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1. (WO2008047876) Procédé permettant d'identifier une séquence nucléotidique et procédé permettant d'obtenir une structure secondaire de molécule d'acide nucléique, appareil permettant d'identifier une séquence nucléotidique et appareil permettant d'obtenir une structure secondaire de molécule d'acide nucléique, et programme permettant d'ide
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication :    WO/2008/047876    N° de la demande internationale :    PCT/JP2007/070366
Date de publication : 24.04.2008 Date de dépôt international : 18.10.2007
CIB :
G06F 19/00 (2006.01), G06F 17/30 (2006.01)
Déposants : NEC Soft, Ltd. [JP/JP]; 18-7, Shinkiba 1-chome, Koto-ku, Tokyo 1360082 (JP) (Tous Sauf US).
AKITOMI, Jou [JP/JP]; (JP) (US Seulement)
Inventeurs : AKITOMI, Jou; (JP)
Mandataire : YAMASHITA, Johei; YAMASHITA & ASSOCIATES, Toranomon 40th MT Bldg., 13-1, Toranomon 5-chome, Minato-ku, Tokyo 1050001 (JP)
Données relatives à la priorité :
2006-283757 18.10.2006 JP
Titre (EN) METHOD FOR IDENTIFYING NUCLEOTIDE SEQUENCE AND METHOD FOR OBTAINING SECONDARY STRUCTURE OF NUCLEIC ACID MOLECULE, APPARATUS FOR IDENTIFYING NUCLEOTIDE SEQUENCE AND APPARATUS FOR OBTAINING SECONDARY STRUCTURE OF NUCLEIC ACID MOLECULE, AND PROGRAM FOR IDENTIFYING NUCLEOTIDE SEQUENCE AND PROGRAM FOR OBTAINING SECONDARY STRUCTU
(FR) Procédé permettant d'identifier une séquence nucléotidique et procédé permettant d'obtenir une structure secondaire de molécule d'acide nucléique, appareil permettant d'identifier une séquence nucléotidique et appareil permettant d'obtenir une structure secondaire de molécule d'acide nucléique, et programme permettant d'ide
(JA) 塩基配列の同定方法及び核酸分子の二次構造取得方法、塩基配列の同定装置及び核酸分子の二次構造取得装置、並びに塩基配列の同定プログラム及び核酸分子の二次構造取得プログラム
Abrégé : front page image
(EN)It is intended to provide a method for identifying a nucleotide sequence necessary for expressing an affinity for a target substance in nucleotide sequences of nucleic acid molecules such as aptamers having the affinity for the target substance based on a homology of the respective nucleotide sequences and an evaluation value related to the affinity of the nucleotide sequences, and a method for predicting a secondary structure of a nucleic acid molecule containing the identified nucleotide sequence. The method for identifying a nucleotide sequence necessary for expressing an affinity for a target substance in nucleotide sequences of nucleic acid molecules having such an affinity is characterized by comprising the steps of: extracting a single-strand region from the nucleotide sequences of nucleic acid molecules by excluding nucleotides capable of forming a stem structure; and searching a motif sequence based on an evaluation value of the affinity from the single-strand region.
(FR)L'objet de la présente invention est un procédé permettant d'identifier une séquence nucléotidique nécessaire pour exprimer une affinité pour une substance cible dans des séquences nucléotidiques de molécules d'acide nucléique comme des aptamères ayant l'affinité pour la substance cible sur la base d'une homologie des séquences nucléotidiques respectives et d'une valeur d'évaluation liée à l'affinité des séquences nucléotidiques, et un procédé permettant de prévoir une structure secondaire de molécule d'acide nucléique contenant la séquence nucléotidique identifiée. Le procédé permettant d'identifier une séquence nucléotidique nécessaire pour exprimer une affinité pour une substance cible dans des séquences nucléotidiques de molécules d'acide nucléique ayant une telle affinité est caractérisé en ce qu'il comprend les étapes consistant à : extraire une région monocaténaire à partir des séquences nucléotidiques de molécules d'acide nucléique en excluant les nucléotides capables de former une structure de tige ; et rechercher une séquence de motif sur la base d'une valeur d'évaluation de l'affinité à partir de la région monocaténaire.
(JA)【課題】標的物質と親和性を有するアプタマーなどの核酸分子の塩基配列のうち、各塩基配列の共通性と、塩基配列の有する親和性に関する評価値とに基づいて、標的物質との親和性の発現に必要な塩基配列を同定する方法、及び同定された塩基配列を含む核酸分子の二次構造を予測する方法を提供する。 【解決手段】標的物質への親和性を有する核酸分子の塩基配列のうち、前記親和性の発現に必要な塩基配列の同定方法であって:前記核酸分子の塩基配列から、ステム構造を形成し得る塩基を除外して一本鎖領域を抽出する工程と;前記一本鎖領域から、前記親和性の評価値に基づいて、モチーフ配列を探索する工程と; を有することを特徴とする。    
États désignés : AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, SV, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB) (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MT, NL, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Langue de publication : japonais (JA)
Langue de dépôt : japonais (JA)