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Paramétrages

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1. WO2003008551 - SYSTEMES ET PROCEDES PERMETTANT DE PREDIRE DES RESIDUS DE SITE ACTIF DANS UNE PROTEINE

Numéro de publication WO/2003/008551
Date de publication 30.01.2003
N° de la demande internationale PCT/US2002/022793
Date du dépôt international 17.07.2002
Demande présentée en vertu du Chapitre 2 10.02.2003
CIB
G01N 33/68 2006.01
GPHYSIQUE
01MÉTROLOGIE; TESTS
NRECHERCHE OU ANALYSE DES MATÉRIAUX PAR DÉTERMINATION DE LEURS PROPRIÉTÉS CHIMIQUES OU PHYSIQUES
33Recherche ou analyse des matériaux par des méthodes spécifiques non couvertes par les groupes G01N1/-G01N31/146
48Matériau biologique, p.ex. sang, urine; Hémocytomètres
50Analyse chimique de matériau biologique, p.ex. de sang ou d'urine; Test par des méthodes faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiques par ligands; Test immunologique
68faisant intervenir des protéines, peptides ou amino-acides
G06F 19/16 2011.01
GPHYSIQUE
06CALCUL; COMPTAGE
FTRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
19Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des applications spécifiques
10Bio-informatique, c. à d. procédés ou systèmes pour le traitement de données génétiques ou se rapportant aux protéines en biologie moléculaire informatique
16pour la structure moléculaire, p.ex. alignement de la structure, relations structurales ou fonctionnelles, repliement protéique, topologies de domaine, ciblage de médicaments utilisant des données de structure, impliquant des structures bidimensionnelles ou tridimensionnelles
G06F 19/18 2011.01
GPHYSIQUE
06CALCUL; COMPTAGE
FTRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
19Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des applications spécifiques
10Bio-informatique, c. à d. procédés ou systèmes pour le traitement de données génétiques ou se rapportant aux protéines en biologie moléculaire informatique
18pour la génomique ou la protéomique fonctionnelle, p.ex. associations génotype-phénotype, déséquilibre de liaison, mutagénèse, génotypage ou annotation génomique, interactions protéines-protéines ou interactions protéines-acides nucléiques
G06F 19/22 2011.01
GPHYSIQUE
06CALCUL; COMPTAGE
FTRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
19Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des applications spécifiques
10Bio-informatique, c. à d. procédés ou systèmes pour le traitement de données génétiques ou se rapportant aux protéines en biologie moléculaire informatique
22pour la comparaison de séquences impliquant des nucléotides ou des acides aminés, p.ex. recherche d'homologie, identification de motifs ou de polymorphismes de nucléotides simples ou alignement de séquences
CPC
G01N 33/6803
GPHYSICS
01MEASURING; TESTING
NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
33Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
48Biological material, e.g. blood, urine
50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
68involving proteins, peptides or amino acids
6803General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
G16B 15/00
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
15ICT specially adapted for analysing two-dimensional or three-dimensional molecular structures, e.g. structural or functional relations or structure alignment
G16B 20/00
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
20ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
G16B 30/00
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
30ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
Déposants
  • STRUCTURAL GENOMIX, INC. [US/US]; 10505 Roselle Street San Diego, CA 92121, US (AllExceptUS)
  • GAJIWALA, Ketan, S. [IN/US]; US (UsOnly)
Inventeurs
  • GAJIWALA, Ketan, S.; US
Mandataires
  • MORRIS, Frank, E. ; Pennie & Edmonds LLP 1155 Avenue of the Americas New York, NY 10036, US
Données relatives à la priorité
60/306,43918.07.2001US
Langue de publication anglais (EN)
Langue de dépôt anglais (EN)
États désignés
Titre
(EN) SYSTEMS AND METHODS FOR PREDICTING ACTIVE SITE RESIDUES IN A PROTEIN
(FR) SYSTEMES ET PROCEDES PERMETTANT DE PREDIRE DES RESIDUS DE SITE ACTIF DANS UNE PROTEINE
Abrégé
(EN)
A system and method for predicting the active site residues in a target protein. The target protein, referred to interchangeably as the target amino sequence or the target sequence, is pairwise aligned with a set of query sequences. Using these multiple pairwise sequence alignments, residue positions within the target sequence which satisfy specified sequence-based criteria are identified as candidate active site positions. Candidate active site positions are mapped to a three-dimensional representation of the target sequence and filtered against structure-based criteria. Positions within the target sequence that satisfy both the sequence-based and structure-based criteria are predicted to be active site residues.
(FR)
L'invention concerne un système et un procédé permettant de prédire les résidus de site actif dans une protéine cible. Cette protéine cible, désignée de manière interchangeable en tant que séquence aminée cible ou que séquence cible, est alignée par paire avec un ensemble de séquences recherchées. Ces alignements de séquences par paire permettent d'identifier des positions de résidu à l'intérieur de la séquence cible qui satisfont à des critères spécifiés, fondés sur une séquence, en tant que positions de site actif candidat. Ces positions de site actif candidat sont transformées en une représentation tridimensionnelle de la séquence cible, et filtrées en fonction de critères fondés sur la structure. Les positions à l'intérieur de la séquence cible, satisfaisant à la fois des critères fondés sur la séquence et des critères fondés sur la structure, sont prédits comme étant des résidus de site actif.
Également publié en tant que
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