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1. (WO2019050902) METHODS TO DETERMINE THE SENSITIVITY PROFILE OF A BACTERIAL STRAIN TO A THERAPEUTIC COMPOSITION
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№ de pub.: WO/2019/050902 № do pedido internacional: PCT/US2018/049481
Data de publicação: 14.03.2019 Data de depósito internacional: 05.09.2018
CIP:
G06F 19/18 (2011.01) ,G06F 19/24 (2011.01)
G FÍSICA
06
CÔMPUTO; CÁLCULO; CONTAGEM
F
PROCESSAMENTO ELÉTRICO DE DADOS DIGITAIS
19
Equipamentos ou métodos de computação digital ou de processamento de dados, especialmente adaptados para aplicações específicas
10
Bioinformática, i.e. métodos ou sistemas para processamento de dados genéticos ou relacionados a proteínas em biologia molecular computacional
18
para proteômica ou genômica funcional, p. ex. associações genótipo-fenótipo, desequilíbio de ligação, genética de populações, identificação do local de ligação, mutagênese, anotação do genoma ou genótipo, interações proteína-proteína ou interações proteína-ácido nucleico
G FÍSICA
06
CÔMPUTO; CÁLCULO; CONTAGEM
F
PROCESSAMENTO ELÉTRICO DE DADOS DIGITAIS
19
Equipamentos ou métodos de computação digital ou de processamento de dados, especialmente adaptados para aplicações específicas
10
Bioinformática, i.e. métodos ou sistemas para processamento de dados genéticos ou relacionados a proteínas em biologia molecular computacional
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para aprendizagem de máquina, mineração de dados ou bioestatística, p. ex. determinação de padrões, descoberta de conhecimento, extração de regras, correlação, agrupamento (cluster) ou classificação
Requerentes:
ADAPTIVE PHAGE THERAPEUTICS, INC. [US/US]; 7211 Exfair Rd Bethesda, Maryland 20814, US
Inventores:
MERRIL, Carl; US
Mandatário:
WALES, Michele; US
Dados da prioridade:
62/554,52905.09.2017US
62/597,15111.12.2017US
62/673,16218.05.2018US
Título (EN) METHODS TO DETERMINE THE SENSITIVITY PROFILE OF A BACTERIAL STRAIN TO A THERAPEUTIC COMPOSITION
(FR) PROCÉDÉS DE DÉTERMINATION DU PROFIL DE SENSIBILITÉ D'UNE SOUCHE BACTÉRIENNE À UNE COMPOSITION THÉRAPEUTIQUE
Resumo:
(EN) Methods and systems for pattern search and analysis to identify and select therapeutic molecules that can be used to treat bacterial infections or contaminations. Examples include methods and systems for pattern search and analysis to identify and select bacteriophage based on comparison of the genomes of a query bacterium and/or a query phage strain to a therapeutic molecule-host training set of bacterial strains and/or phage strains in which the phage strains (or other therapeutic molecules) have been shown to have the capacity to act as an antibacterial agent by either killing, replicating in, lysing and/or inhibiting the growth of the bacterial strains in the training set. Therapeutic compositions, including phage, identified using the methods described herein can then be used to treat bacterial infections in a subject and/or contamination in the environment.
(FR) L’invention concerne des procédés et des systèmes de recherche et d'analyse de motifs pour identifier et sélectionner des molécules thérapeutiques qui peuvent être utilisées pour traiter des infections bactériennes ou des contaminations. Des exemples comprennent des procédés et des systèmes pour une recherche et une analyse de motif afin d'identifier et de sélectionner un bactériophage sur la base d'une comparaison des génomes d'une bactérie d'interrogation et/ou d'une souche de phage d'interrogation à un ensemble d'apprentissage molécule thérapeutique-hôte de souches bactériennes et/ou de souches de phage dans lesquelles les souches de phage (ou d'autres molécules thérapeutiques) ont été représentés pour avoir la capacité d'agir en tant qu'agent antibactérien par la destruction, la réplication, la lyse et/ou l'inhibition de la croissance des souches bactériennes dans l'ensemble d'apprentissage. Des compositions thérapeutiques, comprenant des phages, identifiées à l'aide des procédés de la présente invention peuvent ensuite être utilisées pour traiter des infections bactériennes chez un sujet et/ou une contamination dans l'environnement.
Estados designados: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
Organização Regional Africana da Propriedade Intelectual (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Instituto Eurasiático de Patentes (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
Instituto Europeu de Patentes (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
Organização Africana da Propriedade Intelectual (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Língua de publicação: inglês (EN)
Língua de depósito: inglês (EN)