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1. (WO2005044087) PROCEDES DE DETERMINATION DE STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DE PROTEINE PAR ANALYSE DES ECHANGES D'HYDROGENES POUR AFFINER UNE PREVISION DE STRUCTURE COMPUTATIONNELLE
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication :    WO/2005/044087    N° de la demande internationale :    PCT/US2004/036456
Date de publication : 19.05.2005 Date de dépôt international : 01.11.2004
CIB :
G06F 19/16 (2011.01)
Déposants : THE REGENTS OF THE UNIVERSITY OF CALIFORNIA [US/US]; 1111 Franklin Street, 5th Floor, Oakland, CA 94607 (US) (Tous Sauf US).
WOODS, Virgil, L. [US/US]; (US) (US Seulement).
PANTAZATOS, Dennis [US/US]; (US) (US Seulement).
BOURNE, Phillip [US/US]; (US) (US Seulement).
HILSER, Vincent [US/US]; (US) (US Seulement).
WHITE, Halbert [US/US]; (US) (US Seulement)
Inventeurs : WOODS, Virgil, L.; (US).
PANTAZATOS, Dennis; (US).
BOURNE, Phillip; (US).
HILSER, Vincent; (US).
WHITE, Halbert; (US)
Mandataire : REITER, Stephen, E.; Foley & Lardner LLP, P.O. Box 80278, San Diego, CA 92138-0278 (US)
Données relatives à la priorité :
60/517,721 05.11.2003 US
Titre (EN) METHODS FOR THE DETERMINATION OF PROTEIN THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE EMPLOYING HYDROGEN EXCHANGE ANALYSIS TO REFINE COMPUTATIONAL STRUCTURE PREDICTION
(FR) PROCEDES DE DETERMINATION DE STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DE PROTEINE PAR ANALYSE DES ECHANGES D'HYDROGENES POUR AFFINER UNE PREVISION DE STRUCTURE COMPUTATIONNELLE
Abrégé : front page image
(EN)The present invention provides methods of structure prediction and/or determination of a protein of interest of unknown structure. Invention methods compare calculated rates of amide hydrogen exchange for a set of predicted possible structures for said protein with experimental hydrogen exchange analysis of said protein to identify valid protein structures based on similarities between hydrogen exchange profiles. In preferred methods, hydrogen exchange analysis is performed by determining the quantity of isotope and/or rate of exchange of peptide amide hydrogen(s) with isotope on a labeled protein, by generating a population of sequence-overlapping endopeptidase fragments of a protein labeled with a hydrogen isotope other than 1H under conditions of slowed hydrogen exchange, and then deconvoluting fragmentation data acquired from said population of sequence-overlapping endopeptidase-generated fragments.
(FR)La présente invention concerne des procédés permettant de déterminer et/ou de prévoir la structure d'une protéine d'intérêt dont la structure est inconnue. Les procédés de cette invention consistent à comparer les vitesses calculées de l'échange d'hydrogène amidique pour un ensemble de structures potentielles prévues pour la protéine en question avec l'analyse expérimentale de l'échange d'hydrogène de cette protéine pour identifier les structures de protéine valides en fonction des similitudes observées entre les profils d'échange d'hydrogène. Dans des procédés préférés de cette invention, l'analyse de l'échange d'hydrogène est effectuée selon un procédé consistant à déterminer la quantité d'isotope et/ou la vitesse de l'échange d'hydrogène(s) amidique(s) peptidique(s) avec un isotope sur une protéine marquée; à générer une population de fragments d'endopeptidase chevauchant une séquence d'une protéine marquée avec un isotope d'hydrogène autre que 1H dans des conditions d'échange d'hydrogène moins rapides; puis à déconvolutionner les données de fragmentation obtenues à partir de cette population de fragments générés par l'endopeptidase chevauchant la séquence.
États désignés : AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NA, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, YU, ZA, ZM, ZW.
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB) (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IS, IT, LU, MC, NL, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)