WIPO logo
Mobile | Deutsch | English | Español | 日本語 | 한국어 | Português | Русский | 中文 | العربية |
PATENTSCOPE

Recherche dans les collections de brevets nationales et internationales
World Intellectual Property Organization
Recherche
 
Options de navigation
 
Traduction
 
Options
 
Quoi de neuf
 
Connexion
 
Aide
 
Traduction automatique
1. (WO2005088302) PROCEDES ET SYSTEMES D'IDENTIFICATION DE MACROMOLECULES
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication :    WO/2005/088302    N° de la demande internationale :    PCT/US2005/005524
Date de publication : 22.09.2005 Date de dépôt international : 22.02.2005
CIB :
G01N 33/48 (2006.01), G01N 33/50 (2006.01), G01N 33/53 (2006.01), G06F 19/00 (2006.01)
Déposants : PROTEOGENIX, INC. [US/US]; 3181 Sam Jackson Park Road, Portland, OR 97239 (US) (Tous Sauf US).
NAGALLA, Srinivasa [IN/US]; (US) (US Seulement).
SEARLE, Brian [US/US]; (US) (US Seulement).
DASARI, Surendra [IN/US]; (US) (US Seulement).
TURNER, Mark, A. [US/US]; (US) (US Seulement)
Inventeurs : NAGALLA, Srinivasa; (US).
SEARLE, Brian; (US).
DASARI, Surendra; (US).
TURNER, Mark, A.; (US)
Mandataire : DAVIS, Paul; Heller Ehrman White & McAuliffe LLP, 275 Middlefield Road, Menlo Park, CA 94025-3506 (US)
Données relatives à la priorité :
10/789,424 27.02.2004 US
Titre (EN) METHODS AND SYSTEMS FOR IDENTIFICATION OF MACROMOLECULES
(FR) PROCEDES ET SYSTEMES D'IDENTIFICATION DE MACROMOLECULES
Abrégé : front page image
(EN)A method is provided for identifying sequences of molecules and sequence modifications form mass spectrometry data. At least one de novo sequence is produced from mass spectrometry data of sequences of molecules. A least one mass-based alignment is calculated between each de novo sequence and sequences in a sequence database. The molecular masses of molecules in the de novo sequence are compared to molecular masses of molecules in each sequence in the sequence database. Mass differences of modification sites are interpreted between the sequence in the sequence database and the novo sequence that have been identified by the mass-based alignment as modifications identified in a modification catalog. At least one match score for the mass-based alignment is calculated that provides an indication of matching between the sequence in the sequence database and the novo sequence. Sequences in the sequence database are identified from mass-based alignments in response to the match scores. Identifications of the sequence database are grouped from at least one de novo sequence into an identified macromolecule list that agrees with the novo sequencing results.
(FR)L'invention concerne un procédé permettant d'identifier des séquences de molécules et des modifications de séquences à partir de données de spectrométrie de masse. Au moins une séquence de novo est produite à partir de données de spectrométrie de masse de séquences de molécules. Au moins un alignement basé sur la masse est calculé entre chaque séquence de novo et des séquences d'une base de données de séquences. Les masses moléculaires de molécules contenues dans les séquences de novo sont comparées aux masses moléculaires de molécules dans chaque séquence de la base de données de séquences. Les différences de masse de sites de modification sont interprétées entre la séquence de la base de données de séquences et la séquence de novo qui ont été identifiées par l'alignement basé sur la masse comme modifications identifiées dans un catalogue de modifications. Au moins une note de correspondance est calculée pour l'alignement basé sur la masse, ladite note fournissant une indication de la correspondance entre la séquence de la base de données de séquences et la séquence de novo. Les séquences de la base de données de séquences sont identifiées à partir d'alignements basés sur la masse, en réponse aux notes de correspondance. Les identifications de séquences de la base de données de séquences sont regroupées à partir d'au moins une séquence de novo dans une liste de macromolécules identifiées qui correspond aux résultats de séquençage de novo.
États désignés : AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NA, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, YU, ZA, ZM, ZW.
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB) (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, MC, NL, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)