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1. (WO2019043015) METHOD TO CONFIRM VARIANTS IN NGS PANEL TESTING BY SNP GENOTYPING
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№ de pub.: WO/2019/043015 № do pedido internacional: PCT/EP2018/073150
Data de publicação: 07.03.2019 Data de depósito internacional: 28.08.2018
CIP:
C12Q 1/68 (2018.01)
C QUÍMICA; METALURGIA
12
BIOQUÍMICA; CERVEJA; ÁLCOOL; VINHO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; ENGENHARIA GENÉTICA OU DE MUTAÇÃO
Q
PROCESSOS DE MEDIÇÃO OU ENSAIO ENVOLVENDO ENZIMAS OU MICRO-ORGANISMOS; SUAS COMPOSIÇÕES OU SEUS PAPÉIS DE TESTE; PROCESSOS DE PREPARAÇÃO DESSAS COMPOSIÇÕES; CONTROLE RESPONSIVO A CONDIÇÕES DO MEIO NOS PROCESSOS MICROBIOLÓGICOS OU ENZIMÁTICOS
1
Processos de medição ou ensaio envolvendo enzimas ou micro-organismos; Composições para esse fim; Processos de preparação de tais composições
68
envolvendo ácidos nucleicos
Requerentes:
ASSISTANCE PUBLIQUE - HOPITAUX DE PARIS [FR/FR]; 3, avenue Victoria 75004 PARIS, FR
Inventores:
CAZENEUVE, Cécile; FR
NOEL, Sandrine; FR
Mandatário:
REGIMBEAU; REGIMBEAU 20, rue de Chazelles 75847 PARIS CEDEX 17, FR
Dados da prioridade:
17306106.029.08.2017EP
Título (EN) METHOD TO CONFIRM VARIANTS IN NGS PANEL TESTING BY SNP GENOTYPING
(FR) PROCÉDÉ DE CONFIRMATION DE VARIANTES DANS UN TEST DE PANEL DE NGS PAR GÉNOTYPAGE SNP
Resumo:
(EN) The present invention belongs to the field of methods to validate genotyping results obtained by Next-Generation Sequencing (NGS) for a series of patients, to detect sample mix-ups and prevent misdiagnosis. In particular, the present invention relates to a method to validate Next-generation sequencing (NGS) genotyping results of a panel of genes tested in a series of at least 2 patients characterized in that said validation is provided by SNP profiling assay,adapted for allele-specific multiplex PCR, allowing accurate validation of NGS data by sample pairing. The present invention also relates to a kit comprising PCR multiplex reagents and/or NGS oligonucleotide probes or primers designed to capture or amplify sequences comprising a combination of at least 8 SNPs and its use for validating NGS genotyping results.
(FR) La présente invention concerne le domaine des procédés de validation des résultats de génotypage obtenus par séquençage de nouvelle génération (NGS) pour une série de patients, pour détecter des mélanges d'échantillons et empêcher un mauvais diagnostic. La présente invention concerne en particulier un procédé de validation de résultats de génotypage par séquençage de nouvelle génération (NGS) d'un panel de gènes testés dans une série d'au moins 2 patients, caractérisé en ce que ladite validation est fournie par un test de profilage SNP, adapté à la PCR multiplex spécifique des allèles, permettant une validation précise des données de NGS par appariement d'échantillons. La présente invention concerne également un kit comprenant des réactifs de PCR multiplex et/ou des sondes oligonucléotidiques de NGS ou des amorces conçues pour capturer ou amplifier des séquences comprenant une combinaison d'au moins 8 SNP et son utilisation pour valider des résultats de génotypage par NGS.
Estados designados: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
Organização Regional Africana da Propriedade Intelectual (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Instituto Eurasiático de Patentes (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
Instituto Europeu de Patentes (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
Organização Africana da Propriedade Intelectual (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Língua de publicação: inglês (EN)
Língua de depósito: inglês (EN)