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1. (WO2019050902) METHODS TO DETERMINE THE SENSITIVITY PROFILE OF A BACTERIAL STRAIN TO A THERAPEUTIC COMPOSITION
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公布号: WO/2019/050902 国际申请号: PCT/US2018/049481
公布日: 14.03.2019 国际申请日: 05.09.2018
国际专利分类:
G06F 19/18 (2011.01) ,G06F 19/24 (2011.01)
G PHYSICS
06
计算;推算;计数
F
电数字数据处理
19
专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
10
生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
18
用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
G PHYSICS
06
计算;推算;计数
F
电数字数据处理
19
专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
10
生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
24
用于机器学习,数据挖掘或生物统计学的,例如:模式定位,知识发现,规则抽取,相关性,聚类或分类
申请人:
ADAPTIVE PHAGE THERAPEUTICS, INC. [US/US]; 7211 Exfair Rd Bethesda, Maryland 20814, US
发明人:
MERRIL, Carl; US
代理人:
WALES, Michele; US
优先权数据:
62/554,52905.09.2017US
62/597,15111.12.2017US
62/673,16218.05.2018US
标题 (EN) METHODS TO DETERMINE THE SENSITIVITY PROFILE OF A BACTERIAL STRAIN TO A THERAPEUTIC COMPOSITION
(FR) PROCÉDÉS DE DÉTERMINATION DU PROFIL DE SENSIBILITÉ D'UNE SOUCHE BACTÉRIENNE À UNE COMPOSITION THÉRAPEUTIQUE
摘要:
(EN) Methods and systems for pattern search and analysis to identify and select therapeutic molecules that can be used to treat bacterial infections or contaminations. Examples include methods and systems for pattern search and analysis to identify and select bacteriophage based on comparison of the genomes of a query bacterium and/or a query phage strain to a therapeutic molecule-host training set of bacterial strains and/or phage strains in which the phage strains (or other therapeutic molecules) have been shown to have the capacity to act as an antibacterial agent by either killing, replicating in, lysing and/or inhibiting the growth of the bacterial strains in the training set. Therapeutic compositions, including phage, identified using the methods described herein can then be used to treat bacterial infections in a subject and/or contamination in the environment.
(FR) L’invention concerne des procédés et des systèmes de recherche et d'analyse de motifs pour identifier et sélectionner des molécules thérapeutiques qui peuvent être utilisées pour traiter des infections bactériennes ou des contaminations. Des exemples comprennent des procédés et des systèmes pour une recherche et une analyse de motif afin d'identifier et de sélectionner un bactériophage sur la base d'une comparaison des génomes d'une bactérie d'interrogation et/ou d'une souche de phage d'interrogation à un ensemble d'apprentissage molécule thérapeutique-hôte de souches bactériennes et/ou de souches de phage dans lesquelles les souches de phage (ou d'autres molécules thérapeutiques) ont été représentés pour avoir la capacité d'agir en tant qu'agent antibactérien par la destruction, la réplication, la lyse et/ou l'inhibition de la croissance des souches bactériennes dans l'ensemble d'apprentissage. Des compositions thérapeutiques, comprenant des phages, identifiées à l'aide des procédés de la présente invention peuvent ensuite être utilisées pour traiter des infections bactériennes chez un sujet et/ou une contamination dans l'environnement.
指定国: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
非洲地区知识产权组织 (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
欧亚专利局 (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
欧洲专利局 (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
非洲知识产权组织 (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
公布语言: 英语 (EN)
申请语言: 英语 (EN)