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1. WO2001075000 - NOUVEAU POLYPEPTIDE, FACTEUR HUMAIN 15 LIÉ Á LA RÉTROTRANSPOSITION, ET POLYNUCLÉOTIDE CODANT POUR CE POLYPEPTIDE

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[ ZH ]
一种新的多肽一一人反转录相关因子 15和编码这种多肽的多核苷酸

技术领域

本发明属于生物技术领域,具体地说,本发明描述了一种新的多肽一一人 反转录相关因子 15,以及编码此多肽的多核苷酸序列。本发明还涉及此多核苷 酸和多肽的制备方法和应用。

背景技术

L1 因子能够在所有的哺乳动物基因组中找到,参与反转录过程,它是高度 重复的 MA 序列。在人类基因组中,虽然存在许多的 L1 因子,但绝大多数由 于截断、 重排和突变等原因呈现非活性。许多人的 L1 因子有反转录转座 ( retrotransposition) 能力。 L1 因子的 5'末端大多是平端结构,区别于一般 的粘性末端结构,但是并不影响其转录整合过程。 5'末端的非翻译区域(UTR) 含有一个内在的促进子,对于整个反转录过程的速度进行调节和控制。 LRE2 位 点含有两个完整的开放阅读框( 0RF1框和 0RF2框),其中的 0RF1框编码一个 大约 40Kd 的胚胎癌细胞蛋白, 0RF2 框与逆转录酶和其它逆转录酶病毒蛋白有 序列上的相似性,能够介导反转录过程的进行。在 LRE2 上的的插入基因证明 了 L1 因子在通读过程产生的侧翼序列能够发生逆转录作用,这是因为它的尾 部有不同的多聚 A 结构。实际上,这种类型的通读过程也能通过逆转录病毒来 实现,同样能够得到所需的细胞内 DNA序列,进一步证实了其具有反转录功能。

在 LRE2 位点上的插入重排可导致基因表达的一些异常现象。较为典型的比 如肌营养不良症,在营养不良病人的肌肉中,发现一种肌营养不良蛋白,这种 蛋白基因中有一段约 2Kb的插入基因,包含了一个重排 L1 因子,病人染色体 lq 的 LRE2位点有一个等位基因,与插入序列相对应 LRE2有一个完整的 13— 15Bp 的靶位点副本,在 5,端还有一个非同寻常的 21Bp 的平末端,证明了平端结构 仍然能够进行反转录。另外, L1 因子上的两个碱基的插入会导致 Duchemie 肌 肉营养不良症 ( B, Bakker , &G. van Omenn, personal communication ) , 这 种疾病是家族遗传性的,患有这种疾病的人一般会在幼年期或较早的成年期即 死去。

本发明的多肽与上述的 L1 因子有 77%的相同性, 83%的相似性,并且包含

L1家族特征性的保守序列,因此认为此蛋白是一种新的 L1 因子,具有与 L1 因 子相似的生物学功能,参与反转录过程,并命名为人反转录相关因子 15。

由于如上所述人反转录相关因子 15 蛋白在调节细胞分裂和胚胎发育等机体 重要功能中起重要作用,而且相信这些调节过程中涉及大量的蛋白,因而本领 域中一直需要鉴定更多参与这些过程的人反转录相关因子 15 蛋白,特别是鉴 定这种蛋白的氨基酸序列。新人反转录相关因子 15 蛋白编码基因的分离也为 研究确定该蛋白在健康和疾病状态下的作用提供了基础。这种蛋白可能构成开 发疾病诊断和 /或治疗药的基础,因此分离其编码 DNA是非常重要的。

发明的公开

本发明的一个目的是提供分离的新的多肽一一人反转录相关因子 1 5 以及其 片段、类似物和衍生物。

本发明的另一个目的是提供编码该多肽的多核苷酸。

本发明的另一个目的是提供含有编码人反转录相关因子 1 5 的多核苷酸的重 组载体。

本发明的另一个目的是提供含有编码人反转录相关因子 15 的多核苷酸的基 因工程化宿主细胞。

本发明的另一个目的是提供生产人反转录相关因子 15的方法。

本发明的另一个目的是提供针对本发明的多肽一一人反转录相关因子 1 5 的 抗体。

本发明的另一个目的是提供了针对本发明多肽一一人反转录相关因子 15 的 模拟化合物、拮抗剂、激动剂、抑制剂。

本发明的另一个目的是提供诊断治疗与人反转录相关因子 15 异常相关的疾 病的方法。

本发明涉及一种分离的多肽,该多肽是人源的,它包含:具有 SEQ I D No. 2 氨基酸序列的多肽、或其保守性变体、生物活性片段或衍生物。较佳地,该多 肽是具有 SEQ ID NO: 2氨基酸序列的多肽。

本发明还涉及一种分离的多核苷酸,它包含选自下组的一种核苷酸序列或 其变体:

(a)编码具有 SEQ I D No. 2氨基酸序列的多肽的多核苷酸;

(b)与多核苷酸(a)互补的多核苷酸;

(c)与(a)或(b)的多核苷酸序列具有至少 78%相同性的多核苷酸。

更佳地,该多核苷酸的序列是选自下组的一种:(a)具有 SEQ ID NO: 1 中 1350-1748位的序列;和(b)具有 SEQ ID NO: 1中 1-4971位的序列。

本发明另外涉及一种含有本发明多核苷酸的载体,特别是表达载体;一种

用该载体遗传工程化的宿主细胞,包括转化、转导或转染的宿主细胞;一种包 括培养所述宿主细胞和回收表达产物的制备本发明多肽的方法。

本发明还涉及一种能与本发明多肽特异性结合的抗体。

本发明还涉及一种筛选的模拟、激活、拮抗或抑制人反转录相关因子 1 5蛋 白活性的化合物的方法,其包括利用本发明的多肽。本发明还涉及用该方法获 得的化合物。

本发明还涉及一种体外检测与人反转录相关因子 15 蛋白异常表达相关的疾 病或疾病易感性的方法,包括检测生物样品中所述多肽或其编码多核苷酸序列中 的突变,或者检测生物样品中本发明多肽的量或生物活性。

本发明也涉及一种药物组合物,它含有本发明多肽或其模拟物、激活剂、拮 抗剂或抑制剂以及药学上可接受的载体。

本发明还涉及本发明的多肽和 /或多核苷酸在制备用于治疗癌症、发育性 疾病或免疫性疾病或其它由于人反转录相关因子 1 5 表达异常所引起疾病的药 物的用途。

本发明的其它方面由于本文的技术的公开,对本领域的技术人员而言是显而 易见的。

本说明书和权利要求书中使用的下列术语除非特别说明具有如下的含义: "核酸序列" 是指寡核苷酸、核苷酸或多核苷酸及其片段或部分,也可以 指基因组或合成的 DNA或 RNA,它们可以是单链或双链的,代表有义链或反义链。 类似地,术语 "氨基酸序列" 是指寡肽、肽、多肽或蛋白质序列及其片段或部 分。当本发明中的 "氨基酸序列" 涉及一种天然存在的蛋白质分子的氨基酸序 列时,这种 "多肽" 或 "蛋白质" 不意味着将氨基酸序列限制为与所述蛋白质 分子相关的完整的天然氨基酸。

蛋白质或多核苷酸 "变体" 是指一种具有一个或多个氨基酸或核苷酸改变 的氨基酸序列或编码它的多核苷酸序列。所述改变可包括氨基酸序列或核苷酸 序列中氨基酸或核苷酸的缺失、插入或替换。变体可具有 "保守性" 改变,其 中替换的氨基酸具有与原氨基酸相类似的结构或化学性质,如用亮氨酸替换异 亮氨酸。变体也可具有非保守性改变,如用色氨酸替换甘氨酸。

"缺失" 是指在氨基酸序列或核苷酸序列中一个或多个氨基酸或核苷酸的 缺失。

"插入" 或 "添加" 是指在氨基酸序列或核苷酸序列中的改变导致与天然存在 的分子相比,一个或多个氨基酸或核苷酸的增加。 "替换" 是指由不同的氨基酸或 核苷酸替换一个或多个氨基酸或核苷酸。

"生物活性" 是指具有天然分子的结构、调控或生物化学功能的蛋白质。类似 地,术语 "免疫学活性" 是指天然的、重组的或合成蛋白质及其片段在合适的动 物或细胞中诱导特定免疫反应以及与特异性抗体结合的能力。

