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Paramétrages

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1. WO2007139584 - MÉTHODES D'IDENTIFICATION DE MOTIFS DE SÉQUENCE ET APPLICATIONS ASSOCIÉES

Numéro de publication WO/2007/139584
Date de publication 06.12.2007
N° de la demande internationale PCT/US2006/045848
Date du dépôt international 30.11.2006
CIB
G06F 19/00 2006.01
GPHYSIQUE
06CALCUL; COMPTAGE
FTRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
19Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des applications spécifiques
CPC
C12P 21/00
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
PFERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
21Preparation of peptides or proteins
G16B 10/00
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
10ICT specially adapted for evolutionary bioinformatics, e.g. phylogenetic tree construction or analysis
G16B 30/00
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
30ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
Déposants
  • INSTITUTE FOR ADVANCED STUDY [US/US]; Einstein Drive Princeton, NJ 08540, US (AllExceptUS)
  • ROBINS, Harlan [US/US]; US (UsOnly)
  • KRASNITZ, Michael [US/US]; US (UsOnly)
  • LEVINE, Arnold [US/US]; US (UsOnly)
Inventeurs
  • ROBINS, Harlan; US
  • KRASNITZ, Michael; US
  • LEVINE, Arnold; US
Mandataires
  • LOVE, Ph.D., Jane, M. ; WILMER CUTLER PICKERING HALE AND DORR LLP 399 Park Avenue New York, NY 10022, US
Données relatives à la priorité
2006-14979730.05.2006JP
60/808,42025.05.2006US
60/830,49813.07.2006US
Langue de publication anglais (EN)
Langue de dépôt anglais (EN)
États désignés
Titre
(EN) METHODS FOR IDENTIFYING SEQUENCE MOTIFS, AND APPLICATIONS THEREOF
(FR) MÉTHODES D'IDENTIFICATION DE MOTIFS DE SÉQUENCE ET APPLICATIONS ASSOCIÉES
Abrégé
(EN)
The present invention relates to methods and algorithms that can be used to identify sequence motifs that are either under- or over-represented in a given nucleotide sequence as compared to the frequency of those sequences that would be expected to occur by chance, or that are either under- or over-represented as compared to the frequency of those sequences that occur in other nucleotide sequences, and to methods of scoring sequences based on the occurrence of these sequence motifs. Such sequence motifs may be biologically significant, for example they may constitute transcription factor binding sites, mRNA stability/instability signals, epigenetic signals, and the like. The methods of the invention can also be used, inter alia, to classify sequences or organisms in terms of their phylogenetic relationships, or to identify the likely host of a pathogenic organism. The methods of the present invention can also be used to optimize expression of proteins.
(FR)
La présente invention concerne des méthodes et des algorithmes pouvant être utilisés afin d'identifier des motifs de séquence qui sont sous- ou sur-représentés dans une séquence nucléotidique donnée comparé à la fréquence desdites séquences que l'on s'attend à voir apparaître de manière aléatoire, ou qui sont sous- ou sur-représentés comparé à la fréquence desdites séquences qui apparaissent dans d'autres séquences nucléotidiques. L'invention concerne également des méthodes d'évaluation de séquences en fonction de l'occurrence desdits motifs de séquence. Lesdits motifs de séquence peuvent être biologiquement significatifs, par exemple, ils peuvent constituer des sites de liaison de facteurs de transcription, des signaux de stabilité/instabilité d'ARNm, des signaux épigénétiques et analogues. Les méthodes de l'invention peuvent également être utilisés, entre autres, pour classer des séquences ou des organismes en termes de leurs relations phylogénétiques, ou pour identifier l'hôte probable d'un organisme pathogène. Les méthodes de la présente invention peuvent également être utilisées afin d'optimiser l'expression de protéines.
Également publié en tant que
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