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1. (WO2012002549) 予測装置、予測方法、プログラムおよび記録媒体
国際事務局に記録されている最新の書誌情報

国際公開番号: WO/2012/002549 国際出願番号: PCT/JP2011/065232
国際公開日: 05.01.2012 国際出願日: 02.07.2011
IPC:
C12M 1/34 (2006.01) ,C12M 1/00 (2006.01) ,C12N 15/115 (2010.01) ,C12Q 1/68 (2006.01)
C 化学;冶金
12
生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学
M
酵素学または微生物学のための装置
1
酵素学または微生物学のための装置
34
状態の測定または検出手段をもって測定または試験を行なうもの,例.コロニー計数器
C 化学;冶金
12
生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学
M
酵素学または微生物学のための装置
1
酵素学または微生物学のための装置
C 化学;冶金
12
生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学
N
微生物または酵素;その組成物;微生物の増殖,保存,維持;突然変異または遺伝子工学;培地
15
突然変異または遺伝子工学;遺伝子工学に関するDNAまたはRNA,ベクター,例.プラスミド,またはその分離,製造または精製;そのための宿主の使用
09
組換えDNA技術
11
DNAまたはRNAフラグメント;その修飾物
115
アプタマー、すなわち、ハイブリダイズ以外の手段で、特異的にかつ高親和性で標的分子に結合する核酸
C 化学;冶金
12
生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学
Q
酵素または微生物を含む測定または試験方法そのための組成物または試験紙;その組成物を調製する方法;微生物学的または酵素学的方法における状態応答制御
1
酵素または微生物を含む測定または試験方法;そのための組成物;そのような組成物の製造方法
68
核酸を含むもの
出願人:
NECソフト株式会社 NEC Soft, Ltd. [JP/JP]; 東京都江東区新木場一丁目18番7号 18-7, Shinkiba 1-chome, Koto-ku, Tokyo 1368627, JP (AllExceptUS)
地方独立行政法人神奈川県立病院機構 KANAGAWA PREFECTURAL HOSPITAL ORGANIZATION [JP/JP]; 神奈川県横浜市中区本町1-2 1-2, Honcho, Naka-ku, Yokohama-shi, Kanagawa 2310005, JP (AllExceptUS)
秋冨 穣 AKITOMI Jou [JP/JP]; JP (UsOnly)
加藤 信太郎 KATOU Shintarou [JP/JP]; JP (UsOnly)
辻 祥太郎 TSUJI Shotaro [JP/JP]; JP (UsOnly)
大津 敬 OHTSU Takashi [JP/JP]; JP (UsOnly)
和賀 巌 WAGA Iwao [JP/JP]; JP (UsOnly)
発明者:
秋冨 穣 AKITOMI Jou; JP
加藤 信太郎 KATOU Shintarou; JP
辻 祥太郎 TSUJI Shotaro; JP
大津 敬 OHTSU Takashi; JP
和賀 巌 WAGA Iwao; JP
代理人:
辻丸 光一郎 TSUJIMARU Koichiro; 京都府京都市下京区中堂寺南町134 京都リサーチパーク1号館301号室 301, Bldg. 1, Kyoto Research Park, 134, Chudoji Minami-machi, Shimogyo-ku, Kyoto-shi, Kyoto 6008813, JP
優先権情報:
2010-15202002.07.2010JP
発明の名称: (EN) PREDICTION DEVICE, PREDICTION METHOD, PROGRAM, AND RECORDING MEDIUM
(FR) DISPOSITIF DE PRÉVISION, PROCÉDÉ DE PRÉVISION, PROGRAMME ET SUPPORT D'ENREGISTREMENT
(JA) 予測装置、予測方法、プログラムおよび記録媒体
要約:
(EN) Provided are a prediction device, prediction method, program, and recording medium with which it is possible to easily predict whether or not a target aptamer sequence is enriched. A prediction device (10) comprises an input means (11), a calculation means (12), and a prediction means (13). The input means (11) inputs the sequence of a control aptamer sequence group that contains a control aptamer sequence and an aptamer sequence group to be compared that contains a selected aptamer of a pool to be compared. The calculation means (12) calculates the free energy of the aptamer sequence group to be compared and the control aptamer sequence group. The prediction means (13) compares the free energy of the two sequence groups and predicts that the pool to be compared is an enriched pool if the free energy of the aptamer sequence group to be compared is lower than that of the control aptamer sequence group. The control aptamer sequence group is a candidate aptamer sequence group containing multiple candidate aptamer sequences or a hypothetical aptamer sequence group derived from the aptamer sequence group to be compared containing hypothetical aptamer sequences of the same base composition as the aptamer sequence group to be compared.
(FR) L'invention concerne un dispositif de prévision, un procédé de prévision, un programme et un support d'enregistrement avec lesquels il est possible de prévoir facilement s'il y a eu ou non enrichissement d'une séquence d'aptamère cible. Un dispositif de prévision (10) comprend un moyen d'entrée (11), un moyen de calcul (12) et un moyen de prévision (13). Le moyen d'entrée (11) entre la séquence d'un groupe de séquences d'aptamère témoin qui contient une séquence d'aptamère témoin et d'un groupe de séquences d'aptamère à comparer qui contient un aptamère sélectionné d'un pool à comparer. Le moyen de calcul (12) calcule l'énergie libre du groupe de séquences d'aptamère à comparer et du groupe de séquences d'aptamère témoin. Le moyen de prévision (13) compare l'énergie libre des deux groupes de séquences et prévoit que le pool à comparer est un pool enrichi si l'énergie libre du groupe de séquences d'aptamère à comparer est inférieure à celle du groupe de séquences d'aptamère témoin. Le groupe de séquences d'aptamère témoin est un groupe de séquences d'aptamère candidat contenant de multiples séquences d'aptamère candidat ou un groupe de séquences d'aptamère hypothétique dérivé du groupe de séquences d'aptamère à comparer contenant des séquences d'aptamère hypothétique de même composition de bases que le groupe de séquences d'aptamère à comparer.
(JA)  容易に目的アプタマー配列の濃縮の有無を予測できる予測装置、予測方法、プログラムおよび記録媒体を提供する。 本発明の予測装置10は、入力手段11と算出手段12と予測手段13とを備える。入力手段11は、被対照プールの選択アプタマーを含む被対照アプタマー配列群と対照アプタマー配列を含む対照アプタマー配列群の配列を入力し、算出手段12は、被対照アプタマー配列群および対照アプタマー配列群の自由エネルギーを算出し、予測手段13は、前記両配列群の自由エネルギーを比較し、被対照アプタマー配列群の自由エネルギーが対照アプタマー配列群よりも低い場合に、被対照プールを濃縮されたプールと予測する。対照アプタマー配列群は、複数の候補アプタマー配列を含む候補アプタマー配列群、または被対照アプタマー配列群と同じ塩基組成の仮想アプタマー配列を含む、被対照アプタマー配列群由来の仮想アプタマー配列群である。
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指定国: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PE, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
アフリカ広域知的所有権機関(ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
ユーラシア特許庁(EAPO) (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
欧州特許庁(EPO) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
アフリカ知的所有権機関(OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
国際公開言語: 日本語 (JA)
国際出願言語: 日本語 (JA)
また、:
US20130102480EP2589653JPWO2012002549AU2011272235