"激动剂" 是指当与人反转录相关因子 15结合时,一种可引起该蛋白质改 变从而调节该蛋白质活性的分子。激动剂可以包括蛋白质、核酸、碳水化合物 或任何其它可结合人反转录相关因子 15的分子。

"拮抗剂" 或 "抑制物" 是指当与人反转录相关因子 15结合时,一种可封 闭或调节人反转录相关因子 15的生物学活性或免疫学活性的分子。拮抗剂和抑 制物可以包括蛋白质、核酸、碳水化合物或任何其它可结合人反转录相关因子 15的分子。

"调节" 是指人反转录相关因子 15的功能发生改变,包括蛋白质活性的升 高或降低、结合特性的改变及人反转录相关因子 15的任何其它生物学性质、功 能或免疫性质的改变。

"基本上纯' '是指基本上不含天然与其相关的其它蛋白、脂类、糖类或其它物质。 本领域的技术人员能用标准的蛋白质纯化技术纯化人反转录相关因子 15。基本上 纯的人反转录相关因子 15 在非还原性聚丙烯酰胺凝胶上能产生单一的主带。人反 转录相关因子 15多肽的纯度可用氨基酸序列分析。

"互补的" 或 "互补" 是指在允许的盐浓度和温度条件下通过碱基配对的 多核苷酸天然结合。例如,序列 "C-T-G-A" 可与互补的序列 "G-A-C-T" 结合。 两个单链分子之间的互补可以是部分的或全部的。核酸链之间的互补程度对于 核酸链之间杂交的效率及强度有明显影响。

"同源性" 是指互补的程度,可以是部分同源或完全同源。 "部分同源" 是指一种部分互补的序列, 其至少可部分抑制完全互补的序列与靶核酸的杂 交。这种杂交的抑制可通过在严格性程度降低的条件下进行杂交( Southern印 迹或 Nor thern印迹等)来检测。基本上同源的序列或杂交探针可竟争和抑制完 全同源的序列与靶序列在的严格性程度降低的条件下的结合。这并不意味严格 性程度降低的条件允许非特异性结合,因为严格性程度降低的条件要求两条序 列相互的结合为特异性或选择性相互作用。

"相同性百分率" 是指在两种或多种氨基酸或核酸序列比较中序列相同或 相似的百分率。 可用电子方法测定相同性百分率, 如通过 MEGALI GN程序 ( La s ergene s of twar e package, DNASTAR, Inc. , Mad i son Wi s. ) 。 MEGAL IGN 程序可根据不同的方法如 C l us t er法比较两种或多种序列(H i gg ins , D. G. 和

P. M. Sharp (1988) Gene 73: 237-244)„ C l us t er法通过检查所有配对之间的 距离将各组序列排列成簇。然后将各簇以成对或成组分配。两个氨基酸序列如

序列 A与序列 B之间匹配的残基个数 X 1 00

序列 A的残基数一序列 A中间隔残基数一序列 B中间隔残基数

也可以通过 C l us ter法或用本领域周知的方法如 Jot un He i n 测定核酸序列 之间的相同性百分率(He i n J. , (1990) Methods i n emzumo l ogy 183: 625-645) 0 "相似性" 是指氨基酸序列之间排列对比时相应位置氨基酸残基的相同或 保守性取代的程度。用于保守性取代的氨基酸例如,带负电荷的氨基酸可包括 天冬氨酸和谷氨酸;带正电荷的氨基酸可包括赖氨酸和精氨酸;具有不带电荷 的头部基团有相似亲水性的氨基酸可包括亮氨酸、异亮氨酸和缬氨酸;甘氨酸 和丙氨酸;天冬酰胺和谷氨酰胺;丝氨酸和苏氨酸;苯丙氨酸和酪氨酸。

"反义" 是指与特定的 DNA或 RNA序列互补的核苷酸序列。 "反义链" 是指 与 "有义链" 互补的核酸链。

"衍生物" 是指 HFP或编码其的核酸的化学修饰物。这种化学修饰物可以是 用烷基、酰基或氨基替换氢原子。核酸衍生物可编码保留天然分子的主要生物 学特性的多肽。

"抗体" 是指完整的抗体分子及其片段,如 Fa、 F (ab') 2及FV,其能特异 性结合人反转录相关因子 15的抗原决定簇。

"人源化抗体" 是指非抗原结合区域的氨基酸序列被替换变得与人抗体更 为相似,但仍保留原始结合活性的抗体。

"分离的" 一词指将物质从它原来的环境(例如,若是自然产生的就指其 天然环境)之中移出。比如说,一个自然产生的多核苷酸或多肽存在于活动物 中就是没有被分离出来,但同样的多核苷酸或多肽同一些或全部在自然系统中 与之共存的物质分开就是分离的。这样的多核苷酸可能是某一载体的一部分, 也可能这样的多核苷酸或多肽是某一组合物的一部分。既然载体或组合物不是 它天然环境的成分,它们仍然是分离的。

如本发明所用, "分离的" 是指物质从其原始环境中分离出来(如果是天 然的物质,原始环境即是天然环境)。如活体细胞内的天然状态下的多聚核苷 酸和多肽是没有分离纯化的,但同样的多聚核苷酸或多肽如从天然状态中同存

在的其他物质中分开,则为分离纯化的。

如本文所用, "分离的人反转录相关因子 15 " 是指人反转录相关因子 15 基本上不含天然与其相关的其它蛋白、脂类、糖类或其它物质。本领域的技术 人员能用标准的蛋白质纯化技术纯化人反转录相关因子 15。基本上纯的多肽在 非还原聚丙烯酰胺凝胶上能产生单一的主带。人反转录相关因子 15 多肽的纯度 能用氨基酸序列分析。

本发明提供了一种新的多肽一一人反转录相关因子 15,其基本上是由 SEQ ID N0: 2所示的氨基酸序列组成的。本发明的多肽可以是重组多肽、天然多肽、合成 多肽,优选重组多肽。本发明的多肽可以是天然纯化的产物,或是化学合成的产 物,或使用重组技术从原核或真核宿主(例如,细菌、酵母、高等植物、昆虫和哺 乳动物细胞)中产生。根据重组生产方案所用的宿主,本发明的多肽可以是糖基化 的,或可以是非糖基化的。本发明的多肽还可包括或不包括起始的甲硫氨酸残基。

本发明还包括人反转录相关因子 15 的片段、衍生物和类似物。如本发明 所用,术语 "片段" 、 "衍生物" 和 "类似物" 是指基本上保持本发明的人反 转录相关因子 15 相同的生物学功能或活性的多肽。本发明多肽的片段、衍生 物或类似物可以是: ( I ) 这样一种,其中一个或多个氨基酸残基被保守或非 保守氨基酸残基 (优选的是保守氨基酸残基)取代,并且取代的氨基酸可以是 也可以不是由遗传密码子编码的;或者( Π ) 这样一种,其中一个或多个氨基 酸残基上的某个基团被其它基团取代包含取代基;或者( Π Ι ) 这样一种,其 中成熟多肽与另一种化合物 (比如延长多肽半衰期的化合物,例如聚乙二醇) 融合;或者( I V ) 这样一种,其中附加的氨基酸序列融合进成熟多肽而形成的 多肽序列 (如前导序列或分泌序列或用来纯化此多肽的序列或蛋白原序列)通 过本文的阐述,这样的片段、衍生物和类似物被认为在本领域技术人员的知识 范围之内。

本发明提供了分离的核酸 (多核苷酸),基本由编码具有 SEQ ID NO: 2 氨 基酸序列的多肽的多核苷酸组成。本发明的多核苷酸序列包括 SEQ ID NO: 1 的 核苷酸序列。本发明的多核苷酸是从人胎脑组织的 cDNA 文库中发现的。它包 含的多核苷酸序列全长为 4971 个碱基,其开放读框 1350-1748编码了 1 32 个 氨基酸。根据氨基酸序列同源比较发现,此多肽与 L1 因子有 77%的同源性,可 推断出该人反转录相关因子 15具有 L1 因子相似的结构和功能。

本发明的多核苷酸可以是 DNA形式或是 RNA形式。 DNA形式包括 cDNA、基 因组 DNA或人工合成的 DNA。 DNA可以是单链的或是双链的。 DNA可以是编码链 或非编码链。编码成熟多肽的编码区序列可以与 SEQ I D NO: 1 所示的编码区序 列相同或者是简并的变异体。如本发明所用, "简并的变异体" 在本发明中是 指编码具有 SEQ ID NO: 2 的蛋白质或多肽,但与 SEQ ID NO: 1 所示的编码区序 列有差别的核酸序列。

