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1. WO2007087291 - ADAPTATEURS ASYMETRIQUES ET LEURS PROCEDES D’UTILISATION

Numéro de publication WO/2007/087291
Date de publication 02.08.2007
N° de la demande internationale PCT/US2007/001744
Date du dépôt international 23.01.2007
CIB
C12Q 1/68 2006.01
CCHIMIE; MÉTALLURGIE
12BIOCHIMIE; BIÈRE; SPIRITUEUX; VIN; VINAIGRE; MICROBIOLOGIE; ENZYMOLOGIE; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE
QPROCÉDÉS DE MESURE OU DE TEST FAISANT INTERVENIR DES ENZYMES, DES ACIDES NUCLÉIQUES OU DES MICRO-ORGANISMES; COMPOSITIONS OU PAPIERS RÉACTIFS À CET EFFET; PROCÉDÉS POUR PRÉPARER CES COMPOSITIONS; PROCÉDÉS DE COMMANDE SENSIBLES AUX CONDITIONS DU MILIEU DANS LES PROCÉDÉS MICROBIOLOGIQUES OU ENZYMOLOGIQUES
1Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismes; Compositions à cet effet; Procédés pour préparer ces compositions
68faisant intervenir des acides nucléiques
C12N 15/10 2006.01
CCHIMIE; MÉTALLURGIE
12BIOCHIMIE; BIÈRE; SPIRITUEUX; VIN; VINAIGRE; MICROBIOLOGIE; ENZYMOLOGIE; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE
NMICRO-ORGANISMES OU ENZYMES; COMPOSITIONS LES CONTENANT; CULTURE OU CONSERVATION DE MICRO-ORGANISMES; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE; MILIEUX DE CULTURE
15Techniques de mutation ou génie génétique; ADN ou ARN concernant le génie génétique, vecteurs, p.ex. plasmides, ou leur isolement, leur préparation ou leur purification; Utilisation d'hôtes pour ceux-ci
09Technologie d'ADN recombinant
10Procédés pour l'isolement, la préparation ou la purification d'ADN ou d'ARN
CPC
C12N 15/1093
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
15Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
09Recombinant DNA-technology
10Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
1034Isolating an individual clone by screening libraries
1093General methods of preparing gene libraries, not provided for in other subgroups
C12Q 1/6855
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
68involving nucleic acids
6844Nucleic acid amplification reactions
6853using modified primers or templates
6855Ligating adaptors
Déposants
  • AB ADVANCED GENETIC ANALYSIS CORPORATION [US]/[US] (AllExceptUS)
  • SMITH, Douglas, R. [US]/[US] (UsOnly)
  • MALEK, Joel, A. [US]/[US] (UsOnly)
Inventeurs
  • SMITH, Douglas, R.
  • MALEK, Joel, A.
Mandataires
  • COLLINS, Anne, J.
Données relatives à la priorité
11/338,62024.01.2006US
Langue de publication anglais (EN)
Langue de dépôt anglais (EN)
États désignés
Titre
(EN) ASYMMETRICAL ADAPTERS AND METHODS OF USE THEREOF
(FR) ADAPTATEURS ASYMETRIQUES ET LEURS PROCEDES D’UTILISATION
Abrégé
(EN)
A pair of asymmetrical, partially double-stranded oligonucleotide adapters are provided wherein the pair of adapters comprise a first asymmetrical oligonucleotide adapter comprising a single-stranded 3* overhang and a second asymmetrical double-stranded oligonucleotide adapter comprising a single-stranded 5' overhang and at least one blocking group on the strand of said second asymmetrical oligonucleotide adapter that does not comprise the 51 overhang. Also provided are a pair of double-stranded Y oligonucleotide adapters and a pair of double-stranded bubble oligonucleotide adapters and methods of using said asymmetrical adapters for amplification of at least one double stranded nucleic acid molecule, wherein the amplification produces a plurality of amplified nucleic acid molecules having a different nucleic acid sequence at each end are also described. Also provided is a method for exponentially amplifying one strand in a double- stranded nucleic acid molecule. Also provided are methods for preparing libraries of paired tags using COS-linkers. Also provided are cleavable adapters comprising an affinity tag and a cleavable linkage, wherein cleaving the cleavable linkage produces two complementary ends. Methods of using the cleavable adapters to produce a paired tag library are also described.
(FR)
La présente invention concerne une paire d’adaptateurs oligonucléotides partiellement bicaténaires asymétriques comprenant un premier adaptateur oligonucléotide asymétrique comportant une extrémité protubérante monocaténaire (3*) et un second adaptateur oligonucléotide bicaténaire asymétrique comportant une extrémité protubérante monocaténaire (5') et au moins un groupe bloquant sur le brin dudit second adaptateur qui ne comprend pas l’extrémité protubérante (51). L’invention concerne également une paire d’adaptateurs oligonucléotides Y bicaténaires et une paire d’adaptateurs oligonucléotides bulles bicaténaires, et des procédés d’utilisation de ces adaptateurs asymétriques pour amplifier au moins une molécule d’acide nucléique bicaténaire, cette opération produisant une pluralité de molécules d’acide nucléique amplifiées ayant une séquence d’acide nucléique différente à chaque extrémité. L’invention concerne également un procédé d’amplification exponentielle d’un brin dans une molécule d’acide nucléique bicaténaire. L’invention concerne également des procédés de préparation de bibliothèques d’étiquettes appariées à l’aide de lieurs COS. L’invention concerne également des adaptateurs clivables comprenant une étiquette d’affinité et une liaison clivable, le clivage de cette liaison produisant deux extrémités complémentaires. L’invention concerne enfin des procédés d’utilisation des adaptateurs clivables pour produire une bibliothèque d’étiquettes appariées.
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