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1. (WO2008136210) ハプロタイプ推定装置、および、プログラム
国際事務局に記録されている最新の書誌情報   

Translation翻訳: 原文 > 日本語
国際公開番号:    WO/2008/136210    国際出願番号:    PCT/JP2008/053567
国際公開日: 13.11.2008 国際出願日: 28.02.2008
IPC:
G06F 19/18 (2011.01)
出願人: RIKEN [JP/JP]; 2-1, Hirosawa, Wako-shi, Saitama 3510198 (JP) (米国を除く全ての指定国).
KATO, Mamoru [JP/JP]; (JP) (米国のみ)
発明者: KATO, Mamoru; (JP)
代理人: SAKAI, Hiroaki; Sakai International Patent Office, Kasumigaseki Building, 2-5, Kasumigaseki 3-chome, Chiyoda-ku, Tokyo 1006020 (JP)
優先権情報:
2007-117744 26.04.2007 JP
2007-237139 12.09.2007 JP
発明の名称: (EN) HAPLOTYPE ESTIMATING DEVICE AND PROGRAM
(FR) DISPOSITIF ET PROGRAMME D'ESTIMATION D'HAPLOTYPE
(JA) ハプロタイプ推定装置、および、プログラム
要約: front page image
(EN)The count of the polymorphic bases associated with the marker regions specified by the marker on a copy unit of each individual is stored for each polymorphic base. The sum of the counts is calculated for each marker region, and the maximum number is determined. Polymorphic identification characters as many as the count of the polymorphic bases are enumerated. A given character string where the copy unit is repeated the same number of times as the maximum number is re-arranged to produce a new character string. The new character sting is divided into two strings containing given copy units and the two strings are stored as a combination of haplotype character strings. The total number of the same haplotype character string in a group is calculated. The frequency of the haplotype character string in the group is determined. The combination of the haplotypes of each individual the frequencies of which satisfy a predetermined condition is estimated as the combination of haplotypes.
(FR)Le décompte de bases polymorphes associées aux régions de marqueurs spécifiées par le marqueur sur une unité de copie de chaque individu est stocké pour chaque base polymorphe. La somme des décomptes est calculée pour chaque région de marqueur, et le nombre maximum est déterminé. Autant de caractères d'identification polymorphes que de bases polymorphes sont énumérés. Une chaîne de caractères donnée dans laquelle l'unité de copie est répétée le même nombre de fois que le nombre maximum est réordonnée pour produire une nouvelle chaîne de caractères. La nouvelle chaîne de caractères est divisée en deux chaînes contenant des unités de copie données et les deux chaînes sont stockées en tant que combinaison de chaînes de caractères d'haplotype. Le nombre total de la même chaîne de caractères d'haplotype dans un groupe est calculé. La fréquence de la chaîne de caractères d'haplotype dans le groupe est déterminée. La combinaison des haplotypes de chaque individu dont les fréquences répondent à une condition prédéterminée est estimée en tant que combinaison d'haplotypes.
(JA) 本発明は、個体毎に、コピー単位上の標識によって特定されるマーカー部位に対応付けられた多型塩基をカウントしたカウント数を多型塩基の種類毎に記憶し、マーカー部位毎にカウント数の和を集計し最大値を求め、多型識別文字を当該多型塩基のカウント数列挙し、コピー単位が最大値の回数繰り返される任意の文字列を並び替えて作成し、文字列を任意のコピー単位で2分し、ハプロタイプ文字列の組合せとして格納し、集団において、同一であるハプロタイプ文字列の数を集計し、当該ハプロタイプ文字列の集団における頻度を求め、当該頻度が所定の条件を満たす各個体のハプロタイプ文字列の組合せを、ハプロタイプの組合せとして推定する。
指定国: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, SV, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
アフリカ広域知的所有権機関(ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
ユーラシア特許庁(EAPO) (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
欧州特許庁(EPO) (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MT, NL, NO, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
アフリカ知的所有権機関(OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
国際公開言語: Japanese (JA)
国際出願言語: Japanese (JA)