编码 SEQ ID NO: 2的成熟多肽的多核苷酸包括:只有成熟多肽的编码序列; 成熟多肽的编码序列和各种附加编码序列;成熟多肽的编码序列(和任选的附 加编码序列)以及非编码序列。

术语 "编码多肽的多核苷酸" 是指包括编码此多肽的多核苷酸和包括附加 编码和 /或非编码序列的多核苷酸。

本发明还涉及上述描述多核苷酸的变异体,其编码与本发明有相同的氨基 酸序列的多肽或多肽的片断、类似物和衍生物。此多核苷酸的变异体可以是天 然发生的等位变异体或非天然发生的变异体。这些核苷酸变异体包括取代变异 体、缺失变异体和插入变异体。如本领域所知的,等位变异体是一个多核苷酸 的替换形式,它可能是一个或多个核苷酸的取代、缺失或插入,但不会从实质 上改变其编码的多肽的功能。

本发明还涉及与以上所描述的序列杂交的多核苷酸(两个序列之间具有至 少 50%,优选具有 70%的相同性)。本发明特别涉及在严格条件下与本发明所 述多核苷酸可杂交的多核苷酸。在本发明中, "严格条件" 是指:(1)在较低 离子强度和较高温度下的杂交和洗脱,如 0. 2xSSC, 0. 1%SDS, 60 °C ;或(2)杂交 时加用变性剂,如 50% (v/v)甲酰胺, 0. 1%小牛血清 / 0. l。/»F i co l l , 42 °C等;或(3) 仅在两条序列之间的相同性至少在 95%以上,更好是 97%以上时才发生杂交。并 且,可杂交的多核苷酸编码的多肽与 SEQ ID NO : 2 所示的成熟多肽有相同的 生物学功能和活性。

本发明还涉及与以上所描述的序列杂交的核酸片段。如本发明所用, "核 酸片段"的长度至少含 1 0个核苷酸,较好是至少 20- 30个核苷酸,更好是至少 50-6 0 个核苷酸,最好是至少 100 个核苷酸以上。核酸片段也可用于核酸的扩 增技术(如 PCR)以确定和 /或分离编码人反转录相关因子 15的多核苷酸。

本发明中的多肽和多核苷酸优选以分离的形式提供,更佳地被纯化至均质。 本发明的编码人反转录相关因子 15的特异的多核苷酸序列能用多种方法获 得。例如,用本领域熟知的杂交技术分离多核苷酸。这些技术包括但不局限于: 1)用探针与基因组或 cDNA 文库杂交以检出同源的多核苷酸序列,和 2)表达文 库的抗体筛选以检出具有共同结构特征的克隆的多核苷酸片段。

本发明的 DNA片段序列也能用下列方法获得: 1)从基因组 DNA分离双链 DNA 序列; 2)化学合成 DNA序列以获得所述多肽的双链 DNA。

上述提到的方法中,分离基因组 DNA 最不常用。 DNA 序列的直接化学合成 是经常选用的方法。更经常选用的方法是 cDNA序列的分离。分离感兴趣的 cDNA 的标准方法是从高表达该基因的供体细胞分离 mRNA并进行逆转录,形成质粒或 噬菌体 cDNA 文库。提取 mRNA 的方法已有多种成熟的技术,试剂盒也可从商业 途径获得(Qiagene)。而构建 cDNA 文库也是通常的方法(Sambrook, et al. , Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory. New York, 1989)。还可得到商业供应的 cDNA文库,如 Clontech公司的不同 cDNA 文库。当结合使用聚合酶反应技术时,即使极少的表达产物也能克隆。

可用常规方法从这些 cDNA 文库中筛选本发明的基因。这些方法包括(但不 限于):(l)DNA-DNA 或 DNA-RNA 杂交;(2)标志基因功能的出现或丧失;(3)测 定人反转录相关因子 15 的转录本的水平;(4)通过免疫学技术或测定生物学活 性,来检测基因表达的蛋白产物。上述方法可单用,也可多种方法联合应用。

在第(1)种方法中,杂交所用的探针是与本发明的多核苷酸的任何一部分同 源,其长度至少 10个核苷酸,较好是至少 30个核苷酸,更好是至少 50个核苷 酸,最好是至少 100个核苷酸。此外,探针的长度通常在 2000个核苷酸之内, 较佳的为 1000个核苷酸之内。此处所用的探针通常是在本发明的基因序列信息 的基础上化学合成的 DNA序列。本发明的基因本身或者片段当然可以用作探针。 DNA探针的标记可用放射性同位素,荧光素或酶(如碱性磷酸酶)等。

在第(4)种方法中,检测人反转录相关因子 15 基因表达的蛋白产物可用免 疫学技术如 Western印迹法,放射免疫沉淀法,酶联免疫吸附法(ELISA)等。

应用 PCR 技术扩增 DNA/RNA 的方法(Saiki, et al. Science 1985; 230: 1350- 1354)被优选用于获得本发明的基因。特别是很难从文库中得到 全长的 cDNA 时,可优选使用 RACE法(RACE - cDNA末端快速扩增法),用于 PCR 的引物可根据本文所公开的本发明的多核苷酸序列信息适当地选择,并可用常 规方法合成。可用常规方法如通过凝胶电泳分离和纯化扩增的 DNA/RNA片段。

如上所述得到的本发明的基因,或者各种 DNA 片段等的多核苷酸序列可用 常规方法如双脱氧链终止法(Sanger et al. PNAS, 1977, 74: 5463- 5467)测定。 这类多核苷酸序列测定也可用商业测序试剂盒等。为了获得全长的 cDNA序列,测 序需反复进行。有时需要测定多个克隆的 cDNA 序列,才能拼接成全长的 cDNA 序列。

本发明也涉及包含本发明的多核苷酸的载体,以及用本发明的载体或直接 用人反转录相关因子 15编码序列经基因工程产生的宿主细胞,以及经重组技术 产生本发明所述多肽的方法。

本发明中,编码人反转录相关因子 15的多核苷酸序列可插入到载体中,以 构成含有本发明所述多核苷酸的重组载体。术语 "载体" 指本领域熟知的细菌 质粒、噬菌体、酵母质粒、植物细胞病毒、哺乳动物细胞病毒如腺病毒、逆转 录病毒或其它载体。在本发明中适用的载体包括但不限于:在细菌中表达的基 于 T7启动子的表达载体(Rosenberg, et a l . Gene, 1987, 56: 125);在哺乳动 物细胞中表达的 pMSXND表达载体(Lee and Nathans , J B i o Chem. 263: 3521 , 1988) 和在昆虫细胞中表达的来源于杆状病毒的载体。总之,只要能在宿主体内复制 和稳定,任何质粒和载体都可以用于构建重组表达载体。表达载体的一个重要 特征是通常含有复制起始点、启动子、标记基因和翻译调控元件。

本领域的技术人员熟知的方法能用于构建含编码人反转录相关因子 15 的

DNA 序列和合适的转录 /翻译调控元件的表达载体。这些方法包括体外重组 DNA 技术、難合成技术、体内重组技术等(Sambroook, et a l. Mo l ecu l ar C l on ing, a Labora tory Manua l , co l d Spr ing Harbor Labora t ory. New York, 1989)。 所述的 DNA序列可有效连接到表达载体中的适当启动子上,以指导 mRNA合成。 这些启动子的代表性例子有:大肠杆菌的 l ac或 trp启动子; λ噬菌体的 PL启 动子;真核启动子包括 CMV 立即早期启动子、 HSV 胸苷激酶启动子、早期和晚 期 SV40启动子、反转录病毒的 LTRs 和其它一些已知的可控制基因在原核细胞 或真核细胞或其病毒中表达的启动子。表达载体还包括翻译起始用的核糖体结 合位点和转录终止子等。在载体中插入增强子序列将会使其在高等真核细胞中 的转录得到增强。增强子是 DNA表达的顺式作用因子,通常大约有 1 0到 300个 碱基对,作用于启动子以增强基因的转录。可举的例子包括在复制起始点晚期 一侧的 1 00到 270个碱基对的 SV40增强子、在复制起始点晚期一侧的多瘤增强 子以及腺病毒增强子等。

此外,表达载体优选地包含一个或多个选择性标记基因,以提供用于选择 转化的宿主细胞的表型性状,如真核细胞培养用的二氢叶酸还原酶、新霉素抗 性以及绿色荧光蛋白(GFP),或用于大肠杆菌的四环素或氨苄青霉素抗性等。

