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1. WO2000037683 - SYSTEME D'ANALYSE A HAUT RENDEMENT PERMETTANT DE CONTROLER DES SEQUENCES 'EST'

Numéro de publication WO/2000/037683
Date de publication 29.06.2000
N° de la demande internationale PCT/US1999/030492
Date du dépôt international 22.12.1999
Demande présentée en vertu du Chapitre 2 19.07.2000
CIB
C12Q 1/68 2006.01
CCHIMIE; MÉTALLURGIE
12BIOCHIMIE; BIÈRE; SPIRITUEUX; VIN; VINAIGRE; MICROBIOLOGIE; ENZYMOLOGIE; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE
QPROCÉDÉS DE MESURE OU DE TEST FAISANT INTERVENIR DES ENZYMES, DES ACIDES NUCLÉIQUES OU DES MICRO-ORGANISMES; COMPOSITIONS OU PAPIERS RÉACTIFS À CET EFFET; PROCÉDÉS POUR PRÉPARER CES COMPOSITIONS; PROCÉDÉS DE COMMANDE SENSIBLES AUX CONDITIONS DU MILIEU DANS LES PROCÉDÉS MICROBIOLOGIQUES OU ENZYMOLOGIQUES
1Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismes; Compositions à cet effet; Procédés pour préparer ces compositions
68faisant intervenir des acides nucléiques
CPC
B01J 2219/00659
BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
JCHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
2219Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
00274Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
00583Features relative to the processes being carried out
00603Making arrays on substantially continuous surfaces
00659Two-dimensional arrays
B01J 2219/00662
BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
JCHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
2219Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
00274Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
00583Features relative to the processes being carried out
00603Making arrays on substantially continuous surfaces
00659Two-dimensional arrays
00662Two-dimensional arrays within two-dimensional arrays
B01J 2219/00722
BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
JCHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
2219Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
00274Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
00718Type of compounds synthesised
0072Organic compounds
00722Nucleotides
C12Q 1/6827
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
68involving nucleic acids
6813Hybridisation assays
6827for detection of mutation or polymorphism
C12Q 1/6837
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
68involving nucleic acids
6813Hybridisation assays
6834Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
6837using probe arrays or probe chips
C12Q 1/6874
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
68involving nucleic acids
6869Methods for sequencing
6874involving nucleic acid arrays, e.g. sequencing by hybridisation
Déposants
  • FELDER, Stephen [US]/[US]
  • SELIGMANN, Bruce [US]/[US]
  • KRIS, Richard, M. [US]/[US]
Inventeurs
  • FELDER, Stephen
  • SELIGMANN, Bruce
  • KRIS, Richard, M.
Mandataires
  • ZELANO, Anthony, J.
Données relatives à la priorité
09/218,08922.12.1998US
Langue de publication anglais (EN)
Langue de dépôt anglais (EN)
États désignés
Titre
(EN) HIGH THROUGHPUT ASSAY SYSTEM FOR MONITORING ESTs
(FR) SYSTEME D'ANALYSE A HAUT RENDEMENT PERMETTANT DE CONTROLER DES SEQUENCES 'EST'
Abrégé
(EN)
The present invention relates to compositions, apparatus and methods useful for concurrently performing multiple, high throughput, biological or chemical assays, using repeated arrays of probes. A combination of the invention comprises a surface, which comprises a plurality of test regions, at least two of which, and in a preferred embodiment, at least twenty of which, are substantially identical, wherein each of the test regions comprises an array of generic anchor molecules. The anchors are associated with bifunctional linker molecules, each containing a portion which is specific for at least one of the anchors and a portion which is a probe specific for a target of interest. The resulting array of probes is used to analyze the presence or test the activity of one or more target molecules which specifically interact with the probes. In one embodiment of the invention, the test regions (which can be wells) are further subdivided into smaller subregions (indentations, or dimples). In one embodiment of the invention, ESTs are mapped. In another embodiment, the presence of a target nucleic acid is detected by protecting the target against nuclease digestion with a polynucleotide fragment, and analyzing the protected polynucleotide by mass spectrometry.
(FR)
La présente invention se rapporte à des compositions, à un appareil et à des procédés permettant la mise en oeuvre conjointe d'analyses biologiques ou chimiques à haut rendement, au moyen d'ensembles répétitifs de sondes. Une réalisation de l'invention comporte une surface présentant une pluralité de régions d'essai, deux de ces régions au moins, et dans une réalisation préférée au moins deux de ces régions, étant sensiblement identiques, et chacune de ces régions d'essai comportant un ensemble de molécules d'ancrage génériques. Ces molécules d'ancrage sont associées à des molécules de liaison bifonctionnelles comprenant chacune une partie qui est spécifique d'au moins une des molécules d'ancrage et une partie qui est une sonde spécifique d'une cible d'intérêt. L'ensemble résultant de sondes est utilisé pour déceler la présence ou tester l'activité d'une ou de plusieurs molécules cibles qui interagissent de manière spécifique avec les sondes. Dans une réalisation de l'invention, les régions d'essai (qui peuvent être des puits) sont elles-mêmes divisées en régions plus petites (renfoncements ou encoches). Dans une réalisation de l'invention, des séquences EST sont mises en correspondance. Dans une autre réalisation, on décèle la présence d'un acide nucléique cible en protégeant la cible de la digestion par nucléase avec un fragment polynucléotidique, et en analysant le polynucléotide protégé par mise en oeuvre d'une spectrométrie de masse.
Également publié en tant que
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