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1. WO1999057308 - METHODE POUR L'IDENTIFICATION ET LA REPRESENTATION DE DIFFERENCES INTERINDIVIDUELLES DE SEQUENCES D'ADN

Numéro de publication WO/1999/057308
Date de publication 11.11.1999
N° de la demande internationale PCT/DE1999/001385
Date du dépôt international 03.05.1999
Demande présentée en vertu du Chapitre 2 29.06.1999
CIB
C12Q 1/68 2006.01
CCHIMIE; MÉTALLURGIE
12BIOCHIMIE; BIÈRE; SPIRITUEUX; VIN; VINAIGRE; MICROBIOLOGIE; ENZYMOLOGIE; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE
QPROCÉDÉS DE MESURE OU DE TEST FAISANT INTERVENIR DES ENZYMES, DES ACIDES NUCLÉIQUES OU DES MICRO-ORGANISMES; COMPOSITIONS OU PAPIERS RÉACTIFS À CET EFFET; PROCÉDÉS POUR PRÉPARER CES COMPOSITIONS; PROCÉDÉS DE COMMANDE SENSIBLES AUX CONDITIONS DU MILIEU DANS LES PROCÉDÉS MICROBIOLOGIQUES OU ENZYMOLOGIQUES
1Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismes; Compositions à cet effet; Procédés pour préparer ces compositions
68faisant intervenir des acides nucléiques
CPC
C12Q 1/6876
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
68involving nucleic acids
6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
Déposants
  • GENPROFILE AG [DE]/[DE] (AllExceptUS)
  • HOEHE, Margret [DE]/[DE] (UsOnly)
  • KÖPKE, Karla [DE]/[DE] (UsOnly)
Inventeurs
  • HOEHE, Margret
  • KÖPKE, Karla
Mandataires
  • BAUMBACH, Fritz
Données relatives à la priorité
198 21 114.706.05.1998DE
Langue de publication allemand (DE)
Langue de dépôt allemand (DE)
États désignés
Titre
(DE) METHODE ZUR IDENTIFIZIERUNG UND DARSTELLUNG INTERINDIVIDUELLER DNA-SEQUENZUNTERSCHIEDE
(EN) METHOD FOR IDENTIFYING AND REPRESENTING INTERINDIVIDUAL DIFFERENCES OF DNA SEQUENCES
(FR) METHODE POUR L'IDENTIFICATION ET LA REPRESENTATION DE DIFFERENCES INTERINDIVIDUELLES DE SEQUENCES D'ADN
Abrégé
(DE)
Die Erfindung betrifft eine Methode zur Identifizierung und Darstellung interindividueller DNA-Sequenzunterschiede. Sie ist dadurch gekennzeichnet, daß man die genomische DNA der zu untersuchenden Individuen isoliert, Segmente der zu vergleichenden Gene, genomischen Regionen, Genome definiert, diese Segmente mittels PCR unter Verwendung hochspezifischer Oligonukleotide gezielt isoliert und in einer ausreichenden Anzahl von Kopien herstellt, eine simultane Sequenzierung aller gewonnenen Gensegmente, die nun als PCR-Produkte vorliegen, durchführt, das dadurch entstehende Gemisch von Terminationsreaktionen, das die individuellen Sequenzen aller Gensegmente enthält, anschliessend auf einem Sequenziergel elektrophoretisch trennt und mittels direkter Transferelektrophorese auf eine Membran überträgt, anschliessend durch Hybridisierung der Membran mit einem markierten, hochspezifischen Oligonukleotid die individuellen Sequenzen eines bestimmten Gensegmentes aus dem ursprünglichen Gemisch sichtbar macht, diesen Vorgang so oft wiederholt, bis alle Gensegmente aus dem ursprünglichen Pool detektiert sind, und anschliessend durch Image-Analyse interindividuelle DNA-Sequenzunterschiede detektiert, und durch mathematische Aufarbeitung ein Genprofilmuster erstellt und auswertet.
(EN)
The invention relates to a method for identifying and representing interindividual differences of DNA sequences. The invention is characterized in that; the genomic DNA of the individuals to be examined are isolated; segments of the genes to be compared, genomic regions, and genomes are defined; these segments are isolated in a targeted manner by means of PCR while using highly specific oligonucleotides and are produced in a sufficient number of copies; a simultaneous sequencing of all obtained gene segments is carried out, said gene segments now being available as PCR products; afterwards, the mixture of termination reactions which is produced thereby and which contains the individual sequences of all gene segments is electrophoretically separated on a sequencing gel; the mixture is transferred onto a membrane by means of direct transfer electrophoresis; afterwards, the individual sequences of a determined gene segment from the original mixture are made visible by hybridizing the membrane with a marked, highly specific oligonucleotide; this process is repeated unit all gene segments from the common pool are detected; afterwards, interindividual differences of DNA sequences are detected by image analysis, and a genetic profile model is established and evaluated by mathematical processing.
(FR)
L'invention concerne une méthode pour l'identification et la représentation de différences interindividuelles de séquences d'ADN. Elle est caractérisée en ce que l'on isole l'ADN génomique des individus à analyser, on définit des segments des gènes, des régions génomiques et des génomes à comparer, on isole de manière ciblée ces segments au moyen de l'amplification en chaîne par polymérase en utilisant des oligonucléotides très spécifiques, et on en fabrique un nombre suffisant de copies, on réalise un séquençage simultané de tous les segments géniques obtenus qui se présentent désormais sous la forme de produits d'amplification en chaîne par polymérase, on sépare ensuite par voie électrophorétique sur un gel de séquençage le mélange ainsi formé issu des réactions de terminaison et contenant les séquences individuelles de tous les segments géniques, et on le transfère sur une membrane par électrophorèse directe de transfert, puis on met en évidence, par hybridation de la membrane avec un oligonucléotide très spécifique marqué, les séquences individuelles d'un segment génique déterminé provenant du mélange initial, on répète cette opération jusqu'à ce que tous les segments géniques provenant du groupe initial soient détectés, et on détecte ensuite par analyse d'image les différences interindividuelles de séquences d'ADN, et on établit et on évalue par traitement mathématique un modèle de profil génique.
Également publié en tant que
US09674705
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