本领域一般技术人员都清楚如何选择适当的载体 /转录调控元件(如启动 子、增强子等)和选择性标记基因。

本发明中,编码人反转录相关因子 15的多核苷酸或含有该多核苷酸的重组 载体可转化或转导入宿主细胞,以构成含有该多核苷酸或重组载体的基因工程 化宿主细胞。术语 "宿主细胞" 指原核细胞,如细菌细胞;或是低等真核细胞, 如酵母细胞;或是高等真核细胞,如哺乳动物细胞。代表性例子有:大肠杆菌, 链霉菌属;细菌细胞如鼠伤寒沙门氏菌;真菌细胞如酵母;植物细胞;昆虫细

胞如果蝇 S2或 Sf 9 ; 动物细胞如 CH0、 COS或 Bowes黑素瘤细胞等。 用本发明所述的 DNA序列或含有所述 DNA序列的重组载体转化宿主细胞可 用本领域技术人员熟知的常规技术进行。当宿主为原核生物如大肠杆菌时,能 吸收 DNA 的感受态细胞可在指数生长期后收获,用 CaC I 处理,所用的步骤 在本领域众所周知。可供选择的是用 MgC l 2。如果需要,转化也可用电穿孔的方 法进行。当宿主是真核生物,可选用如下的 DNA 转染方法:磷酸钙共沉淀法, 或者常规机械方法如显微注射、电穿孔、脂质体包装等。

通过常规的重组 DNA 技术,利用本发明的多核苷酸序列可用来表达或生产 重组的人反转录相关因子 15 (Sc i ence, 1984 ; 224: 1431)。一般来说有以下步 骤:

(1) .用本发明的编码人人反转录相关因子 15 的多核苷酸(或变异体),或 用含有该多核苷酸的重组表达载体转化或转导合适的宿主细胞;

(2) .在合适的培养基中培养宿主细胞;

( 3) .从培养基或细胞中分离、纯化蛋白质。

在歩骤 ( 2 ) 中,根据所用的宿主细胞,培养中所用的培养基可选自各种 常规培养基。在适于宿主细胞生长的条件下进行培养。当宿主细胞生长到适当 的细胞密度后,用合适的方法(如温度转换或化学诱导)诱导选择的启动子,将 细胞再培养一段时间。

在歩骤( 3 ) 中,重组多肽可包被于细胞内、或在细胞膜上表达、或分泌到 细胞外。如果需要,可利用其物理的、化学的和其它特性通过各种分离方法分 离和纯化重组的蛋白。这些方法是本领域技术人员所熟知的。这些方法包括但 并不限于:常规的复性处理、蛋白沉淀剂处理(盐析方法)、离心、渗透破菌、 超声波处理、超离心、分子筛层析(凝胶过滤)、吸附层析、离子交换层析、高 效液相层析(HPLC)和其它各种液相层析技术及这些方法的结合。

附图的简要说明

下列附图用于说明本发明的具体实施方案,而不用于限定由权利要求书所 界定的本发明范围。

图 1是本发明人反转录相关因子 15和 L1因子的氨基酸序列同源性比较图。 上方序列是人反转录相关因子 15 , 下方序列是 L1因子。相同氨基酸在两个序列 间用单字符氨基酸表示,相似氨基酸用 表示。

图 2为分离的人反转录相关因子 15的聚丙烯酰胺凝胶电泳图(SDS- PAGE )。 15KDa为蛋白质的分子量。箭头所指为分离出的蛋白条带。

实现本发明的最佳方式

下面结合具体实施例,进一步阐述本发明。应理解,这些实施例仅用于说 明本发明而不用于限制本发明的范围。下列实施例中来注明具体条件的实验方 法,通常按照常规条件如 Sambrook等人,分子克隆:实验室手册(New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989)中所述的条件,或按照制造厂商所 建议的条件。

实施例 1: 人反转录相关因子 15的克隆

用异硫氰酸胍 /酚 /氯仿一步法提取人胎脑总 RNA。用 Quik mRNA Isolation Kit ( Qiegene 公司产品)从总 RNA中分离 poly(A) mRNA0 2ug poly (A) mRNA经逆转录 形成 cDNA。用 Smart cDNA克隆试剂盒(购自 Clontech )将。0^片段定向插入到 pBSK (+) 载体(Cloiuech公司产品)的多克隆位点上,转化 DH5a,细菌形成 cDNA文库。用 Dye terminate cycle react ion sequencing ki t (Perkin-Elmer公司产品) 和 ABI 377 自动测序仪(Perkin- Elmer公司)测定所有克隆的 5'和 3'末端的序列。将测定的 cDNA 序列与已有的公共 DNA序列数据库(Genebank)进行比较,结果发现其中一个克隆 0109C03的 cDNA序列为新的 DNA。通过合成一系列引物对该克隆所含的插入 cDNA片 段进行双向测定。结果表明, 0109C03克隆所含的全长 cDNA为 4971bp (如 Seq IDN0: 1 所示),从第 1350bp至 1748bp有一个 399bp的开放阅读框架( 0RF ) ,编码一个新 的蛋白质 (如 Seq ID NO: 2所示)。我们将此克隆命名为 pBS-0109C03, 编码的蛋 白质命名为人反转录相关因子 15。

实施例 2: cDNA 克隆的同源检索

将本发明的人反转录相关因子 15的序列及其编码的蛋白序列,用 Blast程序 (Basic local Alignment search tool) [Altschul, SF et al. J.Mol. Biol.1990; 215: 403-10] , 在 Genbank、 Swissport等数据库进行同源检索。 与本发明的人反转录相关因子 15同源性最高的基因是一种已知的 L1因子,其编码 的蛋白在 Genbank的准入号为 1193570。蛋白质同源结果示于图 1, 两者高度同源, 其相同性为 77%; 相似性为 83%。

实施例 3: 用 RT-PCR方法克隆编码人反转录相关因子 15的基因

用胎脑细胞总 RNA为模板,以 oligo- dT为引物进行逆转录反应合成 cDNA,用 Qiagene的试剂盒纯化后,用下列引物进行 PCR扩增:

Priraerl: 5,- AAAAAAGAATAACAAGAAGTGAAC -3, (SEQ ID NO: 3)

Primer2: 5'- TTTATGATTCAAATTAGACTTTCG -3, (SEQ ID NO: 4)

Primerl为位于 SEQ ID NO: 1的 5,端的第 Ibp开始的正向序列;

Primer2为 SEQ ID NO: 1的中的 3'端反向序列。

扩增反应的条件:在 50 μ 1的反应体积中含有 50mmol/L KC1, 10mmol/L Tris -CI, (pH8.5) , 1.5mmol/L MgCl2, 200 μ mol/L dNTP, lOpmol引物, 1U的 Taq DNA聚合 酶 (Clontech公司产品)。在 PE9600型 DNA热循环仪(Perkin- Elmer公司)上按下列条 件反应 25个周期: 94°C 30sec; 55°C 30sec; 72。C 2min。在 RT- PCR时同时设( -act in 为阳性对照和模板空白为阴性对照。扩增产物用 QIAGEN公司的试剂盒纯化,用 TA 克隆试剂盒连接到 PCR载体上( Invitrogen公司产品)。 DNA序列分析结果表明 PCR 产物的 DNA序列与 SEQ ID NO: 1所示的 l-4971bp完全相同。

实施例 4: Northern 印迹法分析人反转录相关因子 15基因的表达:

用一歩法提取总 RNA [Anal. Biochem 1987, 162, 156-159] . 该法包括酸性硫 氰酸胍苯酚-氯仿抽提。即用 4M异硫氰酸胍 -25mM柠檬酸钠, 0.2M乙酸钠( pH4.0 ) 对组织进行匀浆,加入 1倍体积的苯酚和 1/5体积的氯仿-异戊醇(49: 1 ) , 混合 后离心。吸出水相层,加入异丙醇( 0.8体积)并将混合物离心得到 RNA沉淀。将 得到的 RNA沉淀用 70%乙醇洗涤,干燥并溶于水中。用 20 μ § RNA, 在含 20mM 3- ( Ν-吗啉代)丙磺酸(pH7.0 ) - 5mM乙酸钠 -ImM EDTA-2.2M甲醛的 1.2%琼脂糖凝胶上进 行电泳。然后转移至硝酸纤维素膜上。用 a- 32P dATP通过随机引物法制备 32P-标记 的 DNA探针。所用的 DNA探针为图 1所示的 PCR扩增的人反转录相关因子 15编码区序 歹' j (1350bp至 1748bp)。将 32P-标记的探针(约 2 χ 106cpm/ml ) 与转移了 RNA的硝酸 纤维素膜在一溶液中于 42°C '杂交过夜,该溶液包含 50%甲酰胺 -25m KH2P04 ( pH7.4 ) - 5 χ SSC- 5 χ Denhardt's溶液和 200 μ g/ml鲑精 DNA。杂交之后,将滤膜在 1 ^ SSC-0.1°/»SDS中于 55°C洗 30min。然后,用 Phosphor Imager进行分析和定量。

