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1. WO2020071500 - 細胞情報処理方法

公開番号 WO/2020/071500
公開日 09.04.2020
国際出願番号 PCT/JP2019/039179
国際出願日 03.10.2019
IPC
C12Q 1/02 2006.01
C化学;冶金
12生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学
Q酵素,核酸または微生物を含む測定または試験方法;そのための組成物または試験紙;その組成物を調製する方法;微生物学的または酵素学的方法における状態応答制御
1酵素,核酸または微生物を含む測定または試験方法;そのための組成物;そのような組成物の製造方法
02生きた微生物を含むもの
C12Q 1/6869 2018.01
C化学;冶金
12生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学
Q酵素,核酸または微生物を含む測定または試験方法;そのための組成物または試験紙;その組成物を調製する方法;微生物学的または酵素学的方法における状態応答制御
1酵素,核酸または微生物を含む測定または試験方法;そのための組成物;そのような組成物の製造方法
68核酸を含むもの
6869配列決定方法
G01N 21/64 2006.01
G物理学
01測定;試験
N材料の化学的または物理的性質の決定による材料の調査または分析
21光学的手段,すなわち,赤外線,可視光線または紫外線を使用することによる材料の調査または分析
62調査される材料が励起され,それにより光を発しまたは入射光の波長に変化を生ずるシステム
63光学的励起
64蛍光;燐光
G01N 33/48 2006.01
G物理学
01測定;試験
N材料の化学的または物理的性質の決定による材料の調査または分析
33グループG01N1/00~G01N31/00に包含されない,特有な方法による材料の調査または分析
48生物学的材料,例.血液,尿;血球計
CPC
C12Q 1/02
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
02involving viable microorganisms
C12Q 1/6869
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
68involving nucleic acids
6869Methods for sequencing
G01N 21/64
GPHYSICS
01MEASURING; TESTING
NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
21Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using infra-red, visible or ultra-violet light
62Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
63optically excited
64Fluorescence; Phosphorescence
G01N 33/48
GPHYSICS
01MEASURING; TESTING
NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
33Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
48Biological material, e.g. blood, urine
出願人
  • 富士フイルム株式会社 FUJIFILM CORPORATION [JP]/[JP]
発明者
  • 寺尾 隆宏 TERAO Takahiro
代理人
  • 伊東 秀明 ITOH Hideaki
  • 三橋 史生 MITSUHASHI Fumio
優先権情報
2018-18822503.10.2018JP
公開言語 (言語コード) 日本語 (JA)
出願言語 (言語コード) 日本語 (JA)
指定国 (国コード)
発明の名称
(EN) CELL-INFORMATION PROCESSING METHOD
(FR) PROCÉDÉ DE TRAITEMENT D'INFORMATION SUR LES CELLULES
(JA) 細胞情報処理方法
要約
(EN)
The purpose of the present invention is to provide a cell-information processing method for efficiently analyzing interactions among cell populations in the presence of a mixture of multiple types of cell populations. A cell-information processing method according to the present invention includes: a cell retrieving step for preparing at least two prescribed vessels in which target cell groups containing different multiple types of cells are seeded, subjecting the target cells to a prescribed cell stimulation to culture said cells, and retrieving all of the cells, one vessel at a time, at two or more points in time; a single-cell preparing step for preparing single cells from all of the cells retrieved at each point in time; a single-cell-data acquiring step for acquiring single-cell data from the individual cells prepared as single cells at each point in time; a grouping step for grouping, on the basis of the single-cell data at each point in time, all of the cells retrieved at each point in time into multiple cell populations having a common first cell characteristic to plot said cell populations on a two-dimensional plane or in a three-dimensional space, performing processing for identifying, on the basis of a second cell characteristic, cell types of the grouped individual cell populations, and acquiring a clustering result at each point in time; a cell-change detecting step for comparing the clustering results at the individual points in time, thereby detecting changes over time in the cell populations of the same cell types; a mechanism-of-action analyzing step for analyzing, on the basis of the detection results, mechanisms of action of the changes over time in the cell populations of the same cell types; and an interaction analyzing step for analyzing, on the basis of the mechanism-of-action analysis results, interactions occurring among the cell populations of different cell types.
(FR)
L'invention a pour but de fournir un procédé de traitement d'informations de cellule permettant d'analyser efficacement des interactions entre des populations de cellules en présence d'un mélange de multiples types de populations de cellules. Le procédé de traitement d'informations de cellule selon la présente invention comprend les étapes suivantes : récupération de cellule pour préparer au moins deux récipients prescrits dans lesquels des groupes de cellules cibles contenant différents types multiples cellulaires sont ensemencés, soumettre les cellules cibles à une stimulation cellulaire prescrite pour cultiver lesdites cellules, et récupérer toutes les cellules, un récipient à la fois, à deux moments ou plus dans le temps; préparation de cellule individuelle pour préparer des cellules individuelles à partir de toutes les cellules récupérées à chaque moment donné; acquisition de données pour cellules individuelles servant à acquérir des données sur des cellules individuelles à partir des cellules individuelles préparées en tant que cellules individuelles à chaque moment donné; regroupement servant à regrouper, sur la base des données sur les cellules individuelles à chaque moment donné, toutes les cellules récupérées à chaque moment donné dans de multiples populations de cellules ayant une première caractéristique cellulaire commune pour tracer lesdites populations de cellules sur un plan bidimensionnel ou dans un espace tridimensionnel, effectuer un traitement pour identifier, sur la base d'une seconde caractéristique cellulaire, des types cellulaires provenant des populations de cellules individuelles groupées, et acquérir un résultat de regroupement à chaque moment donné; détection de changement de cellule pour comparer les résultats de regroupement aux moment donnés individuels, ce qui permet de détecter des changements dans le temps dans les populations de cellules des mêmes types cellulaires; analyse de mécanisme d'action pour analyser, sur la base des résultats de détection, des mécanismes d'action des changements dans le temps dans les populations de cellules des mêmes types cellulaires; et analyse d'interaction servant à analyser, sur la base des résultats d'analyse de mécanisme d'action, des interactions se produisant parmi les populations de cellules de différents types cellulaires.
(JA)
本発明の目的は、複数の種類の細胞集団が混在する場合に、細胞集団間の相互作用を効率的に解析するための細胞情報処理方法を提供することである。本発明の細胞情報処理方法は、異なる複数種類の細胞を含む対象細胞群を播種した所定の容器を少なくとも2以上用意し、対象細胞群に対し、所定の細胞刺激を与えて培養し、2以上の時点で、1つの容器内にある全細胞を回収する細胞回収ステップと、各時点で回収した全細胞をシングルセル化するシングルセル化ステップと、各時点のシングルセル化された各細胞からシングルセルデータを取得するシングルセルデータ取得ステップと、各時点のシングルセルデータに基づいて、各時点で回収された全細胞を共通の第1の細胞特徴を有する複数の細胞集団にグループ分けして二次元又は三次元平面上にプロットし、且つ、第2の細胞特徴に基づいて、グループ分けした各細胞集団の細胞種を同定する処理を行い、各時点におけるクラスタリング結果を取得するグルーピングステップと、各時点におけるクラスタリング結果を比較することにより、同じ細胞種の細胞集団の経時的な変化を検出する細胞変化検出ステップと、検出の結果に基づいて、同じ細胞種の細胞集団の経時的な変化の作用機序を解析する作用機序解析ステップと、作用機序解析の結果に基づいて、異なる細胞種の細胞集団の間で起きる相互作用を解析する相互作用解析ステップと、を含む、細胞情報処理方法。
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