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1. WO2020061643 - PROFILAGE D'EXPRESSION

Numéro de publication WO/2020/061643
Date de publication 02.04.2020
N° de la demande internationale PCT/AU2019/051049
Date du dépôt international 27.09.2019
CIB
G16B 25/10 2019.01
GPHYSIQUE
16TECHNOLOGIES DE L’INFORMATION ET DE LA COMMUNICATION SPÉCIALEMENT ADAPTÉES À DES DOMAINES D’APPLICATION SPÉCIFIQUES
BBIO-INFORMATIQUE, c. à d. TECHNOLOGIES DE L’INFORMATION ET DE LA COMMUNICATION SPÉCIALEMENT ADAPTÉES AU TRAITEMENT DES DONNÉES GÉNÉTIQUES OU PROTÉIQUES DANS LA BIOLOGIE MOLÉCULAIRE INFORMATIQUE
25TIC spécialement adaptées à l’hybridation; TIC spécialement adaptées à l’expression de gènes ou de protéines
10Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
G16B 20/00 2019.01
GPHYSIQUE
16TECHNOLOGIES DE L’INFORMATION ET DE LA COMMUNICATION SPÉCIALEMENT ADAPTÉES À DES DOMAINES D’APPLICATION SPÉCIFIQUES
BBIO-INFORMATIQUE, c. à d. TECHNOLOGIES DE L’INFORMATION ET DE LA COMMUNICATION SPÉCIALEMENT ADAPTÉES AU TRAITEMENT DES DONNÉES GÉNÉTIQUES OU PROTÉIQUES DANS LA BIOLOGIE MOLÉCULAIRE INFORMATIQUE
20TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
C12Q 1/68 2018.01
CCHIMIE; MÉTALLURGIE
12BIOCHIMIE; BIÈRE; SPIRITUEUX; VIN; VINAIGRE; MICROBIOLOGIE; ENZYMOLOGIE; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE
QPROCÉDÉS DE MESURE OU DE TEST FAISANT INTERVENIR DES ENZYMES, DES ACIDES NUCLÉIQUES OU DES MICRO-ORGANISMES; COMPOSITIONS OU PAPIERS RÉACTIFS À CET EFFET; PROCÉDÉS POUR PRÉPARER CES COMPOSITIONS; PROCÉDÉS DE COMMANDE SENSIBLES AUX CONDITIONS DU MILIEU DANS LES PROCÉDÉS MICROBIOLOGIQUES OU ENZYMOLOGIQUES
1Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismes; Compositions à cet effet; Procédés pour préparer ces compositions
68faisant intervenir des acides nucléiques
CPC
C12Q 1/6869
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
68involving nucleic acids
6869Methods for sequencing
C12Q 1/6883
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
68involving nucleic acids
6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
6883for diseases caused by alterations of genetic material
G01N 2800/26
GPHYSICS
01MEASURING; TESTING
NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
2800Detection or diagnosis of diseases
26Infectious diseases, e.g. generalised sepsis
G16B 20/00
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
20ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
G16B 25/10
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
25ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
10Gene or protein expression profiling; Expression-ratio estimation or normalisation
G16B 40/10
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
40ICT specially adapted for biostatistics; ICT specially adapted for bioinformatics-related machine learning or data mining, e.g. knowledge discovery or pattern finding
10Signal processing, e.g. from mass spectrometry [MS] or from PCR
Déposants
  • GARVAN INSTITUTE OF MEDICAL RESEARCH [AU]/[AU]
Inventeurs
  • BUNADI, Dennis
  • SMITH, Martin
  • FERGUSON, James
  • CARSWELL, Shaun
Mandataires
  • FB RICE PTY LTD
Données relatives à la priorité
201890365727.09.2018AU
Langue de publication anglais (EN)
Langue de dépôt anglais (EN)
États désignés
Titre
(EN) EXPRESSION PROFILING
(FR) PROFILAGE D'EXPRESSION
Abrégé
(EN)
This disclosure relates to a method for determining a state of a biological sample using streaming data from a sequencer, such as, but not limited to, diagnosing sepsis using sequencing data. A processor generates an expression profile for the sample. The expression profile comprises for each of the multiple sequences an indication of abundance of that sequence in the sample. While the processor receives further sequences for the sample, the processor updates the expression profile for the sample, performs a comparison of the expression profile for the sample to stored expression profiles to determine a matching stored expression profile, and determines the state of the sample as the state associated with the matching stored expression profile (such as sepsis). Upon determining the state of the sample, the processor terminates the receiving of the further sequences before the full sequencing data has been received.
(FR)
La présente invention concerne un procédé pour déterminer un état d'un échantillon biologique à l'aide de données de diffusion en continu provenant d'un séquenceur, par exemple, mais sans y être limité, le diagnostic d'une sepsie à l'aide de données de séquençage. Un processeur génère un profil d'expression pour l'échantillon. Le profil d'expression comprend, pour chacune des multiples séquences, une indication d'abondance de cette séquence dans l'échantillon. Pendant que le processeur reçoit d'autres séquences pour l'échantillon, le processeur met à jour le profil d'expression pour l'échantillon, effectue une comparaison du profil d'expression pour l'échantillon avec des profils d'expression stockés pour déterminer un profil d'expression stocké correspondant, et détermine l'état de l'échantillon comme étant l'état associé au profil d'expression stocké correspondant (tel qu'une sepsie). Lors de la détermination de l'état de l'échantillon, le processeur termine la réception des autres séquences avant que les données de séquençage complètes n'aient été reçues.
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