实施例 5: 重组人反转录相关因子 15的体外表达、分离和纯化

根据 SEQ ID N0: 1和图 1所示的编码区序列,设计出一对特异性扩增引物,序 列如下:

Primer 3: 5'- CCCGAGCTCATGAGGTATAAAGAGGAGCTGGTA -3' ( Seq ID No: 5 ) Primer4: 5'- CCCCTCGAGTTAGCATGAAGGCTGTTGAATTTT -3' ( Seq ID No: 6 ) 此两段引物的 5'端分别含有 Sacl和 Xhol酶切位点,其后分别为目的基因 5'端和 3'端的编码序列, Sacl和 Xhol酶切位点相应于表达载体质粒 pET-28b(+) (Novagen公 司产品, Cat. No.69865. 3)上的选择性内切酶位点。以含有全长目的基因的 pBS -

0109C03质粒为模板,进行 PCR反应。 PCR反应条件为:总体积 50 μ 1中含 pBS-0109C03 质粒 10pg、弓 I物 Pr imer-3和 Pr imer-4分另 !j为 lOpmol、 Advantage polymerase Mix (Clontech公司产品) 1 μ h 循环参数: 94°C 20s, 60°C 30s, 68°C 2 min,共 25个 循环。用 Sacl和 Xhol分别对扩增产物和质粒 PET-28(+)进行双酶切,分别回收大片 段,并用 T4连接酶连接。连接产物转化用氯化钙法大肠杆细菌 DH5 CC ,在含卡那霉素 (终浓度 30 g/ml ) 的 LB平板培养过夜后,用菌落 PCR方法筛选阳性克隆,并进行 测序。挑选序列正确的阳性克隆(pET- 0109C03) 用氯化钙法将重组质粒转化大肠 杆菌 BL21 (DE3)plySs (Novagen公司产品)。在含卡那霉素(终浓度 30μ§/ηι1 ) 的 LB 液体培养基中,宿主菌 BL21 (pET- 0109C03)在 37°C培养至对数生长期,加入 IPTG 至终浓度 lmmol/L, 继续培养 5小时。离心收集菌体,经超声波破菌,离心收集上清, 用能与 6个组氨酸( 6His- Tag ) 结合的亲和层析柱 H i s. Bind Quick Cartridge (Novagen公司产品)进行层析,得到了纯化的目的蛋白人反转录相关因子 15。经 SDS-PAGE电泳,在 15KDa处得到一单一的条带(图 2) 。将该条带转移至 PVDF膜上 用 Edams水解法进行 N-端氨基酸序列分析,结果 N-端 15个氨基酸与 SEQ ID NO: 2所 示的 N-端 15个氨基酸残基完全相同。

实施例 6 抗人反转录相关因子 15抗体的产生

用多肽合成仪(PE公司产品)合成下述人反转录相关因子 15特异性的多肽: NH2-Met-Arg-Tyr-Lys-Glu-Glu-Leu~Va l-Pro-Phe-Leu-Leu-Lys-Pro-Phe-C00H (SEQ ID NO: 7)。将该多肽分别与血蓝蛋白和牛血清白蛋白耦合形成复合, 方法参见: Avrameas, et al. Immunochemistry, 1969; 6: 43。用 4mg上述 a蓝蛋白 多肽复合物加上完全弗氏佐剂免疫家兔, 15天后再用血蓝蛋白多肽复合物加不完 全弗氏佐剂加强免疫一次。采用经 15 g/ml牛血清白蛋白多肽复合物包被的滴定 板做 ELISA测定兔血清中抗体的滴度。用蛋白 A- Sepharose从抗体阳性的家兔血清 中分离总 IgG。将多肽结合于溴化氰活化的 Sepharos B柱上,用亲和层析法从总 IgG 中分离抗多肽抗体。免疫沉淀法证明纯化的抗体可特异性地与人反转录相关因子 15 结合。

实施例 7: 本发明的多核苷酸片段用作杂交探针的应用

从本发明的多核苷酸中挑选出合适的寡核苷酸片段用作杂交探针有多方面的 用途,如用该探针可与不同来源的正常组织或病理组织的基因组或 cDNA文库杂交 以鉴定其是否含有本发明的多核苷酸序列和检出同源的多核苷酸序列,进一歩还可 用该探针检测本发明的多核苷酸序列或其同源的多核苷酸序列在正常组织或病理

组织细胞中的表达是否异常。

本实施例的目的是从本发明的多核苷酸 SEQ ID NO: 1 中挑选出合适的寡核苷 酸片段用作杂交探针,并用滤膜杂交方法鉴定一些组织中是否含有本发明的多核 苷酸序列或其同源的多核苷酸序列。滤膜杂交方法包括斑点印迹法、 Southern 印 迹法、 Nor thern 印迹法和复印方法等,它们都是将待测的多核苷酸样品固定在滤 膜上后使用基本相同的歩骤杂交。这些相同的步骤是:固定了样品的滤膜首先用 不含探针的杂交缓冲液进行预杂交,以使滤膜上样品的非特异性的结合部位被载 体和合成的多聚物所饱和。然后预杂交液被含有标记探针的杂交缓冲液替换,并 保温使探针与靶核酸杂交。杂交步骤之后,未杂交上的探针被一系列洗膜歩骤除 掉。本实施例利用较高强度的洗膜条件(如较低盐浓度和较高的温度),以使杂交 背景降低且只保留特异性强的信号。本实施例选用的探针包括两类:第一类探针 是完全与本发明的多核苷酸 SEQ ID NO: 1相同或互补的寡核苷酸片段;第二类探 针是部分与本发明的多核苷酸 SEQ ID NO: 1相同或互补的寡核苷酸片段。本实施 例选用斑点印迹法将样品固定在滤膜上,在较高强度的的洗膜条件下,第一类探 针与样品的杂交特异性最强而得以保留。

一、 探针的选用

从本发明的多核苷酸 SEQ ID NO: 1 中选择寡核苷酸片段用作杂交探针,应遵 循以下原则和需要考虑的几个方面:

1,探针大小优选范围为 18-50个核苷酸;

2, GC含量为 30%-70%,超过则非特异性杂交增加;

3,探针内部应无互补区域;

4,符合以上条件的可作为初选探针,然后进一步作计算机序列分析,包括将该 初选探针分别与其来源序列区域(即 SEQ ID NO: 1 ) 和其它已知的基因组序 列及其互补区进行同源性比较,若与非靶分子区域的同源性大于 85%或者有超 过 15个连续碱基完全相同,则该初选探针一般就不应该使用;

5 , 初选探针是否最终选定为有实际应用价值的探针还应进一步由实验确定。

完成以上各方面的分析后挑选并合成以下二个探针:

探针 1 ( probel ), 属于第一类探针,与 SEQ ID NO: 1 的基因片段完全 同源或互补(41Nt ):

5 - TGAGGTATAAAGAGGAGCTGGTACCATTTCTTCTAAAACCA -3' ( SEQ ID NO: 8 ) 探针 1 ( probe2 ), 属于第二类探针,相当于 SEQ ID NO: 1 的基因片段 或其互补片段的替换突变序列 ( 41Nt ):

5'- TGAGGTATAAAGAGGAGCTGCTACCATTTCTTCTAAAACCA -3' ( SEQ ID NO: 9 ) 与以下具体实验步骤有关的其它未列出的常用试剂及其配制方法请参考文 献: DNA PROBES G. H. Kel ler; M. M. Manak; Stockton Press, 1989 (USA)以及更常 用的分子克隆实验手册书籍如《分子克隆实验指南》 U998 年第二版) [美]萨姆 布鲁克等著,科学出版社。

样品制备:

