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1. WO2007102578 - 塩基配列設計方法

公開番号 WO/2007/102578
公開日 13.09.2007
国際出願番号 PCT/JP2007/054530
国際出願日 08.03.2007
IPC
C12N 15/00 2006.01
C化学;冶金
12生化学;ビール;酒精;ぶどう酒;酢;微生物学;酵素学;突然変異または遺伝子工学
N微生物または酵素;その組成物;微生物の増殖,保存,維持;突然変異または遺伝子工学;培地
15突然変異または遺伝子工学;遺伝子工学に関するDNAまたはRNA,ベクター,例.プラスミド,またはその分離,製造または精製;そのための宿主の使用
G06F 19/20 2011.01
G物理学
06計算;計数
F電気的デジタルデータ処理
19特定の用途に特に適合したデジタル計算またはデータ処理の装置または方法
10バイオインフォマティクス,すなわち計算分子生物学において遺伝子または蛋白質関連データの処理を行うための方法またはシステム
20ハイブリダイゼーションまたは遺伝子発現に関するもの,例.マイクロアレイ,ハイブリダイゼーションによる配列決定,正規化,プロファイリング,ノイズ修正モデル,発現比率見積もり,プローブの設計・最適化
G06F 19/24 2011.01
G物理学
06計算;計数
F電気的デジタルデータ処理
19特定の用途に特に適合したデジタル計算またはデータ処理の装置または方法
10バイオインフォマティクス,すなわち計算分子生物学において遺伝子または蛋白質関連データの処理を行うための方法またはシステム
24機械学習,データマイニングまたは生物統計学に関するもの,例.パターン検出,知識発見,ルール抽出,相関,クラスタリング,分類
CPC
C12N 15/1089
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
15Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
09Recombinant DNA-technology
10Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
1034Isolating an individual clone by screening libraries
1089Design, preparation, screening or analysis of libraries using computer algorithms
C12N 15/67
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
15Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
09Recombinant DNA-technology
63Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
67General methods for enhancing the expression
G16B 25/00
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
25ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
G16B 40/00
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
40ICT specially adapted for biostatistics; ICT specially adapted for bioinformatics-related machine learning or data mining, e.g. knowledge discovery or pattern finding
出願人
  • 学校法人慶應義塾 KEIO UNIVERSITY [JP/JP]; 〒1088345 東京都港区三田2丁目15番45号 Tokyo 15-45, Mita 2-chome, Minato-ku, Tokyo 1088345, JP (AllExceptUS)
  • 宮本 憲二 MIYAMOTO, Kenji [JP/JP]; JP (UsOnly)
  • 榊原 康文 SAKAKIBARA, Yasufumi [JP/JP]; JP (UsOnly)
  • 太田 博道 OHTA, Hiromichi [JP/JP]; JP (UsOnly)
発明者
  • 宮本 憲二 MIYAMOTO, Kenji; JP
  • 榊原 康文 SAKAKIBARA, Yasufumi; JP
  • 太田 博道 OHTA, Hiromichi; JP
代理人
  • 一色国際特許業務法人 ISSHIKI & CO.; 〒1050004 東京都港区新橋2丁目12番7号 労金新橋ビル Tokyo Rookin-Shinbashi Bldg., 12-7, Shinbashi 2-chome, Minato-ku, Tokyo 1050004, JP
優先権情報
2006-06481609.03.2006JP
公開言語 (言語コード) 日本語 (JA)
出願言語 (言語コード) 日本語 (JA)
指定国 (国コード)
発明の名称
(EN) METHOD OF DESIGNING BASE SEQUENCE
(FR) PROCÉDÉ DE CONCEPTION D'UNE SÉQUENCE DE BASES
(JA) 塩基配列設計方法
要約
(EN)
It is intended to provide a method of designing the base sequence of a gene whereby a high expression level can be achieved in expressing the gene with the use of a definite expression system. According to this method, a gene pool of an organism species from which the expression system originates is employed as the learning data and the regularity in the codon sequences in the learning data is calculated by using a hidden Markov model. Then, the codon sequence of a gene to be expressed by using the definite expression system is determined by applying to the above-described regularity.
(FR)
L'invention concerne un procédé permettant de concevoir la séquence de bases d'un gène au moyen de laquelle un haut niveau d'expression peut être atteint en exprimant le gène à l'aide d'un système d'expression défini. Suivant ce procédé, un pool génique d'une espèce d'organisme dont provient le système d'expression est utilisé comme données d'apprentissage et la régularité des séquences de codons dans les données d'apprentissage est calculée en utilisant un modèle de Markov caché. Ensuite, la séquence de codons d'un gène à exprimer en utilisant le système d'expression défini est déterminée en appliquant la régularité décrite ci-dessus.
(JA)
 本発明は、所定の翻訳系を用いて遺伝子を発現させるとき、高い発現レベルが得ることができる、遺伝子の塩基配列設計方法を提供することを目的としてなされた。本発明にかかる方法によると、その翻訳系が由来する生物種の遺伝子プールを学習データとし、隠れマルコフモデルを用いて、学習データにおけるコドン配列の規則性を計算し、所定の翻訳系を用いて発現させる遺伝子のコドン配列を、その規則性に適合させて決定する。
他の公開
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