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1. WO2007140061 - MÉTHODE DE DÉTERMINATION ET DE PRÉDICTION DU PLIAGE AUTOMONE DE PROTÉINES

Numéro de publication WO/2007/140061
Date de publication 06.12.2007
N° de la demande internationale PCT/US2007/067639
Date du dépôt international 27.04.2007
CIB
G06F 19/16 2011.01
GPHYSIQUE
06CALCUL; COMPTAGE
FTRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
19Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des applications spécifiques
10Bio-informatique, c. à d. procédés ou systèmes pour le traitement de données génétiques ou se rapportant aux protéines en biologie moléculaire informatique
16pour la structure moléculaire, p.ex. alignement de la structure, relations structurales ou fonctionnelles, repliement protéique, topologies de domaine, ciblage de médicaments utilisant des données de structure, impliquant des structures bidimensionnelles ou tridimensionnelles
CPC
C07K 1/00
CCHEMISTRY; METALLURGY
07ORGANIC CHEMISTRY
KPEPTIDES
1General methods for the preparation of peptides ; , i.e. processes for the organic chemical preparation of peptides or proteins of any length
C07K 1/113
CCHEMISTRY; METALLURGY
07ORGANIC CHEMISTRY
KPEPTIDES
1General methods for the preparation of peptides ; , i.e. processes for the organic chemical preparation of peptides or proteins of any length
107by chemical modification of precursor peptides
113without change of the primary structure
G16B 15/00
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
15ICT specially adapted for analysing two-dimensional or three-dimensional molecular structures, e.g. structural or functional relations or structure alignment
Déposants
  • THE RESEARCH FOUNDATION OF STATE UNIVERSITY OF NEW YORK [US/US]; Office Of Technology Licensing and Industry Relations - N5002 Frank Melville, Jr. Memorial Library Stony Brook, NY 11794-3369, US (AllExceptUS)
  • FORTMANN, Charles, Michael [US/US]; US (UsOnly)
  • KANG, Yeona [KR/US]; US (UsOnly)
Inventeurs
  • FORTMANN, Charles, Michael; US
  • KANG, Yeona; US
Mandataires
  • RAGUSA, Paul, A.; Baker Botts L.L.P. 30 Rockefeller Plaza New York, NY 10112-4498, US
Données relatives à la priorité
60/808,16723.05.2006US
Langue de publication anglais (EN)
Langue de dépôt anglais (EN)
États désignés
Titre
(EN) A METHOD FOR DETERMINING AND PREDICTING PROTEIN AUTONOMOUS FOLDING
(FR) MÉTHODE DE DÉTERMINATION ET DE PRÉDICTION DU PLIAGE AUTOMONE DE PROTÉINES
Abrégé
(EN)
Techniques for determining an equilibrium structure of a protein in a predetermined environment, the protein having Ramachandran angles and a known denatured structure, are disclosed. In a preferred embodiment, a method is presented which involves determining a maximum RMS volume of the known denatured structure of the protein and calculating at least one force on the protein in its current structure in the predetermined environment. The net torque resulting from the at least one force for each of the Ramachandran angles of the protein is then determined. Then at least one section of the protein structure on a side of a Ramachandran angle with greatest torque is rotated to form a new structure. A new RMS volume for the new structure is then calculated, and the method is repeated using the new structure. The method ceases when the new RMS volume of the new protein structure is not less than the RMS volume of the starting structure.
(FR)
L'invention concerne des techniques servant à déterminer une structure d'équilibre d'une protéine dans un environnement prédéterminé, ladite protéine possédant des angles de Ramachandran et une structure dénaturée connue. Dans un mode de réalisation préféré, une méthode met en oeuvre la détermination d'un volume maximal de valeur quadratique moyenne de la structure dénaturée connue de la protéine et le calcul d'au moins une force sur la protéine dans sa structure actuelle au sein de l'environnement prédéterminé. La torsion nette résultant de ladite force pour chacun des angles de Ramachandran de la protéine est alors déterminée. Puis, au moins une section de la structure de la protéine sur un côté d'un angle de Ramachandran possédant une torsion plus grande est amenée à tourner pour former une nouvelle structure. Un nouveau volume de valeur quadratique moyenne pour la nouvelle structure est ensuite calculé, et cette méthode est répétée à l'aide de la nouvelle structure. La méthode est interrompue, lorsque le nouveau volume de valeur quadratique moyenne de la nouvelle structure de protéine est égal ou supérieur au volume de valeur quadratique moyenne de la structure de départ.
Également publié en tant que
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