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1. (WO2019050902) PROCÉDÉS DE DÉTERMINATION DU PROFIL DE SENSIBILITÉ D'UNE SOUCHE BACTÉRIENNE À UNE COMPOSITION THÉRAPEUTIQUE
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N° de publication : WO/2019/050902 N° de la demande internationale : PCT/US2018/049481
Date de publication : 14.03.2019 Date de dépôt international : 05.09.2018
CIB :
G06F 19/18 (2011.01) ,G06F 19/24 (2011.01)
G PHYSIQUE
06
CALCUL; COMPTAGE
F
TRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
19
Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des applications spécifiques
10
Bio-informatique, c. à d. procédés ou systèmes pour le traitement de données génétiques ou se rapportant aux protéines en biologie moléculaire informatique
18
pour la génomique ou la protéomique fonctionnelle, p.ex. associations génotype-phénotype, déséquilibre de liaison, mutagénèse, génotypage ou annotation génomique, interactions protéines-protéines ou interactions protéines-acides nucléiques
G PHYSIQUE
06
CALCUL; COMPTAGE
F
TRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
19
Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des applications spécifiques
10
Bio-informatique, c. à d. procédés ou systèmes pour le traitement de données génétiques ou se rapportant aux protéines en biologie moléculaire informatique
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pour l'apprentissage automatique, l'exploration de données ou les bio statistiques, p.ex. détection de motifs, extraction de connaissances, extraction de règles, corrélation, agrégation ou classification
Déposants :
ADAPTIVE PHAGE THERAPEUTICS, INC. [US/US]; 7211 Exfair Rd Bethesda, Maryland 20814, US
Inventeurs :
MERRIL, Carl; US
Mandataire :
WALES, Michele; US
Données relatives à la priorité :
62/554,52905.09.2017US
62/597,15111.12.2017US
62/673,16218.05.2018US
Titre (EN) METHODS TO DETERMINE THE SENSITIVITY PROFILE OF A BACTERIAL STRAIN TO A THERAPEUTIC COMPOSITION
(FR) PROCÉDÉS DE DÉTERMINATION DU PROFIL DE SENSIBILITÉ D'UNE SOUCHE BACTÉRIENNE À UNE COMPOSITION THÉRAPEUTIQUE
Abrégé :
(EN) Methods and systems for pattern search and analysis to identify and select therapeutic molecules that can be used to treat bacterial infections or contaminations. Examples include methods and systems for pattern search and analysis to identify and select bacteriophage based on comparison of the genomes of a query bacterium and/or a query phage strain to a therapeutic molecule-host training set of bacterial strains and/or phage strains in which the phage strains (or other therapeutic molecules) have been shown to have the capacity to act as an antibacterial agent by either killing, replicating in, lysing and/or inhibiting the growth of the bacterial strains in the training set. Therapeutic compositions, including phage, identified using the methods described herein can then be used to treat bacterial infections in a subject and/or contamination in the environment.
(FR) L’invention concerne des procédés et des systèmes de recherche et d'analyse de motifs pour identifier et sélectionner des molécules thérapeutiques qui peuvent être utilisées pour traiter des infections bactériennes ou des contaminations. Des exemples comprennent des procédés et des systèmes pour une recherche et une analyse de motif afin d'identifier et de sélectionner un bactériophage sur la base d'une comparaison des génomes d'une bactérie d'interrogation et/ou d'une souche de phage d'interrogation à un ensemble d'apprentissage molécule thérapeutique-hôte de souches bactériennes et/ou de souches de phage dans lesquelles les souches de phage (ou d'autres molécules thérapeutiques) ont été représentés pour avoir la capacité d'agir en tant qu'agent antibactérien par la destruction, la réplication, la lyse et/ou l'inhibition de la croissance des souches bactériennes dans l'ensemble d'apprentissage. Des compositions thérapeutiques, comprenant des phages, identifiées à l'aide des procédés de la présente invention peuvent ensuite être utilisées pour traiter des infections bactériennes chez un sujet et/ou une contamination dans l'environnement.
États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)