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1. (WO2019045853) STRUCTURE DE GRAPHE BIPARTI
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N° de publication : WO/2019/045853 N° de la demande internationale : PCT/US2018/039129
Date de publication : 07.03.2019 Date de dépôt international : 22.06.2018
CIB :
G06F 19/28 (2011.01) ,G06F 19/12 (2011.01)
G PHYSIQUE
06
CALCUL; COMPTAGE
F
TRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
19
Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des applications spécifiques
10
Bio-informatique, c. à d. procédés ou systèmes pour le traitement de données génétiques ou se rapportant aux protéines en biologie moléculaire informatique
28
pour la programmation d'outils ou de systèmes de bases de données, p.ex. ontologies, intégration de données hétérogènes, entreposage de données ou architectures informatiques
G PHYSIQUE
06
CALCUL; COMPTAGE
F
TRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
19
Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des applications spécifiques
10
Bio-informatique, c. à d. procédés ou systèmes pour le traitement de données génétiques ou se rapportant aux protéines en biologie moléculaire informatique
12
pour la modélisation ou la simulation en biologie des systèmes, p.ex. modèles probabilistes ou dynamiques, réseaux régulateurs de gènes, réseaux d'interaction protéique ou réseaux métaboliques
Déposants :
X DEVELOPMENT LLC [US/US]; 1600 Amphitheatre Parkway Mountain View, CA 94043, US
Inventeurs :
THOMPSON, Jason; US
RUSSO, Frank; US
Mandataire :
WHITEHEAD, Andrew P.; US
KABLER, Kevin; US
CHAI, Johnathan, L.; US
SEQUEIRA, Antonia, L.; US
BAEK, Jae, Yeon, Lmt.; US
SHUSTER, Michael, J.; US
Données relatives à la priorité :
15/694,50601.09.2017US
Titre (EN) BIPARTITLE GRAPH STRUCTURE
(FR) STRUCTURE DE GRAPHE BIPARTI
Abrégé :
(EN) A bipartite graph structure is utilized to better store data. The bipartite graph structure may be used in a biochemical database to efficiently store a variety of molecules and processes that might occur between the molecules. Molecules are represented as molecule nodes, which may have metadata fields including a molecule name, a molecule type, a molecular formula, a sequence, a molecular charge, a set of molecular properties, and a set of component molecules. Processes operating on the molecules are represented by process nodes, which may have metadata fields including a process name, a set of process roles, a set of process properties, and a set of sub-processes. Edges, called roles, each associate a molecule node with a process node and represent the role the associated molecule plays in the associated process. The roles may contain metadata identifying the role type and the stoichiometry coefficient of the molecule in the process.
(FR) La présente invention concerne une structure de graphe biparti qui est utilisée pour mieux stocker des données. La structure de graphe biparti peut être utilisée dans une base de données biochimiques pour stocker efficacement une variété de molécules et de processus susceptibles de se produire entre les molécules. Les molécules sont représentées sous la forme de nœuds moléculaires, qui peuvent avoir des champs de métadonnées comprenant un nom de molécule, un type de molécule, une formule moléculaire, une séquence, une charge moléculaire, un ensemble de propriétés moléculaires et un ensemble de molécules de composant. Des processus fonctionnant sur les molécules sont représentés par des nœuds de traitement, qui peuvent avoir des champs de métadonnées comprenant un nom de processus, un ensemble de rôles de processus, un ensemble de propriétés de processus et un ensemble de sous-processus. Les bords, appelés rôles, associent chacun un nœud moléculaire à un nœud de processus et représentent le rôle que la molécule associée joue dans le processus associé. Les rôles peuvent contenir des métadonnées identifiant le type de rôle et le cœfficient stœchiométrique de la molécule dans le processus.
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États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)