1, 从新鲜或冰冻组织中提取 DNA

歩骤: 1 ) 将新鲜或新鲜解冻的正常肝组织放入浸在冰上并盛有磷酸盐缓冲液 (PBS ) 的平皿中。用剪刀或手术刀将组织切成小块。操作中应保持组织湿润。 2 ) 以 lOOOg离心切碎组织 10分钟。 3)用冷匀浆缓冲液(0.25mol/L蔗糖; 25mniol/L Tris-HCl, pH7.5; 25mmol/LnaCl; 25mmol/L MgCl2 ) 悬浮沉淀(大约 lOml/g )。 4 ) 在 4°C 用电动匀浆器以全速匀浆组织悬液,直至组织被完全破碎。 5 ) lOOOg 离心 10分钟。 6 )用重悬细胞沉淀(每 0. lg最初组织样品加 l-5ml ), 再以 lOOOg离心 10分钟。 7 )用裂解缓冲液重悬沉淀(每 O. lg最初组织样品加 lml ),然后接以下 的苯酚抽提法。

2, DNA的苯酚抽提法

歩骤: 1 )用 1- 10ml 冷 PBS 洗细胞, lOOOg 离心 10分钟。 2 )用冷细胞裂解 液重悬浮沉淀的细胞(l x 108细胞 /ml )最少应用 lOOul 裂解缓冲液。 3)加 SDS 至终浓度为 1%,如果在重悬细胞之前将 SDS直接加入到细胞沉淀中,细胞可能会 形成大的团块而难以破碎,并降低的总产率。这一点在抽提 >107细胞时特别严重。 4 )加蛋白酶 K至终浓度 200ug/nil。 5 ) 50°C保温反应 1 小时或在 37 C轻轻振摇 过夜。 6 )用等体积苯酚:氯仿:异戊醇( 25: 24: 1 ) 抽提,在小离心机管中离 心 10分钟。两相应清楚分离,否则重新进行离心。 7 )将水相转移至新管。 8 ) 用 等体积氯仿:异戊醇(24: 1 ) 抽提,离心 10分钟。 9 ) 将含 DNA的水相转移至新 管。然后进行 DM的纯化和乙醇沉淀。

3, DNA的纯化和乙醇沉淀

步骤: 1 ) 将 1/10体积 2mol/L醋酸钠和 2倍体积冷 100°/。乙醇加到 DNA溶液 中,混匀。在- 20°C放置 1小时或至过夜。 2 ) 离心 10分钟。 3) 小心吸出或倒出 乙醇。 4 )用 70%冷乙醇 500ul 洗涤沉淀,离心 5分钟。 5 )小心吸出或倒出乙醇。 用 500ul冷乙醇洗涤沉淀,离心 5分钟。 6 ) 小心吸出或倒出乙醇,然后在吸水纸 上倒置使残余乙醇流尽。空气干燥 10-15 分钟,以使表面乙醇挥发。注意不要使 沉淀完全干燥,否则较难重新溶解。 7 ) 以小体积 TE或水重悬 DNA沉淀。低速涡 旋振荡或用滴管吹吸,同时逐渐增加 TE, 混合至 DNA充分溶解,每 1-5 χ 106细胞 所提取的大约加 lul。

以下第 8-13步骤仅用于必须除去污染时,否则可直接进行第 14步骤。

8 ) 将 RNA酶 A加到 DNA溶液中,终浓度为 100ug/ml, 37°C保温 30分钟。 9 )加 入 SDS和蛋白酶 K,终浓度分别为 0.5%和 100ug/ml。 37°C保温 30分钟。 10)用 等体积的苯酚:氯仿:异戊醇( 25: 24: 1 )抽提反应液,离心 10 分钟。 11 ) 小 心移出水相,用等体积的氯仿:异戊醇(24: 1 ) 重新抽提,离心 10 分钟。 12 ) 小心移出水相,力口 1/10体积 2mol/L 醋酸钠和 2.5 体积冷乙醇,混匀置 - 20°C 1 小时。 13)用 70%乙醇及 100%乙醇洗涤沉淀,空气干燥,重悬核酸,过程同第 3-6步骤。 14 ) 测定 A26。和 A28。以检测 DNA的纯度及产率。 15 ) 分装后存放于 -20° (:。 样膜的制备:

1 ) 取 4 x 2 张适当大小的硝酸纤维素膜(NC 膜),用铅笔在其上轻轻标出点样 位置及样号,每一探针需两张 NC膜,以便在后面的实验歩骤中分别用高强度条件 和强度条件洗膜。

2 ) 吸取及对照各 15微升,点于样膜上,在室温中晾干。

3 ) 置于浸润有 0. Imol/LNaOH, 1.5mol/LNaCl的滤纸上 5分钟 (两次),晾干置 于浸润有 0.5mol/L Tris-HCl ( pH7.0), 3mol/LNaCl的滤纸上 5分钟 (两次 ), 晾 干。

4 ) 夹于干净滤纸中,以铝箔包好, 60- 80°C真空干燥 2小时。

探针的标记

1 ) 3 μ lProbe ( 0. IOD/Ιθμ 1 ),加入 2 μ IKinase缓冲液, 8-10 uCi γ- 32P-dATP+2U Kinase, 以补加至终体积 20 μ 1。

2 ) 37 Γ 保温 2小时。

3 )加 1/5体积的溴酚蓝指示剂 ( BPB

4 ) 过 Sephadex G-50柱。

5 ) 至有 32P- Probe洗出前开始收集第一峰(可用 Monitor监测)。

6 ) 5滴 /管,收集 10-15管。

7 ) 用液体闪烁仪监测同位素量

8 ) 合并第一峰的收集液后即为所需制备的 32P-Probe (第二峰为游离 γ- 32P -dATP )。

预杂交

将样膜置于塑料袋中,加入 3- 10mg预杂交液(10xDenhardt's;6xSSC, 0. lrag/ml

CT DNA (小牛胸腺 DNA)。),封好袋口后, 68°C水浴摇 2小时。

杂交

将塑料袋剪去一角,加入制备好的探针,封好袋口后, 42。C水浴摇过夜。

洗膜:

高强度洗膜:

1 )取出已杂交好的样膜。

2 ) 2xSSC, 0. 1%SDS中, 40°C洗 15分钟( 2次)。

3 ) 0. IxSSC, 0. 1%SDS中, 40°C洗 15分钟( 2次)。

4 ) 0. lxSSC, 0. 1%SDS中, 55。C洗 30分钟(2次),室温晾干。

低强度洗膜:

1 ) 取出已杂交好的样膜。

2 ) 2xSSC, 0. 1%SDS中, 37°C洗 15分钟( 2次)。

3 ) 0. IxSSC, 0. 1%SDS中 , 37°C洗 15分钟( 2次)。

4 ) 0. IxSSC, 0. 1%SDS中, 40°C洗 15分钟( 2次),室温晾干。

X -光自显影:

- 70 C, X-光自显影(压片时间根据杂交斑放射性强弱而定)。

实验结果:

采用低强度洗膜条件所进行的杂交实验,以上两个探针杂交斑放射性强弱没 有明显区别;而采用高强度洗膜条件所进行的杂交实验,探针 1 的杂交斑放射性 强度明显强于另一个探针杂交斑的放射性强度。因而可用探针 1 定性和定量地分 析本发明的多核苷酸在不同组织中的存在和差异表达。

实施例 8 DNA Microarray

基因芯片或基因微矩阵(DNA Microarray ) 是目前许多国家实验室和大制药 公司都在着手研制和开发的新技术,它是指将大量的靶基因片段有序地、高密度 地排列在玻璃、硅等载体上,然后用荧光检测和计算机软件进行数据的比较和分 析,以达到快速、高效、高通量地分析生物信息的目的。本发明的多核苷酸可作 为靶 DNA 用于基因芯片技术用于高通量研究新基因功能;寻找和筛选组织特异性 新基因特别是肿瘤等疾病相关新基因;疾病的诊断,如遗传性疾病。其具体方法 歩骤在文献中已有多种报道,如可参阅文献 DeRi s i , J. L., Lyer, V. &Brown, P. 0. (1997) Sc ience278, 680-686.及文献 He l le, R. A., Schema, M. , Cha i , A., Sha l om, D., (1997) PNAS 94: 2150-2155.

