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1. (WO2019049663) 非天然アミノ酸由来のアミノ酸残基を含む人工タンパク質のリボソームによる合成への適性推測方法
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国際公開番号: WO/2019/049663 国際出願番号: PCT/JP2018/030934
国際公開日: 14.03.2019 国際出願日: 22.08.2018
IPC:
C07K 1/00 (2006.01) ,C12N 15/11 (2006.01) ,C12P 21/00 (2006.01) ,G06F 19/16 (2011.01)
C 化学;冶金
07
有機化学
K
ペプチド
1
ペプチドの製造のための一般方法
C 化学;冶金
12
生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学
N
微生物または酵素;その組成物;微生物の増殖,保存,維持;突然変異または遺伝子工学;培地
15
突然変異または遺伝子工学;遺伝子工学に関するDNAまたはRNA,ベクター,例.プラスミド,またはその分離,製造または精製;そのための宿主の使用
09
組換えDNA技術
11
DNAまたはRNAフラグメント;その修飾物
C 化学;冶金
12
生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学
P
発酵または酵素を使用して所望の化学物質もしくは組成物を合成する方法またはラセミ混合物から光学異性体を分離する方法
21
ペプチドまたは蛋白質の製造
G 物理学
06
計算;計数
F
電気的デジタルデータ処理
19
特定の用途に特に適合したデジタル計算またはデータ処理の装置または方法
10
バイオインフォマティクス,すなわち計算分子生物学において遺伝子または蛋白質関連データの処理を行うための方法またはシステム
16
分子構造に関するもの,例.2次元または3次元構造を含む,構造アラインメント,構造または機能相関,蛋白質の折りたたみ,ドメイントポロジー,構造データを用いた薬物ターゲティング
出願人:
小俣 賢三 OMATA, Kenzo [JP/JP]; JP
発明者:
小俣 賢三 OMATA, Kenzo; JP
代理人:
辻田 朋子 TSUJITA, Tomoko; JP
優先権情報:
2017-17335308.09.2017JP
2018-10145828.05.2018JP
発明の名称: (EN) METHOD FOR ASSESSING SUITABILITY OF ARTIFICIAL PROTEIN INCLUDING AMINO ACID RESIDUE DERIVED FROM NON-NATURALLY-OCCURRING AMINO ACID, FOR SYNTHESIS BY RIBOSOMES
(FR) PROCÉDÉ PERMETTANT D'ÉVALUER LA CONVENANCE D'UNE PROTÉINE ARTIFICIELLE COMPRENANT UN RÉSIDU D'ACIDE AMINÉ DÉRIVÉ D'UN ACIDE AMINÉ D'ORIGINE NON NATURELLE, POUR SYNTHÈSE PAR DES RIBOSOMES
(JA) 非天然アミノ酸由来のアミノ酸残基を含む人工タンパク質のリボソームによる合成への適性推測方法
要約:
(EN) The present invention addresses the problem of providing a method for assessing whether or not an artificial protein having a specific introduced non-naturally-occurring amino acid can be synthesized by the synthesis system provided by ribosomes. This method comprises steps a and b. (Step a): A step for performing transition state structure optimization calculation (TS optimization calculation) by a molecular orbital method or performing approximation calculation which can reproduce the transition state optimization structure, using, as an initial structure, a reaction transition state (general formula (3-1), (3-2), (3-3), (3-4), or (3-5)) in a peptidyl group transfer reaction between aminoacyl-tRNA of the non-naturally-occurring amino acid represented by general formula (1), and peptidyl-tRNA having any amino acid sequence represented by general formula (2-1) or (2-2). (Step b) A step for determining that the non-naturally-occurring amino acid has high enough suitability to be introduced into a protein in the protein synthesis system provided by ribosomes if the structure obtained as a result of step a can be assumed to be a transition state structure.
(FR) La présente invention aborde le problème consistant à fournir un procédé permettant d'évaluer l'opportunité d'une protéine artificielle ayant un acide aminé d'origine non naturelle introduit de manière spécifique à être synthétisée par le système de synthèse fourni par des ribosomes. Le procédé selon l'invention comprend les étapes a et b. (Étape a) : une étape consistant à réaliser un calcul d'optimisation d'état de transition de structure (calcul d'optimisation ET) par un procédé orbital moléculaire ou réaliser un calcul d'approximation qui peut reproduire la structure d'optimisation d'état de transition, au moyen, en tant que structure initiale, d'un état de transition de réaction (formule générale (3-1), (3-2), (3-3), (3-4), ou (3-5)) dans une réaction de transfert de groupe peptidyle entre l'aminoacyl-ARNt de l'acide aminé d'origine non naturelle représenté par la formule générale (1), et un peptidyle-ARNt ayant une séquence d'acides aminés quelconque représenté par la formule générale (2-1) ou (2-2). (Étape b) : une étape consistant à déterminer si l'acide aminé d'origine non naturelle possède un caractère approprié suffisamment élevé pour être introduit dans une protéine dans le système de synthèse de protéines fourni par des ribosomes, si la structure obtenue à la suite de l'étape a peut être supposée être une structure d'état de transition.
(JA) 本発明の解決しようとする課題は、特定の非天然アミノ酸を導入した人工タンパク質をリボソームによる合成系による合成が可能であるか否か推測する方法を提供する。 以下のa及びb工程を備える方法。 (a工程) 一般式(1)で表される前記非天然アミノ酸のアミノアシルtRNAと、 一般式(2-1)又は(2-2)で表される任意のアミノ酸配列を有するペプチジルtRNAと、 のペプチジル基転移反応における反応遷移状態(一般式(3-1)、(3-2)、(3-3)、(3-4)又は(3-5))を初期構造として、分子軌道法による遷移状態構造最適化計算(TS最適化計算)又はその遷移状態最適化構造を再現し得る近似計算を行う工程。 (b工程) 前記a工程の結果得られる構造が遷移状態構造であることが想定できる場合に、リボソームによるタンパク質合成系における、前記非天然アミノ酸のタンパク質への導入適性が高いと判断する工程。
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アフリカ広域知的所有権機関(ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
ユーラシア特許庁(EAPO) (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
欧州特許庁(EPO) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
アフリカ知的所有権機関(OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
国際公開言語: 日本語 (JA)
国際出願言語: 日本語 (JA)