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1. (WO2019031867) METHOD FOR INCREASING ACCURACY OF ANALYSIS BY REMOVING PRIMER SEQUENCE IN AMPLICON-BASED NEXT-GENERATION SEQUENCING
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№ de pub.: WO/2019/031867 № do pedido internacional: PCT/KR2018/009088
Data de publicação: 14.02.2019 Data de depósito internacional: 09.08.2018
CIP:
G06F 19/24 (2011.01) ,G06F 19/20 (2011.01)
G FÍSICA
06
CÔMPUTO; CÁLCULO; CONTAGEM
F
PROCESSAMENTO ELÉTRICO DE DADOS DIGITAIS
19
Equipamentos ou métodos de computação digital ou de processamento de dados, especialmente adaptados para aplicações específicas
10
Bioinformática, i.e. métodos ou sistemas para processamento de dados genéticos ou relacionados a proteínas em biologia molecular computacional
24
para aprendizagem de máquina, mineração de dados ou bioestatística, p. ex. determinação de padrões, descoberta de conhecimento, extração de regras, correlação, agrupamento (cluster) ou classificação
G FÍSICA
06
CÔMPUTO; CÁLCULO; CONTAGEM
F
PROCESSAMENTO ELÉTRICO DE DADOS DIGITAIS
19
Equipamentos ou métodos de computação digital ou de processamento de dados, especialmente adaptados para aplicações específicas
10
Bioinformática, i.e. métodos ou sistemas para processamento de dados genéticos ou relacionados a proteínas em biologia molecular computacional
20
para hibridização ou expressão de genes, p. ex. microarranjos, sequenciamento por hibridização, normalização, pefil, modelos de correção de ruído, estimativa da taxa de expressão, projeto de sondas ou otimização de sondas
Requerentes:
주식회사 엔젠바이오 NGENEBIO [KR/KR]; 서울시 구로구 디지털로 242 909호, 1010호, 1104호, 1105호 No.909, No.1010, No.1104, No.1105 242, Digital-ro Guro-gu Seoul 08394, KR
Inventores:
이창선 LEE, Chang Seon; KR
홍창범 HONG, Chang Bum; KR
오은설 OH, Ensel; KR
김광중 KIM, Kwang Joong; KR
Mandatário:
이처영 LEE, Cheo Young; KR
장제환 CHANG, Je Hwan; KR
Dados da prioridade:
10-2017-010154010.08.2017KR
Título (EN) METHOD FOR INCREASING ACCURACY OF ANALYSIS BY REMOVING PRIMER SEQUENCE IN AMPLICON-BASED NEXT-GENERATION SEQUENCING
(FR) PROCÉDÉ D'AUGMENTATION DE LA PRÉCISION D'ANALYSE PAR ÉLIMINATION D'UNE SÉQUENCE D'AMORCE DANS UN SÉQUENÇAGE DE NOUVELLE GÉNÉRATION, BASÉ SUR UN AMPLICON
(KO) 앰플리콘 기반 차세대 염기서열 분석기법에서 프라이머 서열을 제거하여 분석의 정확도를 높이는 방법
Resumo:
(EN) The present invention relates to a method for increasing the efficiency of read data analysis by removing primer sequence information present in a read obtained through next-generation sequencing (NGS) and, more specifically, to a method for matching information of a read and a designed primer to various reference values in several steps so as to determine primer sequence information within a read, and then precisely removing only a primer sequence so as to increase the efficiency of read data analysis. The method for increasing the efficiency of read data analysis in a primer removal-based NGS, according to the present invention, has a rapid data analysis speed and can precisely remove only a primer sequence, thereby being useful for increasing the efficiency and accuracy of read data analysis.
(FR) La présente invention concerne un procédé d'augmentation de l'efficacité d'analyse de données de lecture par élimination d'informations de séquence d'amorce présentes dans une lecture obtenue par un séquençage de nouvelle génération (NGS) et, plus spécifiquement, un procédé de mise en correspondance d'informations d'une amorce lue et d'une amorce conçue à diverses valeurs de référence en plusieurs étapes, de manière à déterminer des informations de séquence d'amorce dans une lecture, puis à retirer précisément une seule séquence d'amorce, de façon à augmenter l'efficacité de l'analyse de données de lecture. Selon la présente invention, le procédé d'augmentation de l'efficacité d'analyse de données de lecture dans un NGS basé sur un retrait d'amorce a une vitesse rapide d'analyse de données et peut éliminer précisément une seule séquence d'amorce, ce qui est utile pour augmenter l'efficacité et la précision d'analyse de données de lecture.
(KO) 본 발명은 NGS를 통해 수득하는 리드에 존재하는 프라이머 서열 정보를 제거하여 리드 데이터 분석의 효율을 증가시키는 방법에 관한 것으로, 더욱 상세하게는 리드와 설계한 프라이머 정보를 여러 단계에 걸쳐 다양한 기준값으로 매칭하여 리드내 프라이머 서열 정보를 결정한 다음, 프라이머 서열만 정확하게 제거하여 리드 데이터 분석의 효율을 증가시키는 방법에 관한 것이다. 본 발명에 따른 프라이머 제거 기반 차세대 염기서열 분석기법(Next Generation Sequencing, NGS)에서 리드 데이터 분석 효율 증가 방법은, 데이터 분석의 속도가 빠르고, 민프라이머 서열만 정확하게 제거할 수 있어, 리드 데이터 분석의 효율 및 정확도를 증가시키는데 유용하다.
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Estados designados: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
Organização Regional Africana da Propriedade Intelectual (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Instituto Eurasiático de Patentes (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
Instituto Europeu de Patentes (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
Organização Africana da Propriedade Intelectual (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Língua de publicação: coreano (KO)
Língua de depósito: coreano (KO)