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1. (WO2007097213) RNA配列情報処理装置
国際事務局に記録されている最新の書誌情報   

Translation翻訳: 原文 > 日本語
国際公開番号:    WO/2007/097213    国際出願番号:    PCT/JP2007/052369
国際公開日: 30.08.2007 国際出願日: 09.02.2007
IPC:
C12N 15/09 (2006.01), G06F 19/00 (2011.01), G06F 19/16 (2011.01)
出願人: National Institute of Advanced Industrial Science and Technology [JP/JP]; 3-1, Kasumigaseki 1-chome, Chiyoda-ku, Tokyo 1008921 (JP) (米国を除く全ての指定国).
Mizuho Information Research Institute, Inc. [JP/JP]; 2-3, Kanda-Nishikicho, Chiyoda-ku, Tokyo 1018443 (JP) (米国を除く全ての指定国).
The University of Tokyo [JP/JP]; 3-1, Hongo 7-chome, Bunkyo-ku, Tokyo 1138654 (JP) (米国を除く全ての指定国).
TSUDA, Kouji [JP/JP]; (JP) (米国のみ).
KIN, Taishin [KR/JP]; (JP) (米国のみ).
HAMADA, Michiaki [JP/JP]; (JP) (米国のみ).
ASAI, Kiyoshi [JP/JP]; (JP) (米国のみ)
発明者: TSUDA, Kouji; (JP).
KIN, Taishin; (JP).
HAMADA, Michiaki; (JP).
ASAI, Kiyoshi; (JP)
代理人: OHNO, Seiji; OHNO & PARTNERS, Kasumigaseki Building 36F, 2-5, Kasumigaseki 3-chome, Chiyoda-ku, Tokyo 1006036 (JP)
優先権情報:
2006-049694 27.02.2006 JP
発明の名称: (EN) RNA SEQUENTIAL DATA PROCESSOR
(FR) PROCESSEUR DE DONNEES SEQUENTIELLES D'ARN
(JA) RNA配列情報処理装置
要約: front page image
(EN)It is intended to provide a novel technique of extracting a secondary structural motif from RNA sequences. From each of a plural number of RNA sequential data, a stem candidate for RNA secondary structure is extracted. By using these RNA sequential stem candidates, stem graphs are formed. The stem graphs are formed by referring a plural number of stem candidates as to peak points and connecting these points with lines. A plural number of stem graphs are analyzed corresponding to a plural number of the RNA sequences. Similar graph parts frequently appearing in these graphs are extracted as frequent patterns showing RNA secondary structure motives. The stem candidates of stem graphs are classified to thereby present classification data. By using these classification data, similar graph parts are extracted. Thus, directional graphs having labeling are appropriately formed. At the same time, hierarchical taxonomy data are formed as the classification data.
(FR)La présente invention concerne une technique innovante d'extraction d'un motif structurel secondaire à partir de séquences d'ARN. Un candidat souche pour une structure secondaire d'ARN est extrait de chaque donnée parmi plusieurs données séquentielles d'ARN. Des graphes souches sont formés à l'aide de ces candidats souches séquentiels d'ARN. Les graphes souches sont formés en prenant plusieurs candidats souches en tant que points pics et en reliant ces points par des lignes. Plusieurs graphes souches sont analysés, correspondant à plusieurs séquences d'ARN. Les parties de graphe similaires qui apparaissent fréquemment dans ces graphes sont extraites en tant que motifs fréquents révélant des motifs de structure secondaire d'ARN. Les candidats souches des graphes souches sont classés afin de fournir des données de classification. Ces données de classification sont utilisées pour extraire les parties de graphe similaires. Des graphes directionnels marqués sont ainsi formés de manière appropriée. En même temps, des données taxonomiques hiérarchiques sont formées en tant que données de classification.
(JA) RNA配列群から2次構造モチーフを抽出する新規な技術を提供する。複数のRNA配列データの各々から、RNA2次構造の複数のステム候補が抽出される。各RNA配列のステム候補を用いてステムグラフが生成される。ステムグラフは、複数のステム候補を頂点として有し、頂点間を辺で結んだグラフである。複数のRNA配列に対応する複数のステムグラフが分析される。それらステムグラフに頻出する類似した部分グラフが、RNA2次構造モチーフを表す頻出ステムパターンとして抽出される。複数のステムグラフのステム候補群が分類されて、分類データが生成される。分類データを用いて、類似する部分グラフが抽出される。ラベル付き有向グラフが好適に生成される。また、分類データとして階層的なタクソノミデータが生成される。
指定国: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, LY, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, SV, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
アフリカ広域知的所有権機関(ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
ユーラシア特許庁(EAPO) (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
欧州特許庁(EPO) (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, NL, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
アフリカ知的所有権機関(OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
国際公開言語: Japanese (JA)
国際出願言語: Japanese (JA)