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1. (WO2007116787) RNAの二次構造予測方法、予測装置及び予測プログラム
国際事務局に記録されている最新の書誌情報   

Translation翻訳: 原文 > 日本語
国際公開番号:    WO/2007/116787    国際出願番号:    PCT/JP2007/056618
国際公開日: 18.10.2007 国際出願日: 28.03.2007
IPC:
G06F 19/16 (2011.01), G06Q 10/00 (2006.01), C12N 15/09 (2006.01), G06F 19/22 (2011.01)
出願人: NEC Soft, Ltd. [JP/JP]; 18-7, Shinkiba 1-chome, Koto-ku, Tokyo 1360082 (JP) (米国を除く全ての指定国).
AKITOMI, Jou [JP/JP]; (JP) (米国のみ)
発明者: AKITOMI, Jou; (JP)
代理人: YAMASHITA, Johei; YAMASHITA & ASSOCIATES Toranomon 40th MT Bldg., 13-1 Toranomon 5-chome, Minato-ku Tokyo 1050001 (JP)
優先権情報:
2006-088599 28.03.2006 JP
発明の名称: (EN) METHOD OF PREDICTING THE SECONDARY STRUCTURE OF RNA, PREDICTION APPARATUS AND PREDICTION PROGRAM
(FR) PROCEDE DE PREVISION DE STRUCTURE SECONDAIRE D'ARN, APPAREIL DE PREVISION ET PROGRAMME DE PREVISION
(JA) RNAの二次構造予測方法、予測装置及び予測プログラム
要約: front page image
(EN)It is intended to provide a method of predicting the secondary structure of an RNA whereby the secondary structure of an RNA, the secondary structure of which has been hardly predicted so far (for example, a pseudonot structure), can be predicted and an apparatus for predicting the secondary structure of an RNA by using this prediction method. The above method of predicting the secondary structure of an RNA is characterized by comprising: the step of searching for bases capable of constituting a stem structure in the subject RNA sequence; the step of setting candidates for the stem structure based on the free energy of each of the bases constituting the stem structure; the step of determining an identified stem structure from among the stem structure candidates; the step of searching for the sequential state of the RNA sequence based on the base data of the identified stem structure as described above; the step of computing the sequential energy of each of the bases constituting the RNA sequence based on the sequential structure state as described above; and the step of setting an additional stem structure candidate as a newly identified stem structure based on the sequential energy state of the secondary structure of the RNA sequence, which reflects the identified stem structure as described above, and the sequential energy state of the new secondary structure in which the above secondary structure reflects an additional candidate for the stem structure selected from among the above-described stem structure candidates.
(FR)La présente invention concerne un procédé de prévision de structure secondaire d'ARN qui permet de prévoir la structure secondaire d'un ARN, structure qui a rarement été prévue jusqu'à aujourd'hui (par exemple, une structure avec des pseudo-nœuds), et un appareil permettant de prévoir la structure secondaire d'un ARN grâce au présent procédé de prévision. Le procédé de prévision de structure secondaire d'ARN susmentionné se caractérise en ce qu'il comprend : l'étape consistant à chercher des bases capables de constituer une structure de type tige dans la séquence d'ARN sujet; l'étape consistant à établir les candidats pour la structure de type tige en s'appuyant sur l'énergie libre de chaque base composant la structure de type tige; l'étape consistant à déterminer une structure de type tige identifiée parmi les structures candidates de type tige; l'étape consistant à chercher l'état séquentiel de la séquence d'ARN à partir de la base de données de la structure de type tige identifiée, telle que mentionnée précédemment; l'étape consistant à calculer l'énergie séquentielle de chaque base composant la séquence d'ARN en s'appuyant sur l'état de la structure séquentielle, tel que mentionné précédemment; et l'étape consistant à établir une structure candidate de type tige supplémentaire en tant que nouvelle structure de type tige récemment identifiée à partir de l'état d'énergie séquentielle de la structure secondaire de la séquence d'ARN, qui correspond à la structure de type tige identifiée telle que mentionnée ci-dessus, et l'état d'énergie séquentielle de la nouvelle structure secondaire dans laquelle la structure secondaire précédente correspond à un candidat supplémentaire pour la structure de type tige sélectionnée parmi les structures candidates de type tige susmentionnées.
(JA) シュードノット構造など二次構造の予測が困難であった二次構造の予測を行い得るRNAの二次構造予測方法及びこの予測方法を用いたRNAの二次構造予測装置を提供する。本発明によるRNAの二次構造予測方法は、対象となるRNA配列のうちステム構造を形成し得る塩基を探索する工程と、前記ステム構造を構成する各塩基の自由エネルギーに基づいて、ステム構造候補を設定する工程と、前記ステム構造候補から確定ステム構造を設定する工程と、前記確定ステム構造の塩基情報に基づいて、前記RNA配列の配列構造状態を調査する工程と、前記配列構造状態に基づいて、前記RNA配列を構成する各塩基の配列エネルギー状態を計算する工程と、前記確定ステム構造を反映した前記RNA配列の二次構造の配列エネルギー状態と、前記ステム構造候補から選択した追加ステム構造候補を該二次構造に反映した新たな二次構造の配列エネルギー状態とに基づいて、該追加ステム構造候補を新たな確定ステム構造と設定する工程と、 を有することを特徴とする。
指定国: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, SV, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
アフリカ広域知的所有権機関(ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
ユーラシア特許庁(EAPO) (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
欧州特許庁(EPO) (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MT, NL, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
アフリカ知的所有権機関(OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
国際公開言語: Japanese (JA)
国際出願言語: Japanese (JA)