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1. (WO2019043015) METHOD TO CONFIRM VARIANTS IN NGS PANEL TESTING BY SNP GENOTYPING
国际局存档的最新著录项目数据提交意见

公布号: WO/2019/043015 国际申请号: PCT/EP2018/073150
公布日: 07.03.2019 国际申请日: 28.08.2018
国际专利分类:
C12Q 1/68 (2018.01)
C 化学;冶金
12
包括微生物或酶的生物化学、微生物学、酶学,它们的制备;用其来合成化合物或组合物;涉及微生物或酶的测定或检验方法;变异或遗传工程
Q
包含酶或微生物的测定或检验方法;其所用的组合物或试纸;这种组合物的制备方法;在微生物学方法或酶学方法中的条件反应控制
1
包含酶或微生物的测定或检验方法;其组合物;这种组合物的制备方法
68
包括核酸
申请人:
ASSISTANCE PUBLIQUE - HOPITAUX DE PARIS [FR/FR]; 3, avenue Victoria 75004 PARIS, FR
发明人:
CAZENEUVE, Cécile; FR
NOEL, Sandrine; FR
代理人:
REGIMBEAU; REGIMBEAU 20, rue de Chazelles 75847 PARIS CEDEX 17, FR
优先权数据:
17306106.029.08.2017EP
标题 (EN) METHOD TO CONFIRM VARIANTS IN NGS PANEL TESTING BY SNP GENOTYPING
(FR) PROCÉDÉ DE CONFIRMATION DE VARIANTES DANS UN TEST DE PANEL DE NGS PAR GÉNOTYPAGE SNP
摘要:
(EN) The present invention belongs to the field of methods to validate genotyping results obtained by Next-Generation Sequencing (NGS) for a series of patients, to detect sample mix-ups and prevent misdiagnosis. In particular, the present invention relates to a method to validate Next-generation sequencing (NGS) genotyping results of a panel of genes tested in a series of at least 2 patients characterized in that said validation is provided by SNP profiling assay,adapted for allele-specific multiplex PCR, allowing accurate validation of NGS data by sample pairing. The present invention also relates to a kit comprising PCR multiplex reagents and/or NGS oligonucleotide probes or primers designed to capture or amplify sequences comprising a combination of at least 8 SNPs and its use for validating NGS genotyping results.
(FR) La présente invention concerne le domaine des procédés de validation des résultats de génotypage obtenus par séquençage de nouvelle génération (NGS) pour une série de patients, pour détecter des mélanges d'échantillons et empêcher un mauvais diagnostic. La présente invention concerne en particulier un procédé de validation de résultats de génotypage par séquençage de nouvelle génération (NGS) d'un panel de gènes testés dans une série d'au moins 2 patients, caractérisé en ce que ladite validation est fournie par un test de profilage SNP, adapté à la PCR multiplex spécifique des allèles, permettant une validation précise des données de NGS par appariement d'échantillons. La présente invention concerne également un kit comprenant des réactifs de PCR multiplex et/ou des sondes oligonucléotidiques de NGS ou des amorces conçues pour capturer ou amplifier des séquences comprenant une combinaison d'au moins 8 SNP et son utilisation pour valider des résultats de génotypage par NGS.
指定国: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
非洲地区知识产权组织 (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
欧亚专利局 (EAPO) (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
欧洲专利局 (EPO) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
非洲知识产权组织 (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
公布语言: 英语 (EN)
申请语言: 英语 (EN)