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1. (WO2000055361) PROCEDE D'IDENTIFICATION D'ORGANISMES PAR ANALYSE GENETIQUE COMPARATIVE, AMORCEUR ET SONDES D'HYBRIDATION UTILISES POUR LA MISE EN OEUVRE DE CE PROCEDE
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication :    WO/2000/055361    N° de la demande internationale :    PCT/EP2000/002330
Date de publication : 21.09.2000 Date de dépôt international : 16.03.2000
Demande présentée en vertu du Chapitre 2 :    29.09.2000    
CIB :
C12Q 1/68 (2006.01)
Déposants : SCHACKERT, Hans, Konrad [DE/DE]; (DE).
HAHN, Matthias [DE/DE]; (DE).
KOUFAKI, Olga, Niki [GR/DE]; (DE) (US Seulement).
GÖRGENS, Heike [DE/DE]; (DE)
Inventeurs : SCHACKERT, Hans, Konrad; (DE).
HAHN, Matthias; (DE).
KOUFAKI, Olga, Niki; (DE).
GÖRGENS, Heike; (DE)
Données relatives à la priorité :
199 11 656.3 16.03.1999 DE
199 64 112.9 31.12.1999 DE
Titre (DE) VERFAHREN ZUR IDENTIFIZIERUNG VON ORGANISMEN DURCH VERGLEICHENDE GENETISCHE ANALYSE SOWIE PRIMER UND HYBRIDISATIONSSONDEN ZUR DURCHFÜHRUNG DES VERFAHRENS
(EN) METHOD FOR IDENTIFYING ORGANISMS BY MEANS OF COMPARATIVE GENETIC ANALYSIS AND PRIMERS AND HYBRIDISATION PROBES FOR CARRYING OUT THIS METHOD
(FR) PROCEDE D'IDENTIFICATION D'ORGANISMES PAR ANALYSE GENETIQUE COMPARATIVE, AMORCEUR ET SONDES D'HYBRIDATION UTILISES POUR LA MISE EN OEUVRE DE CE PROCEDE
Abrégé : front page image
(DE)Die Erfindung umfaßt Verfahren, Primer und Hybridisationssonden zur Identifizierung von Organismen durch vergleichende genetische Analyse, dadurch gekennzeichnet, daß man kodierende, nichtkodierende Bereiche und/oder funktionell bedeutende Bereiche von hochkonservierten Genen, Pseudogenen oder Homologen mit Hilfe der PCR amplifiziert und nachfolgend genotypisiert und analysiert. Der Vergleich von kodierenden und nicht kodierenden Bereichen von hochkonservierten Genen, Pseudogenen oder Homologen gewährleistet, daß ein einziges Oligonukleotidpaar an DNA-Sequenzen, die zwischen verschiedenen Spezies hochgradig konserviert sind, bindet und damit die Amplifikation eines für alle Spezies identischen Genabschnitts erlaubt. Die Oligonukleotide schließen einen oder mehrere Genbereiche ein, die zwischen verschiedenen Spezies möglichst große Sequenzunterschiede aufweisen. Die Bestimmung der Gensequenz dieses hochgradig polymorphen Bereichs in einem darauf folgenden Reaktionsschritt erlaubt es, die Gensequenz einer spezifischen Spezies zuzuordnen. In besonders bevorzugten Ausführungsvarianten der Erfindung wurden Oligonukleotidpaare gefunden, die die Amplifikation des hochkonservierten Tumorsuppressorgens PTEN/MMAC1, seines Pseudogens und ihrer Homologen ermöglicht.
(EN)The invention comprises methods, primers and hybridisation probes for identifying organisms by means of comparative genetic analysis and is characterised in that coding, non-coding areas and/or functionally significant areas of highly conserved genes, pseudogenes or homologues are amplified using the PCR and then genotyped and analysed. The comparison of coding and non-coding areas of highly conserved genes, pseudogenes or homologues ensures that a single oligonucleotide pair bonds to DNA sequences that are highly conserved between different species, hereby allowing the amplification of a gene segment that is identical for all of the species. The oligonucleotides include one or more gene areas with the greatest possible sequence differences between different species. The determination of the gene sequence of this highly polymorphous area in a subsequent reaction step enables the gene sequence to be allocated to a specific species. In particularly preferred variants of embodiments of the invention, oligonucleotide pairs enabling the amplification of the highly conserved tumour suppresser gene PTEN/MMAC1, its pseudogene and their homologues were found.
(FR)L'invention concerne un procédé, un amorceur et des sondes d'hybridation utilisés pour l'identification d'organismes par une analyse génétique par comparaison. Ce procédé consiste à amplifier des zones codantes, non codantes et/ou des zones d'importance fonctionnelle de gènes à haute conservation, de pseudogènes ou d'homologues à l'aide de la PCR puis à les génotyper et à les analyser. La comparaison de zones codantes et de zones non codantes de gènes à haute conservation, de pseudogènes ou d'homologues garantit qu'une seule paire d'oligonucléotides se lie à des séquences d'ADN à haute conservation de différentes espèces. Cela permet l'amplification d'une section génique identique pour toutes les espèces. Les oligonucléotides comportent au moins une zone génique présentant, si possible, de grandes différences de séquences entre les différentes espèces. La détermination de la séquence génique de cette zone hautement polymorphe lors d'une réaction consécutive permet d'affecter la séquence génique à une espèce spécifique. Dans des modes de réalisation préférés, on a trouvé des paires de nucléotides qui permettent l'amplification du gène à haute conservation destiné à la de suppression tumorale PTEN/NMAC1, de son pseudogène et de son homologue.
États désignés : AE, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, CA, CH, CN, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, NO, NZ, PL, PT, RO, RU, SD, SE, SG, SI, SK, SL, TJ, TM, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VN, YU, ZA, ZW.
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (GH, GM, KE, LS, MW, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB) (AT, BE, CH, CY, DE, DK, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Langue de publication : allemand (DE)
Langue de dépôt : allemand (DE)