(一)点样

备种不同的全长 cDNA共计 4000条多核苷酸序列作为靶 DNA,其中包括本发明

的多核苷酸。将它们分别通过 PCR 进行扩增,纯化所得扩增产物后将其浓度调到 500ng/ul 左右,用 Cartesian 7500 点样仪(购自美囯 Cartesian公司)点于玻璃 介质上,点与点之间的距离为 280 μηι。将点样后的玻片进行水合、干燥、置于紫 外交联仪中交联,洗脱后干燥使 DNA 固定在玻璃片上制备成芯片。其具体方法步 骤在文献中已有多种报道,本实施例的点样后处理步骤是:

1. 潮湿环境中水合 4小时;

2. 0.2%SDS洗涤 1分钟;

3. ddH20洗涤两次,每次 1分钟;

4. NaBH4封闭 5分钟;

5. 95°C水中 2分钟;

6. 0.2%SDS洗涤 1分钟;

7. ddH20冲洗两次;

8. 凉干, 25 C储存于暗处备用。

(二)探针标记

用一步法分别从正常肝与肝癌中抽提总 mRNA,并用 Oligotex mRNA Midi

Kit (购自 QiaGen公司)纯化 mRNA,通过反转录分别将荧光试剂 Cy3dUTP (5-Amino-propargy 1-2· -deoxyur i dine 5'-tr iphate coupled to Cy3 fluorescent dye , 购自 Amersham Phamacia Biotech 公司)标记正常肝组织的 mRNA, 用荧光试剂 Cy5dUTP (5-Amino-propargy 1-2' -deoxyur i dine 5'-tr iphate coupled to Cy5 fluorescent dye, 购自 Amersham Phamacia Biotech公司)标记肝癌组织 mRNA, 经纯化后制备出探针。具体步骤参照及方法见:

Schena,

M., Shalon, D., Heller, R. (1996) Proc. Natl. Acad. Sci. USA. Vol.93: 10614—

10619. Schena, M. , Shalon, Dari. , Davis, R. W. (1995) Science.270. (20): 467-480. (三)杂交

分别将来自 以上两种组织的探针与芯片一起在 UniHyb™ Hybridization Solution (购自 TeleC'hem 公司)杂交液中进行杂交 16 小时,室温用洗涤液(1 χ SSC, 0.2%SDS ) 洗涤后用 ScanArray 3000扫描仪(购自美国 General Scanning公 司)进行扫描,扫描的图象用 Imagene软件(美国 Biodi scovery公司)进行数据 分析处理,算出每个点的 Cy3/Cy5 比值,该比值小于 0.5大于 2 的点被认为是表 达有差异的基因。

实验结果表明, Cy3signal=11353.6 ( 取四次实验的平均

值) , Cy5s igna l=11232. 54 (取四次实验的平均值), Cy3/Cy5=l. 01078,本发明的 多核苷酸在以上两种组织中的表达无明显差异。

工业实用性

本发明的多肽以及该多肽的拮抗剂、激动剂和抑制剂可直接用于疾病治疗, 例如,可治疗恶性肿瘤、肾上腺缺乏症、皮肤病、各类炎症、 HIV 感染和免疫 性疾病等。

人类具有基因组 L1 家族, L1 因子存在于染色体 lq 的 LRE2上。 L1 家族序 列编码的蛋白是一种类反转录酶。

哺乳动物染色体 lq上的 LRE2参与反转录过程, LRE2的增殖过程包括转录、 反转录以及再整合到基因组上的一个新的位点三个过程。在 LRE2 位点上的插 入重排可导致基因表达的一些异常现象。 如产生肌营养不良症(Duchenne 肌 肉营养不良症)。

本发明的多肽与基因组 L1 家族编码的 L1 因子是同源蛋白,含 L1 家族的特 征性序列,两者具有相似的生物学功能。它在生物体内也可能参与反转录过程, 调节着某些基因的表达。其表达异常可使相关基因的调控发生错误,并产生相 关的疾病。

由此可见,本发明的人反转录相关因子 15 的表达异常将产生各种疾病尤其 是肌营养不良症、各种肿瘤、胚胎发育紊乱症、生长发育障碍性疾病、炎症、 免疫性疾病,这些疾病包括但不限于:

各种组织的肿瘤:胃癌,肝癌,肺癌,食管癌,乳腺癌,白血病,淋巴瘤, 甲状腺肿瘤,子宫肌瘤,神经细胞瘤,星形细胞瘤,室管膜瘤,胶质细胞瘤, 神经纤维瘤,结肠癌,黑色素瘤,膀胱癌,子宫癌,子宫内膜癌,结肠癌,胸 腺肿瘤,鼻咽癌,喉癌,气管肿瘤,纤维瘤,纤维肉瘤,脂肪瘤,脂肪肉瘤 胚胎发育紊乱症: 先天性流产,腭裂,肢体缺如,肢体分化障碍,房间隔 缺损,神经管缺陷,先天性脑积水,先天性青光眼或白内障,先天性耳聋

生长发育障碍性疾病:精神发育迟缓,脑发育障碍,皮肤、脂肪和肌肉发 育不良性疾病,骨与关节发育不良性疾病,各种代谢缺陷病,呆小症,侏儒症, 库兴综合这征,性发育迟缓症

炎症:慢性活动性肝炎,结节病,多肌炎,慢性鼻炎,慢性胃炎,脑脊髓 多发性硬化,肾小球性肾炎,心肌炎,心肌病,动脉粥样硬化,胃溃疡,子宫 颈炎,各种感染性炎症

免疫性疾病:系统性红斑狼疮,类风湿性关节炎,支气管哮喘,荨麻疹,

特异性皮炎,感染后心肌炎,硬皮病,重症肌无力,格林-巴利综合症,普通 易变免疫缺陷病,原发性 B淋巴细胞免疫缺陷病,获得性免疫缺陷综合症

本发明的人反转录相关因子 15 的表达异常还将产生某些遗传性,血液性疾病 等。

本发明的多肽以及该多肽的拮抗剂、激动剂和抑制剂可直接用于疾病治疗,例 如,可治疗各种疾病尤其是肌营养不良症、各种肿瘤、胚胎发育紊乱症、生长发育 障碍性疾病、炎症、免疫性疾病,某些遗传性,血液性疾病等。

本发明也提供了筛选化合物以鉴定提高(激动剂)或阻遏(拮抗剂)人反转录 相关因子 15 的药剂的方法。激动剂提高人反转录相关因子 15 刺激细胞增殖等 生物功能,而拮抗剂阻止和治疗与细胞过度增殖有关的紊乱如各种癌症。例如, 能在药物的存在下,将哺乳动物细胞或表达人反转录相关因子 15 的膜制剂与标 记的人反转录相关因子 15 —起培养。然后测定药物提高或阻遏此相互作用的能 力。

人反转录相关因子 15的拮抗剂包括筛选出的抗体、化合物、受体缺失物和 类似物等。人反转录相关因子 15 的拮抗剂可以与人反转录相关因子 15 结合并 消除其功能,或是抑制该多肽的产生,或是与该多肽的活性位点结合使该多肽 不能发挥生物学功能。

在筛选作为拮抗剂的化合物时,可以将人反转录相关因子 15加入生物分析 测定中,通过测定化合物对人反转录相关因子 15和其受体之间相互作用的影响 来确定化合物是否是拮抗剂。用上述筛选化合物的同样方法,可以筛选出起拮 抗剂作用的受体缺失物和类似物。能与人反转录相关因子 15结合的多肽分子可 通过筛选由各种可能组合的氨基酸结合于固相物组成的随机多肽库而获得。筛 选时,一般应对人反转录相关因子 15分子进行标记。

本发明提供了用多肽,及其片段、衍生物、类似物或它们的细胞作为抗原 以生产抗体的方法。这些抗体可以是多克隆抗体或单克隆抗体。本发明还提供 了针对人反转录相关因子 15抗原决定簇的抗体。这些抗体包括(但不限于):多 克隆抗体、单克隆抗体、嵌合抗体、单链抗体、 Fab 片段和 Fab 表达文库产生 的片段。

多克隆抗体的生产可用人反转录相关因子 15直接注射免疫动物(如家兔, 小鼠,大鼠等)的方法得到,多种佐剂可用于增强免疫反应,包括但不限于弗 氏佐剂等。制备人反转录相关因子 15 的单克隆抗体的技术包括但不限于杂交瘤 技术(Koh l er and Mi l s te in. Na t ure, 1975 , 256: 495-497) , 三瘤技术,人 Β- 细胞杂交瘤技术, EBV-杂交瘤技术等。将人恒定区和非人源的可变区结合的嵌 合抗体可用已有的技术生产(Morr i son et a l , PNAS, 1985, 81 : 6851) 0 而已有的 生产单链抗体的技术(U. S. Pa t No. 4946778)也可用于生产抗人反转录相关因子 15的单链抗体。

抗人反转录相关因子 15的抗体可用于免疫组织化学技术中,检测活检标本 中的人反转录相关因子 15。

与人反转录相关因子 15结合的单克隆抗体也可用放射性同位素标记,注入 体内可跟踪其位置和分布。这种放射性标记的抗体可作为一种非创伤性诊断方 法用于肿瘤细胞的定位和判断是否有转移。

