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1. (WO2018227030) NEOANTIGEN IDENTIFICATION, MANUFACTURE, AND USE
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国際公開番号: WO/2018/227030 国際出願番号: PCT/US2018/036571
国際公開日: 13.12.2018 国際出願日: 08.06.2018
IPC:
G06F 19/22 (2011.01) ,A61K 39/00 (2006.01) ,A61K 38/10 (2006.01) ,A61K 35/15 (2015.01) ,C07K 7/08 (2006.01)
G 物理学
06
計算;計数
F
電気的デジタルデータ処理
19
特定の用途に特に適合したデジタル計算またはデータ処理の装置または方法
10
バイオインフォマティクス,すなわち計算分子生物学において遺伝子または蛋白質関連データの処理を行うための方法またはシステム
22
核酸またはアミノ酸の配列比較に関するもの,例.ホモロジー検索,モチーフまたはSNP発見,配列アラインメント
A 生活必需品
61
医学または獣医学;衛生学
K
医薬用,歯科用又は化粧用製剤
39
抗原または抗体を含有する医薬品製剤
A 生活必需品
61
医学または獣医学;衛生学
K
医薬用,歯科用又は化粧用製剤
38
ペプチドを含有する医療製剤
04
完全に確定した配列中にの,20以下のアミノ酸をもつペプチド;その誘導体
10
12~20のアミノ酸をもつペプチド
[IPC code unknown for A61K 35/15]
C 化学;冶金
07
有機化学
K
ペプチド
7
確定された配列をもつ,5から20個のアミノ酸を含有するペプチド;その誘導体
04
ペプチド結合のみを含有する鎖状ペプチド
08
アミノ酸を12から20個含有するもの
出願人:
GRITSTONE ONCOLOGY, INC. [US/US]; 5858 Horton Street, Suite 210 Emeryville, CA 94608, US
発明者:
BULIK-SULLIVAN, Brendan; US
YELENSKY, Roman; US
BUSBY, Jennifer; US
DERTI, Adnan; US
代理人:
WHITEHEAD, Andrew, P.; US
KINCH, Mark; US
KABLER, Kevin; US
HUBL, Susan, T.; US
HURT, Nicholas; US
優先権情報:
62/517,78609.06.2017US
発明の名称: (EN) NEOANTIGEN IDENTIFICATION, MANUFACTURE, AND USE
(FR) IDENTIFICATION, PRODUCTION ET UTILISATION DE NÉO-ANTIGÈNES
要約:
(EN) Disclosed herein is a system and methods for determining the alleles, neoantigens, and vaccine composition as determined on the basis of an individual's tumor mutations. Also disclosed are systems and methods for obtaining high quality sequencing data from a tumor. Further, described herein are systems and methods for identifying somatic changes in polymorphic genome data. Further, described herein are systems and methods for selecting a subset of patients for treatment. A utility score indicating an estimated number of neoantigens presented on the surface of tumor cells is determined for each patient based on one or more neoantigen candidates identified for the patient. The subset of patients are selected based on the determined utility scores. The selected subset of patients can receive treatment, such as neoantigen vaccines or checkpoint inhibitor therapy. Finally, described herein are unique cancer vaccines.
(FR) L'invention concerne un système et des procédés pour déterminer des allèles, des néo-antigènes et une composition de vaccin tels que déterminés sur la base de mutations tumorales d'un individu. L'invention concerne également des systèmes et des procédés permettant d'obtenir des données de séquençage de haute qualité à partir d'une tumeur. En outre, la présente invention concerne des systèmes et des procédés pour identifier des changements somatiques dans les données génomiques polymorphiques. En outre, l'invention concerne des systèmes et des procédés pour sélectionner un sous-ensemble de patients pour un traitement. Un score d'utilité indiquant un nombre estimé de néo-antigènes présents sur la surface de cellules tumorales est déterminé pour chaque patient sur la base d'un ou de plusieurs néo-antigènes candidats identifiés pour le patient. Le sous-ensemble de patients est sélectionné sur la base des scores d'utilité déterminés. Le sous-ensemble sélectionné de patients peut recevoir un traitement, tel qu'un vaccin à néo-antigène ou une thérapie par inhibiteur de point de contrôle. L'invention concerne enfin des vaccins anticancéreux uniques.
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指定国: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
アフリカ広域知的所有権機関(ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
ユーラシア特許庁(EAPO) (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
欧州特許庁(EPO) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
アフリカ知的所有権機関(OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
国際公開言語: 英語 (EN)
国際出願言語: 英語 (EN)