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1. WO2005005659 - DIAGNOSTIC D'ESCHERICHIA COLI (DEC) ET DE SHIGELLA SPP DIARRHEOGENES

Numéro de publication WO/2005/005659
Date de publication 20.01.2005
N° de la demande internationale PCT/DK2004/000494
Date du dépôt international 09.07.2004
Demande présentée en vertu du Chapitre 2 11.02.2005
CIB
C12Q 1/68 2006.01
CCHIMIE; MÉTALLURGIE
12BIOCHIMIE; BIÈRE; SPIRITUEUX; VIN; VINAIGRE; MICROBIOLOGIE; ENZYMOLOGIE; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE
QPROCÉDÉS DE MESURE OU DE TEST FAISANT INTERVENIR DES ENZYMES, DES ACIDES NUCLÉIQUES OU DES MICRO-ORGANISMES; COMPOSITIONS OU PAPIERS RÉACTIFS À CET EFFET; PROCÉDÉS POUR PRÉPARER CES COMPOSITIONS; PROCÉDÉS DE COMMANDE SENSIBLES AUX CONDITIONS DU MILIEU DANS LES PROCÉDÉS MICROBIOLOGIQUES OU ENZYMOLOGIQUES
1Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismes; Compositions à cet effet; Procédés pour préparer ces compositions
68faisant intervenir des acides nucléiques
CPC
C12Q 1/689
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
68involving nucleic acids
6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
6888for detection or identification of organisms
689for bacteria
C12Q 2600/16
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
2600Oligonucleotides characterized by their use
16Primer sets for multiplex assays
Déposants
  • STATENS SERUM INSTITUT [DK/DK]; Artillerivej 5 DK-2300 Copanhagen S, DK (AllExceptUS)
  • PERSSON, Søren [DK/DK]; DK (UsOnly)
  • SCHEUTZ, Flemming [DK/DK]; DK (UsOnly)
Inventeurs
  • PERSSON, Søren; DK
  • SCHEUTZ, Flemming; DK
Représentant commun
  • TOFT, Lars; Statens Serum Institut Corporate Affairs Artillerivej 5 DK-2300 Copenhagen S, DK
Données relatives à la priorité
PA 2003 0107014.07.2003DK
Langue de publication anglais (EN)
Langue de dépôt anglais (EN)
États désignés
Titre
(EN) DIAGNOSTICS OF DIARRHEAGENIC ESCHERICHIA COLI (DEC) AND SHIGELLA SPP.
(FR) DIAGNOSTIC D'ESCHERICHIA COLI (DEC) ET DE SHIGELLA SPP DIARRHEOGENES
Abrégé
(EN)
The present invention contains a method for the identification of the diarrheagenic E. coli groups: ETEC (enterotoxigenic E. coli), A/EEC (attaching and effacing E. coli) EPEC (enteropathogenic E. coli), VTEC (verocytotoxin producing E. coli) and EIEC (enteroinvasive E. coli), and Shigella spp. The bacterial identification is made possible by the specific detection of the following virulence genes: sta and elt encoding heat stable enterotoxin (ST) and heat labile enterotoxin (LT) characteristic of ETEC, eae encoding intimin, characteristic of A/EEC, EPEC or VTEC, bfpA encoding bundle forming pilus (BfpA), characteristic of EPEC, vtx1 and vtx2 encoding veroxytotoxin 1 and 2 (VT1 and 2) characteristic of VTEC, ipaH encoding invasive plasmid antigen H (IpaH) characteristic of EIEC and Shigella spp., and ehxA encoding enterohemolysin (EhxA) characteristic of some EPEC and VTEC strains. The method allows the simultaneous detection of any combination of the 8 virulence genes by one single multiplex-PCR. The method is thoroughly validated with respect to sensitivity and specificity, and showed high performance compared to other publication. The method includes an internal positive PCR control and the carry-over prevention system, UNG, which makes it ideal for routine diagnostic analyses. The method can be combined with a number of other technologies leading to even higher sensitivity and reduced time of analysis - both important parameters when diarrheagenic patient or contaminated foods are analysed.
(FR)
L'invention concerne une méthode d'identification de groupes E. coli diarrhéogènes : ETEC (E. coli entérotoxicogène), A/EEC (E. coli attachant-effaçant), EPEC (E. coli entéropathogène), VTEC (E. coli produisant de la vérocytotoxine) et EIEC (E. coli entéroinvasive) et shigella spp. L'identification bactérienne est rendue possible par la détection spécifique des gènes de virulence suivants : sta et elt codant pour l'entérotoxine stable à la chaleur (ST) et l'entérotoxine labile à la chaleur (LT) caractéristique d'ETEC, eae codant pour l'intimine, caractéristiques d'A/EEC, EPEC ou VTEC, bfpa codant pour le pilus en faisceau (BfpA), caractéristique d'EPEC, vtx1 et vtx2 codant pour la vérocytotoxine 1 et 2 (VT1 et VT2) caractéristique de VTEC, ipaH codant pour l'antigène H invasif d'origine plasmidique (IpaH) caractéristique d'EIEC et de Shigella spp., et ehx codant pour l'entérohémolysine (EhxA) caractéristique de certaines souches d'EPEC et VTEC. La méthode de l'invention permet la détection simultanée de n'importe quelle combinaison des 8 gènes de virulence, au moyen d'une seule PCR multiplex. Cette méthode est validée en détail par rapport à la sensibilité et à la spécificité, et s'avère très efficace par rapport à d'autres publications. Cette méthode comprend un contrôle PCR positif interne et le système de prévention de recirculation, UNG, ce qui la rend idéale pour les analyses diagnostiques de routine. Cette méthode peut être combinée à plusieurs autres technologies, en vue d'augmenter la sensibilité et de réduire le temps d'analyse, deux paramètres importants lorsque des patients présentant une pathologie diarrhéogène ou des aliments contaminés doivent être analysés.
Également publié en tant que
US2006194206
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