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1. (WO2009128526) リボ核酸同定装置、リボ核酸同定方法、プログラムおよびリボ核酸同定システム
国際事務局に記録されている最新の書誌情報   

Translation翻訳: 原文 > 日本語
国際公開番号:    WO/2009/128526    国際出願番号:    PCT/JP2009/057739
国際公開日: 22.10.2009 国際出願日: 17.04.2009
IPC:
C12N 15/09 (2006.01), C12M 1/00 (2006.01), C12Q 1/68 (2006.01)
出願人: RIKEN [JP/JP]; 2-1, Hirosawa, Wako-shi, Saitama, 3510198 (JP) (米国を除く全ての指定国).
TOKYO METROPOLITAN UNIVERSITY [JP/JP]; 2-8-1, Nishi-Shinjuku, Shinjuku-ku, Tokyo, 1638001 (JP) (米国を除く全ての指定国).
National University Corporation Tokyo University of Agriculture and Technology [JP/JP]; 3-8-1, Harumi-cho, Fuchu-shi, Tokyo, 1838538 (JP) (米国を除く全ての指定国).
NAKAYAMA, Hiroshi [JP/JP]; (JP) (米国のみ).
AKIYAMA, Misaki [JP/JP]; (JP) (米国のみ).
ISOBE, Toshiaki [JP/JP]; (JP) (米国のみ).
TAOKA, Masato [JP/JP]; (JP) (米国のみ).
YAMAUCHI, Yoshio [JP/JP]; (JP) (米国のみ).
TAKAHASHI, Nobuhiro [JP/JP]; (JP) (米国のみ).
ISHIKAWA, Hideaki [JP/JP]; (JP) (米国のみ)
発明者: NAKAYAMA, Hiroshi; (JP).
AKIYAMA, Misaki; (JP).
ISOBE, Toshiaki; (JP).
TAOKA, Masato; (JP).
YAMAUCHI, Yoshio; (JP).
TAKAHASHI, Nobuhiro; (JP).
ISHIKAWA, Hideaki; (JP)
代理人: SAKAI, Hiroaki; Sakai International Patent Office, Kasumigaseki Building, 2-5, Kasumigaseki 3-chome, Chiyoda-ku, Tokyo, 1006020 (JP)
優先権情報:
2008-108369 17.04.2008 JP
発明の名称: (EN) APPARATUS FOR THE IDENTIFICATION OF RIBONUCLEIC ACID, METHOD FOR THE IDENTIFICATION OF RIBONUCLEIC ACID AND PROGRAM AND SYSTEM FOR THE IDENTIFICATION OF RIBONUCLEIC ACID
(FR) APPAREIL POUR IDENTIFIER L’ACIDE RIBONUCLÉIQUE, MÉTHODE D’IDENTIFICATION DE L’ACIDE RIBONUCLÉIQUE AINSI QUE PROGRAMME ET SYSTÈME POUR IDENTIFIER L’ACIDE RIBONUCLÉIQUE
(JA) リボ核酸同定装置、リボ核酸同定方法、プログラムおよびリボ核酸同定システム
要約: front page image
(EN)Disclosed are an apparatus for the identification of a ribonucleic acid, whereby not only the molecular weights of digestion products, from which nothing but the nucleic acid residue composition can be understood, but also nucleic acid residue sequence data is obtained from a product ion mass set and thus the identification reliability for the individual digestion products can be remarkably improved; a method for the identification of a ribonucleic acid; and a program and system for the identification of a ribonucleic acid. The method as described above comprises: searching for nucleic acid sequence database by using a fragment mass set indicating the molecular weights and inner structural data of individual oligonucleotides that are obtained by tandem mass spectrometry on digested oligonucleotides formed by chemically or enzymatically cleaving a ribonucleic acid; scoring candidate sequences; among candidate sequences showing the highest scores, referring those showing scores exceeding the threshold as identified sequences; and using these identified sequences in mapping on nucleic acid sequence database including genomic sequences.
(FR)La présente invention concerne un appareil pour identifier l’acide ribonucléique avec lequel on obtient, à partir d’un appareil pour déterminer la masse des ions fils, non seulement les masses moléculaires des produits de digestion, à partir desquelles on ne peut comprendre que la composition des acides nucléiques, mais aussi les données relatives aux séquences d’acides nucléiques et ainsi, on peut remarquablement améliorer la fiabilité d’identification des produits de digestion individuels. L’invention concerne également l’identification de l’acide ribonucléique ainsi qu’un programme et un système pour identifier l’acide ribonucléique. La méthode telle qu’elle est décrite ci-dessus comprend la recherche d’une base de données des séquences d’acides nucléiques en utilisant un appareil déterminant la masse des fragments indiquant les masses moléculaires et les données structurales internes des oligonucléotides individuels que l’on obtient par spectrométrie de masse en tandem effectuée sur des oligonucléotides digérés formés par clivage chimique ou enzymatique de l’acide ribonucléique, le référencement des séquences candidates parmi celles qui ont les scores plus élevés, le référencement des séquences présentant des scores dépassant le seuil comme étant des séquences identifiées et l’utilisation de ces séquences identifiées pour une cartographie sur des bases de données des séquences d’acides nucléiques comprenant des séquences génomiques.
(JA)核酸残基組成しか与えない消化物分子量だけでなく、プロダクトイオン質量のセットから核酸残基配列情報を得ることにより、個々の消化物の同定信頼性を飛躍的に高めることができるリボ核酸同定装置、リボ核酸同定方法、プログラムおよびリボ核酸同定システムを提供することを課題とする。本発明は、リボ核酸の化学的または酵素的切断により生じた消化オリゴヌクレオチドのタンデム質量分析により得られる、各オリゴヌクレオチドの分子量および内部構造情報を表す断片質量セットを用いて核酸配列データベースを検索し、候補配列に得点を与え、最も高い得点を得た候補配列のうち得点が閾値を越えたものを同定配列とし、得られた同定配列を用いてゲノム配列を含む核酸配列データベースにマッピングする。
指定国: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
アフリカ広域知的所有権機関(ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
ユーラシア特許庁(EAPO) (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
欧州特許庁(EPO) (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
アフリカ知的所有権機関(OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
国際公開言語: Japanese (JA)
国際出願言語: Japanese (JA)