondaires par des équations différentielles simultanées, et effectuer les équations différentielles simultanées dans des conditions initiales appropriées pour déterminer de ce fait la probabilité avec laquelle chacune des structures secondaires susmentionnées apparaît en chaque point dans l'état de non équilibre.
(JA)
 本発明は、非平衡状態でのRNAの二次構造の動態を予測することを可能とする方法、該方法をコンピュータに実行させるためのプログラム、および該方法を実施するための装置を提供することを課題とする。 上記課題は、平衡状態でのRNAの二次構造を従来公知の二次構造予測方法を用いて決定し、それらの二次構造同士の相互変換を連立微分方程式で記述し、かつ該連立微分方程式を適当な初期条件の下で解くことにより、前記各二次構造が、非平衡状態にある各時点において何程の確率で存在し得るかを決定することを含む方法により解決される。
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