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1. (US20110270533) SYSTEMS AND METHODS FOR ANALYZING NUCLEIC ACID SEQUENCES

특허청 : 미국
출원번호: 13097677 출원일: 13.07.2011
공개번호: 20110270533 공개일: 03.11.2011
공개유형: A1
IPC:
G06F 19/00
G SECTION G — 물리학
06
산술논리연산; 계산; 계수
F
전기에 의한 디지털 데이터처리
19
특수한 어플리케이션에 특히 적합한 디지털 컴퓨팅 또는 데이터 처리 장치 또는 방법
출원인: LIFE TECHNOLOGIES CORPORATION
발명자: ZHANG Zheng
Guo Danwei
Lou Yuandan
Siddiqui Asim
Brinza Dumitru
우선권 정보
발명의 명칭: (EN) SYSTEMS AND METHODS FOR ANALYZING NUCLEIC ACID SEQUENCES
요약서: front page image
(EN)

Nucleic acid sequence mapping/assembly methods are disclosed. The methods initially map only a contiguous portion of each read to a reference sequence and then extends the mapping of the read at both ends of the mapped contiguous portion until the entire read is mapped (aligned). In various embodiments, a mapping score can be calculated for the read alignment using a scoring function, score (i, j)=M+mx, where M can be the number of matches in the extended alignment, x can be the number of mismatches in the alignment, and m can be a negative penalty for each mismatch. The mapping score can be utilized to rank or choose the best alignment for each read.