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1. (WO2008129458) PROCÉDÉ APPLIQUÉ ÉÀ DES SPECTRES DE FRÉQUENCES D'ADN POUR EXPLORATION DE DONNÉES
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication :    WO/2008/129458    N° de la demande internationale :    PCT/IB2008/051431
Date de publication : 30.10.2008 Date de dépôt international : 15.04.2008
CIB :
G06F 19/22 (2011.01), G06F 19/24 (2011.01)
Déposants : KONINKLIJKE PHILIPS ELECTRONICS N.V. [NL/NL]; Groenewoudseweg 1, NL-5621 BA Eindhoven (NL) (Tous Sauf US).
SANTO, Evan, E. [US/US]; (NL) (US Seulement).
DIMITROVA, Nevenka [US/IN]; (NL) (US Seulement)
Inventeurs : SANTO, Evan, E.; (NL).
DIMITROVA, Nevenka; (NL)
Mandataire : VAN VELZEN, Maaike, M.; c/o High Tech Campus Building 44, NL-5656 AE Eindhoven (NL)
Données relatives à la priorité :
60/912,442 18.04.2007 US
60/916,379 07.05.2007 US
Titre (EN) A METHOD FOR DATA MINING DNA FREQUENCY BASED SPECTRA
(FR) PROCÉDÉ APPLIQUÉ ÉÀ DES SPECTRES DE FRÉQUENCES D'ADN POUR EXPLORATION DE DONNÉES
Abrégé : front page image
(EN)The present invention relates to a method for data mining spectra (20) generated from a DNA sequence. Firstly, a plurality of spectra based on the DNA sequence is provided by converting the DNA sequence into a plurality of binary indicator sequences (BIS), and applying short term Fourier transform (STFT) on the binary indicator sequences, each spectrum comprising corresponding frequencies (k) and Fourier coefficients (Usk_X(k)), where each kind of Fourier coefficient constitutes a channel (X), X= A, T, C and G. A search template (ST) is defined in a frequency interval (K_i) with intervals for the Fourier coefficients (Usk_X(k)) with respect to one or more channels (X). Then the search template (ST) is applied on at least a portion of the plurality of spectra, and the portion of the plurality of spectra are marked or tagged according to a degree of similarity with the search template (ST). The invention is particularly advantageous for obtaining an improved data mining method for spectral DNA analysis. The invention is also advantageous in obtaining patterns both globally and locally in a relative fast and efficient manner.
(FR)L'invention concerne un procédé s'appliquant à des spectres d'exploration de données (20) générés par une séquence d'ADN. Une pluralité de spectres basés sur la séquence d'ADN sont générés par convertion de la séquence d'ADN en une pluralité de séquences d'indicateurs binaires (BIS), et par application d'une transformée de Fourier à court terme (STFT) sur les séquences d'indicateurs binaires, chaque spectre comprenant des fréquences (k) et des coefficients de Fourier (Usk_X(k)) correspondant, chaque type de coefficient constituant un canal (X), X= A, T, C et G. Un modèle de recherche (ST) est défini dans un intervalle de fréquence (K_i) comprenant des intervalles pour les coefficients de Fourier (Usk_X(k)) correspondant à au moins un canal (X). Puis, le modèle de recherche (ST) est appliqué sur au moins une partie de la pluralité de spectres, ladite partie de spectres étant marquée ou étiquetée en fonction du degré de similitude avec le modèle de recherche (ST). L'intérêt de l'invention est qu'elle permet d'obtenir un procédé d'exploration de données amélioré pour effectuer une analyse spectrale d'ADN et des modèles globaux et locaux de manière relativement rapide et efficace.
États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, SV, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB) (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MT, NL, NO, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)