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1. (WO2019045852) PROCÉDÉ HÉTÉROGÈNE DE MODÉLISATION D'UN ENVIRONNEMENT BIOCHIMIQUE
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N° de publication : WO/2019/045852 N° de la demande internationale : PCT/US2018/039127
Date de publication : 07.03.2019 Date de dépôt international : 22.06.2018
CIB :
G06F 19/12 (2011.01)
G PHYSIQUE
06
CALCUL; COMPTAGE
F
TRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
19
Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des applications spécifiques
10
Bio-informatique, c. à d. procédés ou systèmes pour le traitement de données génétiques ou se rapportant aux protéines en biologie moléculaire informatique
12
pour la modélisation ou la simulation en biologie des systèmes, p.ex. modèles probabilistes ou dynamiques, réseaux régulateurs de gènes, réseaux d'interaction protéique ou réseaux métaboliques
Déposants :
X DEVELOPMENT LLC [US/US]; 1600 Amphitheatre Parkway Mountain View, CA 94043, US
Inventeurs :
THOMPSON, Jason; US
RUSSO, Frank; US
Mandataire :
WHITEHEAD, Andrew, P.; US
BAEK, Jae, Yeon; US
KABLER, Kevin; US
SEQUEIRA, Antonia, L.; US
CHAI, Johnathan, L.; US
Données relatives à la priorité :
15/694,50001.09.2017US
Titre (EN) HETEROGENEOUS METHOD FOR MODELLING A BIOCHEMICAL ENVIRONMENT
(FR) PROCÉDÉ HÉTÉROGÈNE DE MODÉLISATION D'UN ENVIRONNEMENT BIOCHIMIQUE
Abrégé :
(EN) A method for simulating a biochemical environment utilizes a heterogeneous process model, which evaluates both a flux balance analysis and one or more detailed models each on a different but overlapping sets of molecules in the biochemical environment. The heterogeneous process model evaluates the flux balance analysis based on a stoichiometric matrix, a flux vector including initial internal exchange flux values, and an objective function. The heterogeneous process model evaluates the one or more detailed models based on an initial set of molecule concentrations and a plurality of detailed model parameters. The results are then used to update the exchange fluxes and molecules concentrations. The process is repeated thereby integrating the results of the flux balance analysis with the one or more detailed models.
(FR) L'invention concerne un procédé de simulation d'un environnement biochimique, faisant appel à un modèle de processus hétérogène, qui évalue à la fois une analyse de bilan de flux et un ou plusieurs modèles détaillés, chacun sur des ensembles différents mais se chevauchant de molécules dans l'environnement biochimique. Le modèle de processus hétérogène évalue l'analyse de bilan de flux d'après une matrice stœchiométrique, un vecteur de flux comprenant des valeurs initiales de flux d'échange interne, et une fonction objectif. Le modèle de processus hétérogène évalue le ou les modèles détaillés d'après un ensemble initial de concentrations de molécules et une pluralité de paramètres de modèles détaillés. Les résultats sont ensuite utilisés pour actualiser les flux d'échange et concentrations de molécules. Le processus est répété, intégrant ainsi les résultats de l'analyse de bilan de flux avec le ou les modèles détaillés.
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États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
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Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)