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1. WO2014126213 - 類似判断の候補配列情報の選択装置、選択方法、およびそれらの用途

公開番号 WO/2014/126213
公開日 21.08.2014
国際出願番号 PCT/JP2014/053516
国際出願日 14.02.2014
IPC
G06F 19/22 2011.01
G物理学
06計算;計数
F電気的デジタルデータ処理
19特定の用途に特に適合したデジタル計算またはデータ処理の装置または方法
10バイオインフォマティクス,すなわち計算分子生物学において遺伝子または蛋白質関連データの処理を行うための方法またはシステム
22核酸またはアミノ酸の配列比較に関するもの,例.ホモロジー検索,モチーフまたはSNP発見,配列アラインメント
C12N 15/115 2010.01
C化学;冶金
12生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学
N微生物または酵素;その組成物;微生物の増殖,保存,維持;突然変異または遺伝子工学;培地
15突然変異または遺伝子工学;遺伝子工学に関するDNAまたはRNA,ベクター,例.プラスミド,またはその分離,製造または精製;そのための宿主の使用
09組換えDNA技術
11DNAまたはRNAフラグメント;その修飾物
115アプタマー,すなわち,ハイブリダイズ以外の手段で,特異的にかつ高親和性で標的分子に結合する核酸
CPC
C12N 15/111
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
15Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
09Recombinant DNA-technology
11DNA or RNA fragments; Modified forms thereof
111General methods applicable to biologically active non-coding nucleic acids
C12N 2320/13
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
2320Applications; Uses
10in screening processes
13in a process of directed evolution, e.g. SELEX, acquiring a new function
G06F 16/35
GPHYSICS
06COMPUTING; CALCULATING; COUNTING
FELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
16Information retrieval; Database structures therefor; File system structures therefor
30of unstructured textual data
35Clustering; Classification
G16B 30/00
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
30ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
出願人
  • NECソリューションイノベータ株式会社 NEC SOLUTION INNOVATORS, LTD. [JP]/[JP]
発明者
  • 秋冨 穣 AKITOMI Jou
  • 堀井 克紀 HORII Katsunori
代理人
  • 辻丸 光一郎 TSUJIMARU Koichiro
優先権情報
2013-02785115.02.2013JP
公開言語 (言語コード) 日本語 (JA)
出願言語 (言語コード) 日本語 (JA)
指定国 (国コード)
発明の名称
(EN) SELECTION DEVICE FOR CANDIDATE SEQUENCE INFORMATION FOR SIMILARITY DETERMINATION, SELECTION METHOD, AND USE FOR SUCH DEVICE AND METHOD
(FR) DISPOSITIF DE SÉLECTION D'INFORMATIONS DE SÉQUENCE CANDIDATE POUR DÉTERMINATION DE SIMILARITÉ, PROCÉDÉ DE SÉLECTION, ET UTILISATION D'UN TEL DISPOSITIF ET D'UN TEL PROCÉDÉ
(JA) 類似判断の候補配列情報の選択装置、選択方法、およびそれらの用途
要約
(EN)
Provided is a device for easily determining the similarities between sequence information items. This candidate selection device (10) is provided with an input means (11), a sequence storage section (121), a degree of similarity storage section (122), a candidate sequence storage section (123), a degree of similarity calculation means (131), a candidate sequence selection means (132), and an output means (14). The input means (11) inputs information on sequence groups and virtual sequence groups. The degree of similarity calculation means (131) selects from the sequence groups a comparison source and a comparison destination, and calculates the difference in frequency of the virtual sequences with respect to a comparison source sequence and a comparison destination sequence, as a degree of similarity of the comparison destination sequence with respect to the comparison source sequence. In a case where the degree of similarity of the comparison destination sequence with respect to the comparison source sequence fulfills the allowable conditions of the degree of similarity set to the virtual sequence group, the candidate sequence selection means (132) selects the comparison source sequence and the comparison destination sequence as a candidate sequence group for determining the similarities between sequences. For the candidate sequence group, by determining the similarities between sequences, one sequence and a sequence similar thereto are selected as a similar sequence information group.
(FR)
L'invention porte sur un dispositif permettant de déterminer facilement les similarités entre des éléments d'informations de séquence. Ce dispositif de sélection de candidate (10) comprend un moyen d'entrée (11), une section de stockage de séquence (121), une section de stockage de degré de similarité (122), une section de stockage de séquence candidate (123), un moyen de calcul de degré de similarité (131), un moyen de sélection de séquence candidate (132) et un moyen de sortie (14). Le moyen d'entrée (11) introduit des informations sur des groupes de séquences et des groupes de séquences virtuelles. Le moyen de calcul de degré de similarité (131) sélectionne parmi les groupes de séquences une source de comparaison et une destination de comparaison, et calcule la différence de fréquence des séquences virtuelles relativement à une séquence source de comparaison et une séquence destination de comparaison, à titre de degré de similarité de la séquence destination de comparaison relativement à la séquence source de comparaison. Dans le cas où le degré de similarité de la séquence destination de comparaison relativement à la séquence source de comparaison satisfait des conditions admissibles du degré de similarité établies pour le groupe de séquences virtuelles, le moyen de sélection de séquence candidate (132) sélectionne la séquence source de comparaison et la séquence destination de comparaison à titre de groupe de séquences candidates pour déterminer les similarités entre séquences. Pour le groupe de séquences candidates, par détermination des similarités entre séquences, une séquence et une séquence similaire à elle sont sélectionnées à titre de groupe d'informations de séquences similaires.
(JA)
配列情報間の類似を、容易に判断するための装置を提供する。本発明の候補選択装置10は、入力手段11、配列記憶部121、類似度記憶部122、候補配列記憶部123、類似度計算手段131、候補配列選択手段132、出力手段14を備える。入力手段11は、配列群および仮想配列群の情報を入力し、類似度計算手段131は、前記配列群から比較元と比較先とを選択し、比較元配列と前記比較先配列との前記各仮想配列の頻度の相違を、前記比較元配列に対する前記比較先配列の類似度として計算する。候補配列選択手段132は、前記比較元配列に対する前記比較先配列の類似度が、前記仮想配列群に設定した類似度の許容条件を満たす場合、前記比較元配列および前記比較先配列を、配列間の類似を判断する候補配列群として選択する。前記候補配列群について、配列間の類似を判断することにより、ある配列とこれに類似する配列とを類似配列情報群として選択する。
国際事務局に記録されている最新の書誌情報