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1. WO2020115269 - PROCÉDÉ ET PROGRAMME D'ORDINATEUR POUR DÉTERMINER OU MODIFIER UNE SPÉCIFICITÉ DE COFACTEUR D'UNE ENZYME CIBLE

Numéro de publication WO/2020/115269
Date de publication 11.06.2020
N° de la demande internationale PCT/EP2019/083950
Date du dépôt international 06.12.2019
CIB
G16B 15/30 2019.01
GPHYSIQUE
16TECHNOLOGIES DE L’INFORMATION ET DE LA COMMUNICATION SPÉCIALEMENT ADAPTÉES À DES DOMAINES D’APPLICATION SPÉCIFIQUES
BBIO-INFORMATIQUE, c. à d. TECHNOLOGIES DE L’INFORMATION ET DE LA COMMUNICATION SPÉCIALEMENT ADAPTÉES AU TRAITEMENT DES DONNÉES GÉNÉTIQUES OU PROTÉIQUES DANS LA BIOLOGIE MOLÉCULAIRE INFORMATIQUE
15TIC spécialement adaptées à l’analyse de structures moléculaires bidimensionnelles ou tridimensionnelles, p.ex. relations structurelles ou fonctionnelles ou alignement de structures
30Ciblage de médicament à l’aide de données structurelles; Prévision d’amarrage ou de liaison moléculaire
G16B 15/20 2019.01
GPHYSIQUE
16TECHNOLOGIES DE L’INFORMATION ET DE LA COMMUNICATION SPÉCIALEMENT ADAPTÉES À DES DOMAINES D’APPLICATION SPÉCIFIQUES
BBIO-INFORMATIQUE, c. à d. TECHNOLOGIES DE L’INFORMATION ET DE LA COMMUNICATION SPÉCIALEMENT ADAPTÉES AU TRAITEMENT DES DONNÉES GÉNÉTIQUES OU PROTÉIQUES DANS LA BIOLOGIE MOLÉCULAIRE INFORMATIQUE
15TIC spécialement adaptées à l’analyse de structures moléculaires bidimensionnelles ou tridimensionnelles, p.ex. relations structurelles ou fonctionnelles ou alignement de structures
20Repliement de protéines ou de domaines
CPC
G16B 15/20
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
15ICT specially adapted for analysing two-dimensional or three-dimensional molecular structures, e.g. structural or functional relations or structure alignment
20Protein or domain folding
G16B 15/30
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
15ICT specially adapted for analysing two-dimensional or three-dimensional molecular structures, e.g. structural or functional relations or structure alignment
30Drug targeting using structural data; Docking or binding prediction
Déposants
  • UNIVERSIDADE DO MINHO [PT]/[PT]
  • UNIVERSIDADE NOVA DE LISBOA [PT]/[PT]
Inventeurs
  • RESENDE, Tiago Filipe Coelho
  • DE ALMEIDA PEREIRA DA ROCHA, Isabel Cristina
  • SOARES, Cláudio Manuel Simões Loureiro Nunes
Mandataires
  • SCHULZ JUNGHANS PATENTANWÄLTE PARTGMBB
Données relatives à la priorité
18210751.606.12.2018EP
Langue de publication anglais (EN)
Langue de dépôt anglais (EN)
États désignés
Titre
(EN) METHOD AND COMPUTER PROGRAM FOR DETERMINING OR ALTERING A COFACTOR SPECIFICITY OF A TARGET ENZYME
(FR) PROCÉDÉ ET PROGRAMME D'ORDINATEUR POUR DÉTERMINER OU MODIFIER UNE SPÉCIFICITÉ DE COFACTEUR D'UNE ENZYME CIBLE
Abrégé
(EN)
The invention relates to a method and a computer program for determining a cofactor specificity of a target enzyme, wherein the target enzyme is expected to use one of a first cofactor and a second cofactor based on an amino-acid sequence of the target enzyme, and/or for determining an amino-acid sequence of a target enzyme variant, wherein the variant is characterized by a cofactor specificity differing from that of the target enzyme, the method comprising at least the steps of: providing an atomic structure for each of both cofactors, wherein each atomic structure comprises cofactor atoms, and wherein cofactor atoms in the atomic structures that are located at the same corresponding locations in both atomic structures are selected; providing the amino-acid sequence of the target enzyme; determining an estimated target enzyme-cofactor structure comprising information on a spatial structure of the target enzyme bound to one of the cofactors; generating an interaction matrix for the target enzyme-cofactor structure, wherein the interaction matrix comprises entries relating the selected cofactor atoms to surrounding amino-acid residues of the target enzyme; determining a cofactor specificity of the target enzyme by providing the interaction matrix, particularly the entries of the interaction matrix, to a trained classifier that is configured to classify the cofactor specificity of the target enzyme based on the provided interaction matrix to either the first or the second cofactor.
(FR)
L'invention concerne un procédé et un programme d'ordinateur pour déterminer une spécificité de cofacteur d'une enzyme cible, l'enzyme cible étant supposée utiliser l'un d'un premier cofacteur et d'un second cofacteur sur la base d'une séquence d'acides aminés de l'enzyme cible, et/ou pour déterminer une séquence d'acides aminés d'un variant d'enzyme cible, le variant étant caractérisé par une spécificité de cofacteur différente de celle de l'enzyme cible, le procédé comprenant au moins les étapes consistant à : fournir une structure atomique pour chacun des deux cofacteurs, chaque structure atomique comprenant des atomes de cofacteur, et des atomes de cofacteur dans les structures atomiques qui sont situés aux mêmes emplacements correspondants dans les deux structures atomiques étant sélectionnés ; fournir la séquence d'acides aminés de l'enzyme cible ; déterminer une structure enzyme cible-cofacteur estimée comprenant des informations sur une structure spatiale de l'enzyme cible liée à l'un des cofacteurs ; générer une matrice d'interaction pour la structure enzyme cible-cofacteur, la matrice d'interaction comprenant des entrées associant les atomes de cofacteur sélectionnés à des résidus d'acides aminés environnants de l'enzyme cible ; déterminer une spécificité de cofacteur de l'enzyme cible en fournissant la matrice d'interaction, en particulier les entrées de la matrice d'interaction, à un classificateur entraîné qui est configuré pour classifier la spécificité de cofacteur de l'enzyme cible sur la base de la matrice d'interaction fournie soit au premier cofacteur soit au second cofacteur.
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