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1. (WO2011137368) SYSTEMS AND METHODS FOR ANALYZING NUCLEIC ACID SEQUENCES
국제사무국에 기록된 최신 서지정보

공개번호: WO/2011/137368 국제출원번호: PCT/US2011/034611
공개일: 03.11.2011 국제출원일: 29.04.2011
IPC:
G06F 19/22 (2011.01) ,G06F 19/28 (2011.01) ,C12Q 1/68 (2006.01)
G SECTION G — 물리학
06
산술논리연산; 계산; 계수
F
전기에 의한 디지털 데이터처리
19
특수한 어플리케이션에 특히 적합한 디지털 컴퓨팅 또는 데이터 처리 장치 또는 방법
10
생물정보학, 즉 컴퓨터 분자 생물학에서 유전 또는 단백질 관련 데이터 처리를 위한 수단 또는 시스템
22
뉴클레오티드나 아미노산에 관련된 순차 비교에 대한 것, 예. 상동 일치 검색, 모티프나 SNP 발견 또는 순서 정렬
G SECTION G — 물리학
06
산술논리연산; 계산; 계수
F
전기에 의한 디지털 데이터처리
19
특수한 어플리케이션에 특히 적합한 디지털 컴퓨팅 또는 데이터 처리 장치 또는 방법
10
생물정보학, 즉 컴퓨터 분자 생물학에서 유전 또는 단백질 관련 데이터 처리를 위한 수단 또는 시스템
28
프로그래밍 도구 또는 데이터베이스 시스템에 대한 것, 예. 온톨로지, 이종(heterogeneous) 데이터 통합, 데이터 보관 또는 컴퓨팅 아키텍쳐
C SECTION C — 화학; 야금
12
생화학; 맥주; 주정; 포도주; 식초; 미생물학; 효소학; 돌연변이 또는 유전자공학
Q
효소 또는 미생물을 함유한 측정 또는 시험방법; 그것을 위한 조성물 또는 시험지; 그 조성물을 조제하는 방법; 미생물학적 또는 효소학적 방법에 있어서의 상태응답 제어
1
효소 또는 미생물을 함유한 측정 또는 시험방법; 그것을 위한 조성물; 그 조성물의 제조방법
68
핵산을 함유한 것
출원인:
LIFE TECHNOLOGIES CORPORATION [US/US]; C/O Intellevate P.O. Box 52050 Minneapolis, Minnesota 55402, US (AllExceptUS)
ZHANG, Zheng [US/US]; US (UsOnly)
GUO, Danwei [CN/US]; US (UsOnly)
LOU, Yuandan [US/US]; US (UsOnly)
BRINZA, Dumitru [MD/US]; US (UsOnly)
발명자:
ZHANG, Zheng; US
GUO, Danwei; US
LOU, Yuandan; US
BRINZA, Dumitru; US
대리인:
KUAN, Roger; LIFE TECHNOLOGIES CORPORATION C/O iNTELLEVATE P.O. Box 52050 Minneapolis, Minnesota 55402, US
우선권 정보:
61/330,09030.04.2010US
61/406,54325.10.2010US
발명의 명칭: (EN) SYSTEMS AND METHODS FOR ANALYZING NUCLEIC ACID SEQUENCES
(FR) SYSTÈMES ET MÉTHODES D'ANALYSE DE SÉQUENCES D'ACIDES NUCLÉIQUES
요약서:
(EN) Nucleic acid sequence mapping/assembly methods are disclosed. The methods initially map only a contiguous portion of each read to a reference sequence and then extends the mapping of the read at both ends of the mapped contiguous portion until the entire read is mapped (aligned). In various embodiments, a mapping score can be calculated for the read alignment using a scoring function, score (i, j) = M+mx, where M can be the number of matches in the extended alignment, x can be the number of mismatches in the alignment, and m can be a negative penalty for each mismatch. The mapping score can be utilized to rank or choose the best alignment for each read.
(FR) Cette invention concerne des méthodes de cartographie/d'assemblage de séquences d'acides nucléiques. Lesdites méthodes ne cartographient au départ qu'une portion contiguë de chaque lecture par rapport à une séquence référence, puis élargissent la cartographie de la lecture aux deux extrémités de la portion contiguë cartographiée jusqu'à ce que la lecture entière soit cartographiée (alignée). Dans différents modes de réalisation, un score de cartographie peut être calculé pour l'alignement de lecture, en utilisant une fonction, score (i, j) = M + mx, M pouvant être le nombre d'appariements présents dans l'alignement élargi, x le nombre de mésappariements dans l'alignement, et m une pénalité négative pour chaque mésappariement. Le score de cartographie peut être utilisé pour ordonner ou choisir le meilleur alignement pour chaque lecture.
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아프리카 지식재산권기구(OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
공개언어: 영어 (EN)
출원언어: 영어 (EN)