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1. (WO2008128198) ANALYSE DE LA MÉTHYLATION D'UN ADN AU MOYEN D'UN SÉQUENÇAGE NUMÉRIQUE AU BISULFITE ET DE LA MÉTHODE METHYLIGHT NUMÉRIQUE
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication :    WO/2008/128198    N° de la demande internationale :    PCT/US2008/060261
Date de publication : 23.10.2008 Date de dépôt international : 14.04.2008
CIB :
C12Q 1/68 (2006.01)
Déposants : USC STEVENS - UNIVERSITY OF SOUTHERN CALIFORNIA [US/US]; Hughes EEB Suite 131, 3740, McClintock Avenue, Los Angeles, California 90089-2561 (US) (Tous Sauf US).
LAIRD, Peter, W. [US/US]; (US) (US Seulement).
TRINH, Binh, N. [US/US]; (US) (US Seulement).
CAMPAN, Mihaela [US/US]; (US) (US Seulement).
WEISENBERG, Daniel, J. [US/US]; (US) (US Seulement)
Inventeurs : LAIRD, Peter, W.; (US).
TRINH, Binh, N.; (US).
CAMPAN, Mihaela; (US).
WEISENBERG, Daniel, J.; (US)
Mandataire : DAVISON, Barry, L.; Suite 2200, 1201 Third Avenue, Seattle, Washington 98101 (US)
Données relatives à la priorité :
60/911,495 12.04.2007 US
Titre (EN) DNA METHYLATION ANALYSIS BY DIGITAL BISULFITE GENOMIC SEQUENCING AND DIGITAL METHYLIGHT
(FR) ANALYSE DE LA MÉTHYLATION D'UN ADN AU MOYEN D'UN SÉQUENÇAGE NUMÉRIQUE AU BISULFITE ET DE LA MÉTHODE METHYLIGHT NUMÉRIQUE
Abrégé : front page image
(EN)Provided are novel sensitive methylation assays referred to herein as Digital MethyLight, comprising stochastically distributing and compartmentalizing bisulfite-treated genomic DNA over multiple PCR reaction wells for detection of individually methylated DNA molecules in a large background of unmethylated DNA. Digital Bisulfite Genomic DNA Sequencing methods are also provided for high-resolution DNA methylation information without subcloning. Background signal and PCR contaminants are diluted, while the ratio of primer to methylated template DNA is kept high. Preferably, biological fluid (e.g., urine, blood-based (e.g., plasma and/or serum)) samples are analyzed for cancer diagnosis, prognosis and surveillance. Multiplexed PCR formats may be implemented to enhance when using small DNA amounts. Compositions and methods for diagnosis and/or prognosis of breast cancer, comprising the use of FOXE1, CLDN5 and/or RUNX3 gene markers are also provided (SEQ ID NOS:17, 16 and 18, respectively for respective CpG island sequences), and in preferred embodiments plasma or serum samples are used.
(FR)L'invention concerne de nouveaux essais sensibles à la méthylation, appelés MethyLight numérique, comprenant la répartition stochastique et le compartimentage d'un ADN génomique traité au bisulfite dans de multiples puits de réaction PCR pour détecter des molécules d'ADN individuellement méthylées en mélange avec de nombreux ADN non méthylés. Des procédés de séquençage numérique d'ADN génomiques traités au bisulfite permettant d'obtenir des informations à haute résolution sur l'état de méthylation d'un ADN sans sous-clonage sont également décrits. Le signal de fond et les contaminants de la PCR sont dilués, tandis que le rapport entre l'amorce et l'ADN méthylé matriciel reste élevé. De préférence, des échantillons de fluide biologique (par exemple, l'urine, des échantillons dérivant du sang (par exemple, le plasma et/ou le sérum)) sont analysés pour diagnostiquer, pronostiquer et surveiller un cancer. Quand de petites quantités d'ADN sont utilisées, des formats PCR multiplexés peuvent être mis en œuvre pour réaliser la détermination. Des compositions et des procédés pour diagnostiquer et/ou pronostiquer un cancer mammaire comprenant l'utilisation des marqueurs de gène FOXE1, CLDN5 et/ou RUNX3 sont également décrits (SEQ ID NO : 17, NO : 16 et NO : 18 respectivement pour les séquences des îlots CpG respectifs). Dans les modes de réalisation préférés, des échantillons de plasma ou de sérum sont utilisés.
États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, SV, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB) (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MT, NL, NO, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)