抗体还可用于设计针对体内某一特殊部位的免疫毒素。如人反转录相关因 子 15 高亲和性的单克隆抗体可与细菌或植物毒素(如白喉毒素,蓖麻蛋白,红 豆碱等)共价结合。一种通常的方法是用巯基交联剂如 SPDP , 攻击抗体的氨基, 通过二硫键的交换,将毒素结合于抗体上,这种杂交抗体可用于杀灭人反转录 相关因子 15阳性的细胞。

本发明中的抗体可用于治疗或预防与人反转录相关因子 15相关的疾病。给 予适当剂量的抗体可以刺激或阻断人反转录相关因子 15的产生或活性。

本发明还涉及定量和定位检测人反转录相关因子 15水平的诊断试验方法。 这些试验是本领域所熟知的,且包括 FI SH测定和放射免疫测定。试验中所检测 的人反转录相关因子 15 水平,可以用作解释人反转录相关因子 15 在各种疾病 中的重要性和用于诊断人反转录相关因子 15起作用的疾病。

本发明的多肽还可用作肽谱分析,例如,多肽可用物理的、化学或酶进行 特异性切割,并进行一维或二维或三维的凝胶电泳分析,更好的是进行质谱分 析。

编码人反转录相关因子 15的多核苷酸也可用于多种治疗目的。基因治疗技 术可用于治疗由于人反转录相关因子 15 的无表达或异常 /无活性表达所致的细 胞增殖、发育或代谢异常。重组的基因治疗载体(如病毒载体)可设计用于表达 变异的人反转录相关因子 15 , 以抑制内源性的人反转录相关因子 15 活性。例 如,一种变异的人反转录相关因子 15 可以是缩短的、缺失了信号传导功能域的 人反转录相关因子 15,虽可与下游的底物结合,但缺乏信号传导活性。因此重 组的基因治疗载体可用于治疗人反转录相关因子 15 表达或活性异常所致的疾 病。来源于病毒的表达载体如逆转录病毒、腺病毒、腺病毒相关病毒、单纯疱 疹病毒、细小病毒等可用于将编码人反转录相关因子 15 的多核苷酸转移至细胞 内。构建携带编码人反转录相关因子 15 的多核苷酸的重组病毒载体的方法可见

于已有文献(Sambrook,et a l. )。另外重组编码人反转录相关因子 15 的多核苷 酸可包装到脂质体中转移至细胞内。

多核苷酸导入组织或细胞内的方法包括:将多核苷酸直接注入到体内组织 中;或在体外通过载体(如病毒、噬菌体或质粒等)先将多核苷酸导入细胞中, 再将细胞移植到体内等。

抑制人反转录相关因子 15 mRNA 的寡核苷酸(包括反义 RNA 和 DNA)以及核 酶也在本发明的范围之内。核酶是一种能特异性分解特定 RNA的酶样 RNA分子, 其作用机制是核酶分子与互补的靶 RNA 特异性杂交后进行核酸内切作用。反义 的 RNA和 DNA及核酶可用已有的任何 RNA或 DNA合成技术获得,如固相磷酸酰 胺化学合成法合成寡核苷酸的技术已广泛应用。反义 RNA分子可通过编码该 RNA 的 DNA序列在体外或体内转录获得。这种 DNA序列已整合到载体的 RNA聚合酶 启动子的下游。为了增加核酸分子的稳定性,可用多种方法对其进行修饰,如 增加两侧的序列长度,核糖核苷之间的连接应用磷酸硫酯键或肽键而非磷酸二 酯键。

编码人反转录相关因子 15 的多核苷酸可用于与人反转录相关因子 15 的相 关疾病的诊断。编码人反转录相关因子 15 的多核苷酸可用于检测人反转录相关 因子 15 的表达与否或在疾病状态下人反转录相关因子 15 的异常表达。如编码 人反转录相关因子 15 的 DNA序列可用于对活检标本进行杂交以判断人反转录相 关因子 15 的表达状况。杂交技术包括 Sou thern 印迹法, Nor thern 印迹法、原 位杂交等。这些技术方法都是公开的成熟技术,相关的试剂盒都可从商业途径 得到。本发明的多核苷酸的一部分或全部可作为探针固定在微阵列(M i c r oa r ray) 或 DNA 芯片(又称为 "基因芯片" )上,用于分析组织中基因的差异表达分析和 基因诊断。用人反转录相关因子 15特异的引物进行 RNA-聚合酶链反应(RT-PCR) 体外扩增也可检测人反转录相关因子 15的转录产物。

检测人反转录相关因子 15 基因的突变也可用于诊断人反转录相关因子 1 5 相关的疾病。人反转录相关因子 15 突变的形式包括与正常野生型人反转录相关 因子 15 DNA序列相比的点突变、易位、缺失、重组和其它任何异常等。可用已 有的技术如 Southern印迹法、 DNA序列分析、 PCR和原位杂交检测突变。另夕卜, 突变有可能影响蛋白的表达,因此用 Nor t hern 印迹法、 Wes t ern 印迹法可间接 判断基因有无突变。

本发明的序列对染色体鉴定也是有价值的。该序列会特异性地针对某条人 染色体具体位置且并可以与其杂交。目前,需要鉴定染色体上的各基因的具体 位点。现在,只有很少的基于实际序列数据(重复多态性)的染色体标记物可用

于标记染色体位置。根据本发明,为了将这些序列与疾病相关基因相关联,其 重要的第一步就是将这些 DNA序列定位于染色体上。

简而言之,根据 cDNA制备 PCR引物(优选 15- 35bp) , 可以将序列定位于染色 体上。然后,将这些引物用于 PCR筛选含各条人染色体的体细胞杂合细胞。只 有那些含有相应于引物的人基因的杂合细胞会产生扩增的片段。

体细胞杂合细胞的 PCR定位法,是将 DM定位到具体染色体的快捷方法。使 用本发明的寡核苷酸引物,通过类似方法,可利用一组来自特定染色体的片段 或大量基因组克隆而实现亚定位。可用于染色体定位的其它类似策略包括原位 杂交、用标记的流式分选的染色体预筛选和杂交预选,从而构建染色体特异的 cDNA库。

将 cDNA克隆与中期染色体进行荧光原位杂交(FISH),可以在一个歩骤中精 确地进行染色体定位。 此技术的综述,参见 Verma等, Human Chromosomes: a Manual of Basic Techniques, Pergamon Press, New York (1988)。

一旦序列被定位到准确的染色体位置,此序列在染色体上的物理位置就可 以与基因图数据相关联。 这些数据可见于例如, V.Mckusick, Mendel ian Inheritance in Man (可通过与 Johns Hopkins University Welch Medical Library联机获得)。然后可通过连锁分析,确定基因与业已定位到染色体区域 上的疾病之间的关系。

接着,需要测定患病和未患病个体间的 cDNA或基因组序列差异。如果在一 些或所有的患病个体中观察到某突变,而该突变在任何正常个体中未观察到, 则该突变可能是疾病的病因。比较患病和未患病个体,通常涉及首先寻找染色 体中结构的变化,如从染色体水平可见的或用基于 cDNA序列的 PCR可检测的缺 失或易位。根据目前的物理作图和基因定位技术的分辨能力,被精确定位至与 疾病有关的染色体区域的 cDM, 可以是 50至 500个潜在致病基因间之一种(假定 1兆碱基作图分辨能力和每 20kb对应于一个基因)。

可以将本发明的多肽、多核苷酸及其模拟物、激动剂、拮抗剂和抑制剂与 合适的药物载体组合后使用。这些载体可以是水、葡萄糖、乙醇、盐类、缓冲 液、甘油以及它们的组合。组合物包含安全有效量的多肽或拮抗剂以及不影响 药物效果的载体和赋形剂。这些组合物可以作为药物用于疾病治疗。

本发明还提供含有一种或多种容器的药盒或试剂盒,容器中装有一种或多 种本发明的药用组合物成分。与这些容器一起,可以有由制造、使用或销售药 品或生物制品的政府管理机构所给出的指示性提示,该提示反映出生产、使用 或销售的政府管理机构许可其在人体上施用。此外,本发明的多肽可以与其它

的治疗化合物结合使用。

药物组合物可以以方便的方式给药,如通过局部、静脉内、腹膜内、肌内、 皮下、鼻内或皮内的给药途径。人反转录相关因子 15 以有效地治疗和 /或预防 具体的适应症的量来给药。施用于患者的人反转录相关因子 15 的量和剂量范围 将取决于许多因素,如给药方式、待治疗者的健康条件和诊断医生的判断。